187 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2399 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2399  response regulator receiver protein  100 
 
 		 128 aa  254  3e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0186457 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2574  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  42.72 
 
 		 844 aa  90.5  7e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.969915 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3034  putative PAS/PAC sensor protein  45 
 
 		 856 aa  90.5  7e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0858916  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0646  response regulator receiver domain-containing protein  41.67 
 
 		 139 aa  89  2e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.452757  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3289  putative PAS/PAC sensor protein  40.52 
 
 		 855 aa  87  8e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.363327  normal  0.145052 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6244  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  43.48 
 
 		 849 aa  86.3  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2394  putative GAF sensor protein  42.59 
 
 		 847 aa  86.7  1e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.25898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4458  putative GAF sensor protein  41.67 
 
 		 844 aa  86.3  1e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3364  response regulator  41.67 
 
 		 847 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.427552 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2586  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  41.67 
 
 		 847 aa  85.5  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.251983 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2532  response regulator receiver protein  42.57 
 
 		 138 aa  84.7  4e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0556  response regulator receiver  38.6 
 
 		 140 aa  84.3  5e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.032469  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1182  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  38.39 
 
 		 846 aa  82.4  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.75997  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1154  response regulator receiver protein  38.32 
 
 		 161 aa  81.3  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0251  hypothetical protein  37.5 
 
 		 124 aa  80.9  0.000000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1001  response regulator receiver protein  37.38 
 
 		 120 aa  79  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.283402  normal  0.269242 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3759  response regulator receiver protein  42.86 
 
 		 127 aa  78.2  0.00000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.514361  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2330  putative bacteriophytochrome  40.59 
 
 		 842 aa  77.8  0.00000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.766617  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9083  bacteriophytochrome protein  39.17 
 
 		 856 aa  77  0.00000000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0708  response regulator receiver protein  40.18 
 
 		 123 aa  75.9  0.0000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.795364  normal  0.880104 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0109  response regulator receiver  41.35 
 
 		 120 aa  75.5  0.0000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2323  response regulator receiver protein  38.94 
 
 		 121 aa  74.7  0.0000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.03657 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0358  signal transduction histidine kinase  41.38 
 
 		 602 aa  74.7  0.0000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2608  response regulator receiver protein  40.37 
 
 		 114 aa  74.3  0.0000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.186263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1267  response regulator receiver/SARP domain-containing protein  35.45 
 
 		 134 aa  72  0.000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00862788 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4798  response regulator receiver protein  40.38 
 
 		 120 aa  72.8  0.000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.107601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3435  response regulator receiver protein  37.72 
 
 		 121 aa  72  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.465011  normal  0.396609 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7970  response regulator receiver and SARP domain protein  39.42 
 
 		 160 aa  71.2  0.000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.304155  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3496  bacteriophytochrome protein  41.84 
 
 		 852 aa  70.9  0.000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.552776  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1726  response regulator receiver protein  38.1 
 
 		 115 aa  70.9  0.000000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6265  response regulator receiver protein  38.26 
 
 		 136 aa  70.5  0.000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1920  response regulator receiver protein  41.59 
 
 		 126 aa  70.1  0.000000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.170402 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0773  response regulator receiver  44.55 
 
 		 149 aa  69.7  0.00000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.863112  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0470  response regulator receiver protein  35.4 
 
 		 133 aa  69.7  0.00000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4155  response regulator receiver domain-containing protein  41 
 
 		 123 aa  68.9  0.00000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.918011  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0621  response regulator receiver protein  38.18 
 
 		 120 aa  68.9  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6401  response regulator receiver protein  36.19 
 
 		 126 aa  68.9  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2089  response regulator receiver protein  40 
 
 		 152 aa  69.3  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.775144 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6449  response regulator receiver protein  35.96 
 
 		 121 aa  67.8  0.00000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5707  response regulator receiver protein  35.83 
 
 		 127 aa  67.4  0.00000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1334  response regulator receiver protein  34.26 
 
 		 126 aa  66.6  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.395948 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6551  putative response regulator receiver (CheY-like protein)  35.51 
 
 		 129 aa  66.2  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.582154 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03021  regulatory protein  35.09 
 
 		 126 aa  65.9  0.0000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6064  response regulator receiver domain-containing protein  36.36 
 
 		 126 aa  65.1  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2937  response regulator receiver protein  33.62 
 
 		 129 aa  64.7  0.0000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.972944  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0475  response regulator receiver protein  34.55 
 
 		 129 aa  64.7  0.0000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2241  response regulator receiver protein  40.57 
 
 		 126 aa  64.7  0.0000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.926249 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1965  response regulator receiver  40.57 
 
 		 126 aa  64.7  0.0000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.132523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4411  putative response regulator receiver (CheY-like protein)  36.52 
 
 		 131 aa  63.9  0.0000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.514484 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3363  response regulator receiver protein  36.45 
 
 		 133 aa  63.9  0.0000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.387857 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0019  response regulator receiver protein  33.64 
 
 		 129 aa  63.5  0.0000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0611118 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0677  putative two component-response regulator receiver (CheY-like protein)  38.95 
 
 		 104 aa  63.9  0.0000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.339833 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1788  response regulator receiver domain-containing protein  36.7 
 
 		 145 aa  63.5  0.000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0022  response regulator receiver and SARP domain protein  35.78 
 
 		 142 aa  62.8  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.000346597  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6261  putative response regulator receiver (CheY-like protein)  36.11 
 
 		 121 aa  62.4  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.235266  normal  0.732793 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2520  response regulator receiver domain-containing protein  36.36 
 
 		 125 aa  62  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.113297  normal  0.478353 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1215  response regulator receiver protein  34.71 
 
 		 124 aa  62  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0588681  normal  0.159144 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0073  response regulator receiver protein  35.96 
 
 		 144 aa  61.2  0.000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4542  PAS sensor protein  38.14 
 
 		 1096 aa  60.8  0.000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.220973  normal  0.0899725 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4279  response regulator receiver protein  34.26 
 
 		 120 aa  60.5  0.000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.718019  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2183  response regulator receiver protein  35.65 
 
 		 134 aa  59.3  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4846  response regulator receiver protein  40 
 
 		 126 aa  58.5  0.00000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.211413  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5235  response regulator receiver protein  35.56 
 
 		 131 aa  57.8  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0801642 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1793  response regulator receiver domain-containing protein  33.63 
 
 		 126 aa  57.4  0.00000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.244756  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5346  response regulator receiver protein  37 
 
 		 118 aa  57.4  0.00000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0440  response regulator receiver protein  33.65 
 
 		 130 aa  57  0.00000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0544928  normal  0.588008 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0407  response regulator receiver  33.65 
 
 		 130 aa  57  0.00000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.459485 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0717  response regulator receiver protein  39.81 
 
 		 122 aa  57  0.00000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0892969  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2384  response regulator receiver  37.96 
 
 		 125 aa  56.2  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00466139  normal  0.125866 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5238  response regulator receiver protein  35.71 
 
 		 127 aa  56.6  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.516097  normal  0.262734 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5270  signal transduction histidine kinase  37.27 
 
 		 559 aa  56.2  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.909185 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4933  response regulator receiver protein  36.27 
 
 		 121 aa  56.6  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.124626  normal  0.430513 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4234  response regulator receiver protein  37.76 
 
 		 121 aa  56.2  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0312747 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2023  response regulator receiver protein  33.03 
 
 		 159 aa  56.2  0.0000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0939204  normal  0.968357 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2363  response regulator receiver protein  34.23 
 
 		 122 aa  55.8  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.549917  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2651  response regulator  35.96 
 
 		 125 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00566392  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5055  signal transduction histidine kinase  35.05 
 
 		 1111 aa  55.1  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.372822  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01099  bacteriophytochrome protein  25.69 
 
 		 822 aa  54.7  0.0000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.506628  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3180  response regulator receiver protein  33.65 
 
 		 124 aa  54.3  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0167969  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2783  response regulator receiver  33.64 
 
 		 123 aa  54.3  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.636371 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1774  response regulator receiver  31.25 
 
 		 126 aa  53.9  0.0000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0498529  decreased coverage  0.00379005 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5002  signal transduction histidine kinase  37.11 
 
 		 1096 aa  54.3  0.0000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1296  response regulator receiver protein  32.29 
 
 		 136 aa  53.9  0.0000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1200  response regulator receiver protein  33.65 
 
 		 126 aa  53.1  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0488  two-component response regulator  32.74 
 
 		 265 aa  53.1  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5233  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.85 
 
 		 384 aa  52.8  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.222219 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3106  response regulator receiver protein  29.31 
 
 		 152 aa  53.1  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3509  signal transduction histidine kinase  31.73 
 
 		 125 aa  53.1  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.316868  normal  0.542318 
 
 
-
 
NC_004310  BR0102  response regulator, putative  32.73 
 
 		 125 aa  52.4  0.000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.248594  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0250  two-component response regulator  31.86 
 
 		 264 aa  52.8  0.000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0099  putative response regulator  32.73 
 
 		 124 aa  52.4  0.000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0783  cyclic nucleotide-binding  33.67 
 
 		 376 aa  52.4  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0359827  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2738  response regulator receiver domain-containing protein  31.82 
 
 		 123 aa  51.6  0.000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.886685 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3299  response regulator receiver protein  30.36 
 
 		 123 aa  52  0.000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00414312 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5004  response regulator receiver protein  33.04 
 
 		 118 aa  51.2  0.000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.325761  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5541  response regulator  31.43 
 
 		 134 aa  51.2  0.000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1289  response regulator receiver protein  32.69 
 
 		 119 aa  51.2  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.704465  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0738  response regulator receiver domain-containing protein  47.06 
 
 		 156 aa  50.8  0.000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2347  two-component response regulator  32.14 
 
 		 264 aa  50.8  0.000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.177509  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3026  two-component response regulator  32.14 
 
 		 264 aa  50.4  0.000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.246349  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>