More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5344 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5344  ABC transporter related  100 
 
 		 244 aa  480  1e-135  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.11155  normal  0.477551 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4380  ABC transporter related protein  48.51 
 
 		 251 aa  210  2e-53  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.794104  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2637  ABC transporter related protein  49.36 
 
 		 264 aa  208  7e-53  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0799866 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1389  ABC transporter related  43.25 
 
 		 256 aa  203  2e-51  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0613  ABC transporter related  45.78 
 
 		 259 aa  202  5e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2268  ABC transporter related  47.66 
 
 		 262 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.434627  decreased coverage  0.00162775 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2270  ABC transporter related  43.53 
 
 		 257 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.881925 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4258  ABC branched-chain amino acid transporter, ATPase subunit  44.35 
 
 		 270 aa  201  9.999999999999999e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.805071  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3054  ABC transporter related protein  44.18 
 
 		 259 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4413  ABC transporter related  43.95 
 
 		 270 aa  199  1.9999999999999998e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1945  ABC transporter related protein  43.14 
 
 		 257 aa  199  1.9999999999999998e-50  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4392  ABC transporter-related protein  43.95 
 
 		 270 aa  199  3e-50  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4488  ABC transporter related  46.58 
 
 		 624 aa  199  5e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2792  ABC transporter related protein  45.06 
 
 		 248 aa  198  7e-50  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.157718 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2753  ABC transporter related  43.55 
 
 		 255 aa  197  2.0000000000000003e-49  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1128  ABC transporter related  40.16 
 
 		 256 aa  197  2.0000000000000003e-49  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.79034  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3763  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  43.31 
 
 		 255 aa  195  5.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3873  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  43.31 
 
 		 255 aa  195  5.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0456254  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0761  ABC transporter-related protein  44.71 
 
 		 258 aa  195  5.000000000000001e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000105936 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3830  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  43.31 
 
 		 255 aa  195  5.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.245965  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3752  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  43.31 
 
 		 255 aa  195  5.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1860  ABC transporter related  42.8 
 
 		 259 aa  195  7e-49  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.180905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2978  ABC transporter related  42.06 
 
 		 265 aa  194  7e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3290  hypothetical protein  43.95 
 
 		 252 aa  194  1e-48  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0159101 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0732  ABC transporter related  45.97 
 
 		 256 aa  194  1e-48  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.706164 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3057  ABC transporter related  43.48 
 
 		 334 aa  194  1e-48  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0799758  hitchhiker  0.0000824418 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2251  ABC transporter related  42.74 
 
 		 255 aa  194  1e-48  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3932  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  42.91 
 
 		 255 aa  193  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2499  ABC transporter related  42.47 
 
 		 262 aa  193  2e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.241387  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0261  ATPase  43.51 
 
 		 255 aa  192  3e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2653  ABC transporter-like protein  44.05 
 
 		 268 aa  192  3e-48  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.000291563  hitchhiker  0.00412304 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0401  ABC-type branched-chain amino acid transport system, ATPase component  42.74 
 
 		 254 aa  192  3e-48  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3205  ABC transporter related  42.8 
 
 		 255 aa  192  4e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0857  ABC transporter related  43.95 
 
 		 257 aa  192  4e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4413  ABC transporter related  43.21 
 
 		 271 aa  192  6e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.222133  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03304  leucine/isoleucine/valine transporter subunit  41.73 
 
 		 255 aa  191  7e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0260  ABC transporter related protein  41.73 
 
 		 255 aa  191  7e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3737  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  41.73 
 
 		 255 aa  191  7e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3653  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  41.73 
 
 		 255 aa  191  7e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03257  hypothetical protein  41.73 
 
 		 255 aa  191  7e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4772  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  41.73 
 
 		 255 aa  191  7e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.769292 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0261  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  41.73 
 
 		 255 aa  191  7e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3867  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  41.73 
 
 		 255 aa  191  7e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3934  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  41.73 
 
 		 255 aa  191  7e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3571  ABC transporter related  42.23 
 
 		 283 aa  190  1e-47  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0233348 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2103  ABC transporter related  44.88 
 
 		 257 aa  191  1e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2551  ABC transporter-related protein  46.43 
 
 		 256 aa  191  1e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2237  ABC transporter related  38.89 
 
 		 255 aa  191  1e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.945618  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1579  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  41.94 
 
 		 254 aa  190  2e-47  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1895  ABC transporter related  41.7 
 
 		 264 aa  190  2e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.045423 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3858  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  41.73 
 
 		 255 aa  190  2e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.199683 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1472  ABC transporter-like protein  42.86 
 
 		 261 aa  190  2e-47  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.723691  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3206  ABC transporter related  44.71 
 
 		 255 aa  190  2e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.204307  normal  0.785488 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2316  ABC transporter related  45.42 
 
 		 258 aa  189  2.9999999999999997e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.275517  hitchhiker  0.00114798 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2706  ABC transporter related  45.42 
 
 		 258 aa  189  2.9999999999999997e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3032  ABC transporter related  43.43 
 
 		 275 aa  189  5e-47  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.178784  normal  0.334419 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3017  ABC transporter related  43.43 
 
 		 275 aa  188  5.999999999999999e-47  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.289222  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3063  ABC transporter related  43.43 
 
 		 275 aa  188  5.999999999999999e-47  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.792567  normal  0.542546 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1385  ABC transporter related  39.84 
 
 		 256 aa  187  9e-47  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1673  ABC transporter related  38.43 
 
 		 284 aa  187  1e-46  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0609  ATPase  41.31 
 
 		 261 aa  187  1e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1208  ABC transporter related  42.86 
 
 		 270 aa  187  1e-46  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0321335  normal  0.470514 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1723  ABC transporter related  40.55 
 
 		 256 aa  187  1e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1877  ABC transporter-related protein  44.09 
 
 		 260 aa  187  1e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.271075  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2431  ABC transporter related protein  39.36 
 
 		 252 aa  186  2e-46  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0103052  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0475  ABC transporter related  43.93 
 
 		 256 aa  187  2e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3533  ABC transporter related  39.36 
 
 		 252 aa  186  2e-46  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.594682  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1565  ABC transporter related  46.03 
 
 		 246 aa  186  3e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0231  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  42.57 
 
 		 255 aa  186  3e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.479303 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2520  ABC transporter related  43.31 
 
 		 258 aa  186  3e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1125  putative ABC transporter ATP-binding protein  44.31 
 
 		 258 aa  186  3e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.334087  normal  0.177035 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1884  ABC transporter related  43.31 
 
 		 258 aa  186  3e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2495  ABC transporter related  43.31 
 
 		 258 aa  186  3e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1607  ABC transporter related  38.06 
 
 		 284 aa  186  3e-46  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.714039  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1290  ABC transporter related  44.09 
 
 		 257 aa  186  4e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2726  ABC transporter related  44.62 
 
 		 258 aa  185  5e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2610  ABC transporter related  42.08 
 
 		 270 aa  185  5e-46  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4062  ABC transporter related  40.74 
 
 		 259 aa  185  5e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.662042  normal  0.243406 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2864  ABC transporter-related protein  44.75 
 
 		 258 aa  185  5e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.150555  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0334  ABC transporter related  47.01 
 
 		 266 aa  185  6e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2495  ABC transporter related protein  46.96 
 
 		 271 aa  185  6e-46  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.503368  normal  0.0315467 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2932  ABC transporter related  40.32 
 
 		 263 aa  185  6e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2844  ABC transporter-related protein  41.83 
 
 		 293 aa  185  6e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.191148  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0614  ABC transporter related  40.24 
 
 		 259 aa  184  8e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.417292  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2553  ABC transporter related  40.96 
 
 		 255 aa  184  8e-46  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0935  ABC transporter related  40.56 
 
 		 259 aa  184  8e-46  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000526687  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3392  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  40.55 
 
 		 256 aa  184  1.0000000000000001e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5827  branched chain amino acid ABC transporter ATPase  42.91 
 
 		 258 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.467339  normal  0.146478 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0799  ABC transporter related  42.91 
 
 		 258 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.595603 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1894  branched-chain amino acid ABC transporter ATPase  41.49 
 
 		 286 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0274473  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0268  ABC transporter related  40.31 
 
 		 265 aa  184  1.0000000000000001e-45  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00395976  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2143  ABC transporter related  41.88 
 
 		 257 aa  184  1.0000000000000001e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0402  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  40.8 
 
 		 254 aa  184  1.0000000000000001e-45  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.869027  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1159  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  37.8 
 
 		 256 aa  183  2.0000000000000003e-45  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.394443  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4056  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  41.34 
 
 		 256 aa  183  2.0000000000000003e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2959  leucine/isoleucine/valine transport system ATP- binding protein  42.74 
 
 		 271 aa  184  2.0000000000000003e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3794  ABC transporter related  43.53 
 
 		 255 aa  183  2.0000000000000003e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0773  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  38.19 
 
 		 256 aa  184  2.0000000000000003e-45  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.69143  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0185  ABC transporter related  40.41 
 
 		 268 aa  183  2.0000000000000003e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3147  ABC transporter related  38.78 
 
 		 307 aa  183  3e-45  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.32124  normal  0.601015 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>