More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4279 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4279  response regulator receiver protein  100 
 
 		 120 aa  241  1.9999999999999999e-63  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.718019  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5233  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  42.06 
 
 		 384 aa  96.7  9e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.222219 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3759  response regulator receiver protein  45.22 
 
 		 127 aa  94  6e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.514361  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6401  response regulator receiver protein  38.26 
 
 		 126 aa  90.9  6e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1965  response regulator receiver  45.79 
 
 		 126 aa  87.8  4e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.132523  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2241  response regulator receiver protein  45.79 
 
 		 126 aa  88.2  4e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.926249 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1920  response regulator receiver protein  42.99 
 
 		 126 aa  86.7  1e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.170402 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5055  signal transduction histidine kinase  42.59 
 
 		 1111 aa  85.1  3e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.372822  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4542  PAS sensor protein  43.43 
 
 		 1096 aa  83.6  9e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.220973  normal  0.0899725 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6449  response regulator receiver protein  41.51 
 
 		 121 aa  83.2  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2532  response regulator receiver protein  37.84 
 
 		 138 aa  83.2  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0109  response regulator receiver  42.73 
 
 		 120 aa  81.6  0.000000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1215  response regulator receiver protein  35.71 
 
 		 124 aa  81.6  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0588681  normal  0.159144 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2363  response regulator receiver protein  42 
 
 		 122 aa  80.1  0.000000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.549917  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5002  signal transduction histidine kinase  44.44 
 
 		 1096 aa  79.3  0.00000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5707  response regulator receiver protein  37.5 
 
 		 127 aa  79.7  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4798  response regulator receiver protein  41.82 
 
 		 120 aa  79.7  0.00000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.107601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4234  response regulator receiver protein  40.74 
 
 		 121 aa  78.6  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0312747 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7970  response regulator receiver and SARP domain protein  36.84 
 
 		 160 aa  79  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.304155  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5270  signal transduction histidine kinase  41.41 
 
 		 559 aa  78.6  0.00000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.909185 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1001  response regulator receiver protein  40.54 
 
 		 120 aa  78.6  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.283402  normal  0.269242 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1154  response regulator receiver protein  40.54 
 
 		 161 aa  78.2  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4933  response regulator receiver protein  37.27 
 
 		 121 aa  76.3  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.124626  normal  0.430513 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5238  response regulator receiver protein  37.04 
 
 		 127 aa  76.3  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.516097  normal  0.262734 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6261  putative response regulator receiver (CheY-like protein)  36.36 
 
 		 121 aa  75.9  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.235266  normal  0.732793 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0677  putative two component-response regulator receiver (CheY-like protein)  39 
 
 		 104 aa  75.9  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.339833 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3496  bacteriophytochrome protein  38.39 
 
 		 852 aa  75.1  0.0000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.552776  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1793  response regulator receiver domain-containing protein  33.63 
 
 		 126 aa  74.3  0.0000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.244756  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6265  response regulator receiver protein  36.36 
 
 		 136 aa  74.3  0.0000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1296  response regulator receiver protein  40.71 
 
 		 136 aa  73.9  0.0000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0358  signal transduction histidine kinase  40 
 
 		 602 aa  73.2  0.000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1267  response regulator receiver/SARP domain-containing protein  38.89 
 
 		 134 aa  72.8  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00862788 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3337  hypothetical protein  37.5 
 
 		 130 aa  73.2  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.244169  normal  0.34569 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5235  response regulator receiver protein  36.36 
 
 		 131 aa  72  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0801642 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0708  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 123 aa  72  0.000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.795364  normal  0.880104 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3509  signal transduction histidine kinase  44.58 
 
 		 125 aa  72.4  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.316868  normal  0.542318 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3299  response regulator receiver protein  36.89 
 
 		 123 aa  72.8  0.000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00414312 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1629  response regulator receiver domain-containing protein  37.5 
 
 		 129 aa  72  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.324074  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4155  response regulator receiver domain-containing protein  35.45 
 
 		 123 aa  71.6  0.000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.918011  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1396  response regulator receiver domain-containing protein  38.6 
 
 		 117 aa  71.2  0.000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.230809  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2330  putative bacteriophytochrome  40 
 
 		 842 aa  71.2  0.000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.766617  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5004  response regulator receiver protein  46.15 
 
 		 118 aa  70.9  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.325761  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0646  response regulator receiver domain-containing protein  41.24 
 
 		 139 aa  70.5  0.000000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.452757  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1774  response regulator receiver  31.3 
 
 		 126 aa  70.1  0.000000000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0498529  decreased coverage  0.00379005 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6064  response regulator receiver domain-containing protein  35 
 
 		 126 aa  70.1  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3363  response regulator receiver protein  40.4 
 
 		 133 aa  69.7  0.00000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.387857 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2520  response regulator receiver domain-containing protein  34.23 
 
 		 125 aa  69.7  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.113297  normal  0.478353 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3034  putative PAS/PAC sensor protein  39.09 
 
 		 856 aa  70.1  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0858916  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0102  response regulator, putative  36.61 
 
 		 125 aa  68.9  0.00000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.248594  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0099  putative response regulator  36.61 
 
 		 124 aa  68.9  0.00000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6244  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  39.81 
 
 		 849 aa  68.9  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0431  response regulator receiver protein  37.76 
 
 		 124 aa  68.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0769354  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3180  response regulator receiver protein  34.91 
 
 		 124 aa  68.6  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0167969  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0251  hypothetical protein  37.04 
 
 		 124 aa  68.6  0.00000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1784  response regulator receiver domain-containing protein  36.73 
 
 		 124 aa  68.2  0.00000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.474362  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2608  response regulator receiver protein  34.58 
 
 		 114 aa  68.2  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.186263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3435  response regulator receiver protein  39.47 
 
 		 121 aa  67.8  0.00000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.465011  normal  0.396609 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0470  response regulator receiver protein  40.21 
 
 		 133 aa  67  0.00000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1334  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 126 aa  67  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.395948 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3289  putative PAS/PAC sensor protein  37.27 
 
 		 855 aa  66.2  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.363327  normal  0.145052 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0621  response regulator receiver protein  32.74 
 
 		 120 aa  66.6  0.0000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03021  regulatory protein  40 
 
 		 126 aa  65.5  0.0000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2384  response regulator receiver  31.82 
 
 		 125 aa  65.5  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00466139  normal  0.125866 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2323  response regulator receiver protein  39.18 
 
 		 121 aa  65.1  0.0000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.03657 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4411  putative response regulator receiver (CheY-like protein)  30.28 
 
 		 131 aa  65.1  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.514484 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0556  response regulator receiver  39.18 
 
 		 140 aa  64.7  0.0000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.032469  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0079  signal transduction histidine kinase  36.94 
 
 		 639 aa  64.7  0.0000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.464916 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2069  response regulator receiver domain-containing protein  31.9 
 
 		 123 aa  64.7  0.0000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.240465  normal  0.487014 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2783  response regulator receiver  30.17 
 
 		 123 aa  64.7  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.636371 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1241  signal transduction histidine kinase  40.21 
 
 		 631 aa  64.7  0.0000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0246477 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4458  putative GAF sensor protein  37.04 
 
 		 844 aa  64.3  0.0000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2738  response regulator receiver domain-containing protein  30.09 
 
 		 123 aa  64.3  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.886685 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1182  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  40.91 
 
 		 846 aa  64.3  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.75997  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1262  response regulator receiver protein  33.94 
 
 		 195 aa  63.9  0.0000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2922  response regulator receiver/SARP domain-containing protein  33.94 
 
 		 195 aa  63.9  0.0000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4303  putative two-component response regulator protein  40 
 
 		 130 aa  63.5  0.0000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2183  response regulator receiver protein  37.27 
 
 		 134 aa  62.8  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5777  response regulator receiver protein  38.46 
 
 		 136 aa  62.4  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0732019  hitchhiker  0.00995229 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2402  response regulator receiver and unknown domain protein  37.27 
 
 		 126 aa  62.4  0.000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000734485  normal  0.97225 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3626  signal transduction histidine kinase  36.52 
 
 		 792 aa  62  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0746201  normal  0.0102319 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1200  response regulator receiver protein  36.84 
 
 		 126 aa  62.4  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0022  response regulator receiver and SARP domain protein  34.69 
 
 		 142 aa  62  0.000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.000346597  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6551  putative response regulator receiver (CheY-like protein)  36.52 
 
 		 129 aa  62  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.582154 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1289  response regulator receiver protein  35.96 
 
 		 119 aa  61.6  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.704465  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2574  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  38.1 
 
 		 844 aa  60.8  0.000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.969915 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0268  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.47 
 
 		 651 aa  60.8  0.000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2986  response regulator receiver protein  32.43 
 
 		 124 aa  60.5  0.000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.347118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2399  response regulator receiver protein  34.26 
 
 		 128 aa  60.5  0.000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0186457 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4110  response regulator receiver protein  34.15 
 
 		 127 aa  60.1  0.000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00730632  normal  0.59438 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3092  response regulator receiver protein  37.37 
 
 		 124 aa  60.1  0.000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0555687  normal  0.395265 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4846  response regulator receiver protein  35.14 
 
 		 126 aa  60.1  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.211413  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2866  response regulator receiver  37.37 
 
 		 124 aa  59.7  0.00000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0773  response regulator receiver  42.68 
 
 		 149 aa  60.1  0.00000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.863112  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3671  Sigma 54 interacting domain protein  42.35 
 
 		 657 aa  59.7  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0114  response regulator receiver protein  34.82 
 
 		 127 aa  58.9  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.273159  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0019  response regulator receiver protein  33.67 
 
 		 129 aa  58.9  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0611118 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0604  response regulator receiver protein  33.64 
 
 		 147 aa  58.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2651  response regulator  29.09 
 
 		 125 aa  58.2  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00566392  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1788  response regulator receiver domain-containing protein  38.27 
 
 		 145 aa  58.2  0.00000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5346  response regulator receiver protein  36.27 
 
 		 118 aa  57.8  0.00000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>