More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_0556 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_0556  response regulator receiver  100 
 
 		 140 aa  277  3e-74  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.032469  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0646  response regulator receiver domain-containing protein  70.5 
 
 		 139 aa  198  1.9999999999999998e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.452757  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0251  hypothetical protein  57.14 
 
 		 124 aa  120  4e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2399  response regulator receiver protein  38.6 
 
 		 128 aa  84.3  5e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0186457 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6244  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  45.1 
 
 		 849 aa  83.6  8e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2330  putative bacteriophytochrome  43.56 
 
 		 842 aa  82.8  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.766617  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3034  putative PAS/PAC sensor protein  43.93 
 
 		 856 aa  82  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0858916  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2574  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  38.53 
 
 		 844 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.969915 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1001  response regulator receiver protein  43.52 
 
 		 120 aa  77  0.00000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.283402  normal  0.269242 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2532  response regulator receiver protein  36.63 
 
 		 138 aa  77  0.00000000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3289  putative PAS/PAC sensor protein  42 
 
 		 855 aa  76.6  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.363327  normal  0.145052 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2586  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  39.25 
 
 		 847 aa  75.1  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.251983 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1154  response regulator receiver protein  43.88 
 
 		 161 aa  74.3  0.0000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4458  putative GAF sensor protein  39.25 
 
 		 844 aa  74.3  0.0000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3363  response regulator receiver protein  42.45 
 
 		 133 aa  73.9  0.0000000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.387857 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5233  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  41.12 
 
 		 384 aa  72.8  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.222219 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0621  response regulator receiver protein  37.86 
 
 		 120 aa  72.8  0.000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1182  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  36.45 
 
 		 846 aa  71.6  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.75997  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2608  response regulator receiver protein  37.61 
 
 		 114 aa  72  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.186263  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3364  response regulator  34.58 
 
 		 847 aa  70.5  0.000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.427552 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0358  signal transduction histidine kinase  38.79 
 
 		 602 aa  70.5  0.000000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3435  response regulator receiver protein  42.73 
 
 		 121 aa  70.5  0.000000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.465011  normal  0.396609 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2394  putative GAF sensor protein  34.58 
 
 		 847 aa  70.1  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.25898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01099  bacteriophytochrome protein  35.42 
 
 		 822 aa  68.6  0.00000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.506628  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6064  response regulator receiver domain-containing protein  38.53 
 
 		 126 aa  68.6  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3759  response regulator receiver protein  38.98 
 
 		 127 aa  68.6  0.00000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.514361  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2323  response regulator receiver protein  35.51 
 
 		 121 aa  67.4  0.00000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.03657 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1793  response regulator receiver domain-containing protein  34.13 
 
 		 126 aa  67.4  0.00000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.244756  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1267  response regulator receiver/SARP domain-containing protein  37.86 
 
 		 134 aa  67.4  0.00000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00862788 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0677  putative two component-response regulator receiver (CheY-like protein)  41.41 
 
 		 104 aa  67.4  0.00000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.339833 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3496  bacteriophytochrome protein  32.54 
 
 		 852 aa  67.4  0.00000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.552776  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1774  response regulator receiver  33.91 
 
 		 126 aa  67  0.00000000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0498529  decreased coverage  0.00379005 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3299  response regulator receiver protein  39.13 
 
 		 123 aa  66.6  0.0000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00414312 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7970  response regulator receiver and SARP domain protein  34.86 
 
 		 160 aa  66.2  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.304155  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2937  response regulator receiver protein  33.94 
 
 		 129 aa  65.5  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.972944  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1200  response regulator receiver protein  38.1 
 
 		 126 aa  65.5  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0708  response regulator receiver protein  32.38 
 
 		 123 aa  65.9  0.0000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.795364  normal  0.880104 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0109  response regulator receiver  36.89 
 
 		 120 aa  65.5  0.0000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1334  response regulator receiver protein  37.61 
 
 		 126 aa  65.5  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.395948 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9083  bacteriophytochrome protein  32.04 
 
 		 856 aa  64.7  0.0000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4279  response regulator receiver protein  39.18 
 
 		 120 aa  64.7  0.0000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.718019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2032  response regulator receiver protein  35.19 
 
 		 125 aa  64.7  0.0000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3106  response regulator receiver protein  35.9 
 
 		 152 aa  64.3  0.0000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6551  putative response regulator receiver (CheY-like protein)  38.1 
 
 		 129 aa  64.3  0.0000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.582154 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1788  response regulator receiver domain-containing protein  34.43 
 
 		 145 aa  63.9  0.0000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0470  response regulator receiver protein  39.81 
 
 		 133 aa  63.9  0.0000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2520  response regulator receiver domain-containing protein  33.61 
 
 		 125 aa  63.5  0.0000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.113297  normal  0.478353 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1289  response regulator receiver protein  37.14 
 
 		 119 aa  63.2  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.704465  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4155  response regulator receiver domain-containing protein  30.63 
 
 		 123 aa  62.8  0.000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.918011  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4411  putative response regulator receiver (CheY-like protein)  32.77 
 
 		 131 aa  62.8  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.514484 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0073  response regulator receiver protein  40.19 
 
 		 144 aa  62.8  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1296  response regulator receiver protein  34.75 
 
 		 136 aa  61.6  0.000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1726  response regulator receiver protein  39 
 
 		 115 aa  62  0.000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5270  signal transduction histidine kinase  35.29 
 
 		 559 aa  61.2  0.000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.909185 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5346  response regulator receiver protein  34.55 
 
 		 118 aa  60.5  0.000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4798  response regulator receiver protein  36.08 
 
 		 120 aa  59.7  0.00000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.107601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1920  response regulator receiver protein  36.21 
 
 		 126 aa  59.7  0.00000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.170402 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3509  signal transduction histidine kinase  35.14 
 
 		 125 aa  59.7  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.316868  normal  0.542318 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3180  response regulator receiver protein  31.9 
 
 		 124 aa  58.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0167969  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6449  response regulator receiver protein  36.27 
 
 		 121 aa  59.3  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0019  response regulator receiver protein  30.97 
 
 		 129 aa  59.3  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0611118 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0475  response regulator receiver protein  33.64 
 
 		 129 aa  59.3  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6265  response regulator receiver protein  35.45 
 
 		 136 aa  58.9  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2738  response regulator receiver domain-containing protein  31.62 
 
 		 123 aa  58.5  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.886685 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  31.53 
 
 		 457 aa  58.2  0.00000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.231814  hitchhiker  0.00735887 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6401  response regulator receiver protein  29.36 
 
 		 126 aa  57.8  0.00000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1965  response regulator receiver  37.62 
 
 		 126 aa  57.4  0.00000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.132523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2740  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.94 
 
 		 943 aa  57.4  0.00000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5235  response regulator receiver protein  32.2 
 
 		 131 aa  57.4  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0801642 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2241  response regulator receiver protein  37.62 
 
 		 126 aa  57.4  0.00000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.926249 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2783  response regulator receiver  32.17 
 
 		 123 aa  57.4  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.636371 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4028  two-component response regulator  34.51 
 
 		 268 aa  57  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.215518 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6261  putative response regulator receiver (CheY-like protein)  33.64 
 
 		 121 aa  57  0.00000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.235266  normal  0.732793 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4819  DNA-binding response regulator  36.59 
 
 		 186 aa  56.6  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.982858  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0022  response regulator receiver and SARP domain protein  31.48 
 
 		 142 aa  56.6  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.000346597  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6935  response regulator  32.76 
 
 		 141 aa  56.2  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.134474  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4365  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  30.36 
 
 		 471 aa  56.6  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.231326 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0434  putative PAS/PAC sensor protein  31.37 
 
 		 458 aa  56.6  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4327  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  33.04 
 
 		 875 aa  56.6  0.0000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.184763 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5707  response regulator receiver protein  29.66 
 
 		 127 aa  56.2  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4846  response regulator receiver protein  35.19 
 
 		 126 aa  56.6  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.211413  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2651  response regulator  35.71 
 
 		 125 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00566392  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2384  response regulator receiver  34.95 
 
 		 125 aa  55.5  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00466139  normal  0.125866 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2069  response regulator receiver domain-containing protein  30.83 
 
 		 123 aa  55.8  0.0000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.240465  normal  0.487014 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1241  signal transduction histidine kinase  35.05 
 
 		 631 aa  55.8  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0246477 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4307  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  32.73 
 
 		 635 aa  56.2  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.056389 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3337  hypothetical protein  29.57 
 
 		 130 aa  55.8  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.244169  normal  0.34569 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4326  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32 
 
 		 571 aa  55.1  0.0000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0407  response regulator receiver  32.71 
 
 		 130 aa  55.1  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.459485 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1388  two-component response regulator  34.26 
 
 		 268 aa  55.1  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.740256  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5055  signal transduction histidine kinase  34.02 
 
 		 1111 aa  55.1  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.372822  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2986  response regulator receiver protein  34.31 
 
 		 124 aa  55.1  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.347118  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0440  response regulator receiver protein  32.71 
 
 		 130 aa  55.1  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0544928  normal  0.588008 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2089  response regulator receiver protein  35.64 
 
 		 152 aa  55.1  0.0000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.775144 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2032  response regulator receiver protein  36.21 
 
 		 387 aa  54.3  0.0000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.0686114 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7001  two-component response regulator  32.74 
 
 		 254 aa  54.7  0.0000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.746604 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1396  response regulator receiver domain-containing protein  33.03 
 
 		 117 aa  53.5  0.0000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.230809  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4542  PAS sensor protein  34.02 
 
 		 1096 aa  53.5  0.0000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.220973  normal  0.0899725 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1368  two-component response regulator  33.33 
 
 		 268 aa  53.1  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3092  response regulator receiver protein  31.82 
 
 		 124 aa  53.1  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0555687  normal  0.395265 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>