153 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_5928 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_5928  GAF domain-containing protein  100 
 
 		 160 aa  328  3e-89  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3668  putative GAF sensor protein  74.52 
 
 		 161 aa  249  8.000000000000001e-66  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000365673  normal  0.0790972 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4732  gafA; GAF domain-containing protein  62.09 
 
 		 159 aa  188  2e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264042  decreased coverage  0.000031438 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2040  gafA; GAF domain-containing protein  60.51 
 
 		 158 aa  174  4e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.102086  hitchhiker  0.00649969 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1925  GAF domain-containing protein  49.33 
 
 		 160 aa  157  7e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000712217  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2722  putative GAF sensor protein  55.1 
 
 		 159 aa  156  1e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4483  putative GAF sensor protein  53.9 
 
 		 159 aa  151  2.9999999999999998e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4552  hypothetical protein  55.47 
 
 		 159 aa  150  5e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4905  hypothetical protein  55.47 
 
 		 159 aa  150  5e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4790  hypothetical protein  55.47 
 
 		 159 aa  150  7e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4387  hypothetical protein  55.47 
 
 		 159 aa  150  7e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4397  hypothetical protein  55.47 
 
 		 159 aa  150  8e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4788  hypothetical protein  53.47 
 
 		 159 aa  149  1e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00635993  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4771  hypothetical protein  54.74 
 
 		 159 aa  148  4e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2019  GAF domain-containing protein  47.97 
 
 		 171 aa  147  5e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0820  putative GAF sensor protein  48.99 
 
 		 158 aa  147  5e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.180323 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3325  GAF domain-containing protein  53.19 
 
 		 159 aa  147  6e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.10653  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4762  hypothetical protein  54.01 
 
 		 159 aa  145  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.01469  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0473  hypothetical protein  54.01 
 
 		 159 aa  144  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.253939  hitchhiker  3.4768e-18 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1720  GAF domain-containing protein  54.68 
 
 		 152 aa  143  1e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000034795  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1583  GAF domain-containing protein  52.11 
 
 		 153 aa  143  1e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.705571  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2131  putative GAF sensor protein  52.9 
 
 		 152 aa  142  2e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00114775  normal  0.0484243 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2485  putative GAF sensor protein  53.62 
 
 		 159 aa  142  2e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000612704  normal  0.330047 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1933  putative GAF sensor protein  52.48 
 
 		 152 aa  141  4e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2111  GAF domain-containing protein  48.7 
 
 		 157 aa  141  5e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.779042  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0717  putative GAF sensor protein  52.7 
 
 		 158 aa  140  7e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1106  hypothetical protein  53.33 
 
 		 192 aa  140  8e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000124108  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1350  GAF domain-containing protein  47.3 
 
 		 164 aa  140  9e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0371  putative GAF sensor protein  46.3 
 
 		 177 aa  140  9e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.33263  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2230  putative GAF sensor protein  53.96 
 
 		 154 aa  139  1.9999999999999998e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.149787  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1902  putative GAF sensor protein  53.57 
 
 		 152 aa  138  3e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.044127  normal  0.123566 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2442  putative GAF sensor protein  53.57 
 
 		 152 aa  138  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.229254  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2562  putative GAF sensor protein  53.57 
 
 		 152 aa  138  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.408148  normal  0.0780392 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2603  hypothetical protein  53.68 
 
 		 152 aa  137  6e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1746  putative GAF sensor protein  54.41 
 
 		 152 aa  137  6e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.698368  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1776  putative GAF sensor protein  54.41 
 
 		 152 aa  137  6e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0635695  normal  0.0905724 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1671  putative GAF sensor protein  54.41 
 
 		 152 aa  136  8.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000389411  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2449  putative GAF sensor protein  52.86 
 
 		 152 aa  136  1e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.580676  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2204  putative GAF sensor protein  54.61 
 
 		 152 aa  136  1e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.707038  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1542  hypothetical protein  51.85 
 
 		 150 aa  135  2e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6399  putative GAF sensor protein  44.44 
 
 		 163 aa  135  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.568608  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1877  GAF domain-containing protein  48.28 
 
 		 160 aa  134  7.000000000000001e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.187928 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3838  GAF domain-containing protein  48.28 
 
 		 160 aa  134  7.000000000000001e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.220762  normal  0.353602 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1486  hypothetical protein  48.25 
 
 		 160 aa  133  8e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3274  sensor protein  46.26 
 
 		 166 aa  132  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.622071 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01999  GAF domain-containing protein  51.05 
 
 		 151 aa  133  9.999999999999999e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.130438  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0130  putative GAF sensor protein  47.62 
 
 		 160 aa  132  1.9999999999999998e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4049  putative GAF sensor protein  48.32 
 
 		 182 aa  131  3e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4000  sensor protein  45.83 
 
 		 162 aa  131  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1276  putative sensor with GAF domain  45.58 
 
 		 166 aa  131  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.1208 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1212  hypothetical protein  45.07 
 
 		 144 aa  129  1.0000000000000001e-29  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1282  GAF domain-containing protein  48.55 
 
 		 156 aa  130  1.0000000000000001e-29  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000115739  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1745  GAF domain-containing protein  46.53 
 
 		 170 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0475  GAF domain-containing protein  45.39 
 
 		 152 aa  129  2.0000000000000002e-29  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000747602  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1452  hypothetical protein  47.55 
 
 		 160 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.944894  normal  0.188383 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1028  putative GAF sensor protein  46.94 
 
 		 167 aa  128  3e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.519451  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1800  putative GAF sensor protein  48.91 
 
 		 152 aa  128  3e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0430664  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1774  hypothetical protein  46.48 
 
 		 154 aa  128  3e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00245693  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1809  GAF domain-containing protein  46.48 
 
 		 154 aa  128  3e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000874323  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2879  hypothetical protein  46.53 
 
 		 202 aa  127  5.0000000000000004e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2823  hypothetical protein  46.53 
 
 		 202 aa  127  5.0000000000000004e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0097  putative GAF sensor protein  45.77 
 
 		 147 aa  127  5.0000000000000004e-29  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.060889 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2452  hypothetical protein  46.53 
 
 		 170 aa  127  8.000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2829  hypothetical protein  46.53 
 
 		 170 aa  127  8.000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0190862  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0671  putative GAF sensor protein  46.36 
 
 		 167 aa  127  9.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1150  putative GAF sensor protein  46.36 
 
 		 167 aa  127  9.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02348  hypothetical protein  49.63 
 
 		 157 aa  127  9.000000000000001e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3977  sensor protein  45.16 
 
 		 160 aa  126  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.911623 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1032  putative GAF sensor protein  46.26 
 
 		 167 aa  126  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.936669 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2155  putative GAF sensor protein  48.55 
 
 		 167 aa  126  1.0000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0330363  normal  0.417247 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4262  putative GAF sensor protein  48.55 
 
 		 167 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1775  hypothetical protein  45.83 
 
 		 170 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.713006  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1913  putative GAF sensor protein  48.05 
 
 		 160 aa  125  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0613802  normal  0.650392 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0464  putative GAF sensor protein  48.63 
 
 		 160 aa  126  2.0000000000000002e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000576778  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003429  free methionine-(R)-sulfoxide reductase fRMsr  48.89 
 
 		 157 aa  125  2.0000000000000002e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000000333189  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1784  GAF domain protein  46.53 
 
 		 160 aa  125  3e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009046  PICST_48539  predicted protein  42.48 
 
 		 177 aa  125  3e-28  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.07066 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2764  hypothetical protein  45.83 
 
 		 202 aa  124  6e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0826735  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1126  putative GAF sensor protein  45.03 
 
 		 167 aa  123  9e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00168904  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1826  GAF domain-containing protein  45.07 
 
 		 148 aa  122  2e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2117  putative GAF sensor protein  45.89 
 
 		 165 aa  122  2e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00785932  hitchhiker  0.000244904 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27570  GAF domain-containing protein  51.15 
 
 		 160 aa  121  3e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.759844  decreased coverage  0.00184503 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3610  hypothetical protein  47.69 
 
 		 160 aa  121  4e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0239404  normal  0.514803 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3834  putative GAF sensor protein  44.44 
 
 		 163 aa  121  4e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.385875  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0068  putative GAF sensor protein  48.2 
 
 		 155 aa  121  4e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1488  GAF domain-containing protein  48.15 
 
 		 150 aa  120  9.999999999999999e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.320818  normal  0.116131 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2333  sensor protein  48.09 
 
 		 160 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0648081  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19110  GAF domain-containing protein  51.85 
 
 		 162 aa  118  3e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000206028  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03142  possible Sensor with GAF domain  47.33 
 
 		 162 aa  118  3.9999999999999996e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07668  GAF domain nucleotide-binding protein (AFU_orthologue; AFUA_2G01360)  34.68 
 
 		 190 aa  117  4.9999999999999996e-26  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.156532 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0904  GAF domain-containing protein  42.03 
 
 		 151 aa  117  7.999999999999999e-26  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1670  hypothetical protein  46.58 
 
 		 165 aa  117  7.999999999999999e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000032114  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2665  hypothetical protein  46.58 
 
 		 165 aa  117  7.999999999999999e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000471553  normal  0.0325611 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1781  hypothetical protein  46.58 
 
 		 165 aa  117  7.999999999999999e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.222367  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2813  hypothetical protein  44.44 
 
 		 158 aa  116  9.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0853777  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4412  GAF domain-containing protein  42 
 
 		 166 aa  116  9.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.122983  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2076  putative GAF sensor protein  42.86 
 
 		 169 aa  115  1.9999999999999998e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.924433  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1990  putative GAF sensor protein  40.94 
 
 		 154 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0273929  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1139  GAF domain-containing protein  36.31 
 
 		 169 aa  115  1.9999999999999998e-25  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.718876  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2907  putative GAF sensor protein  44.6 
 
 		 150 aa  116  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.261788 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>