170 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_2907 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_2907  putative GAF sensor protein  100 
 
 		 150 aa  308  1e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.261788 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0152  GAF domain-containing protein  91.95 
 
 		 150 aa  288  2e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.457104 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1502  GAF domain-containing protein  91.28 
 
 		 150 aa  285  1e-76  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4049  putative GAF sensor protein  69.66 
 
 		 182 aa  217  5e-56  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2807  hypothetical protein  70.34 
 
 		 150 aa  211  2.9999999999999995e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.174201  normal  0.682095 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0068  putative GAF sensor protein  70.55 
 
 		 155 aa  210  4.9999999999999996e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0371  putative GAF sensor protein  64.03 
 
 		 177 aa  184  3e-46  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.33263  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1350  GAF domain-containing protein  49.32 
 
 		 164 aa  135  2e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2111  GAF domain-containing protein  51.41 
 
 		 157 aa  134  6.0000000000000005e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.779042  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4000  sensor protein  46.04 
 
 		 162 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0130  putative GAF sensor protein  51.54 
 
 		 160 aa  127  4.0000000000000003e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3834  putative GAF sensor protein  46.1 
 
 		 163 aa  122  1e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.385875  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4762  hypothetical protein  43.45 
 
 		 159 aa  122  2e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.01469  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4771  hypothetical protein  42.76 
 
 		 159 aa  121  3e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4788  hypothetical protein  42.76 
 
 		 159 aa  121  3e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00635993  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3325  GAF domain-containing protein  43.45 
 
 		 159 aa  121  3e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.10653  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4790  hypothetical protein  42.76 
 
 		 159 aa  120  4e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4387  hypothetical protein  42.76 
 
 		 159 aa  120  4e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4397  hypothetical protein  42.76 
 
 		 159 aa  121  4e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1486  hypothetical protein  48.2 
 
 		 160 aa  121  4e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4552  hypothetical protein  42.76 
 
 		 159 aa  120  5e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4905  hypothetical protein  42.76 
 
 		 159 aa  120  5e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2722  putative GAF sensor protein  40.85 
 
 		 159 aa  120  7e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0178  putative GAF sensor protein  49.29 
 
 		 161 aa  119  9.999999999999999e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.343183  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4483  putative GAF sensor protein  42.76 
 
 		 159 aa  119  9.999999999999999e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0473  hypothetical protein  42.76 
 
 		 159 aa  119  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.253939  hitchhiker  3.4768e-18 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1452  hypothetical protein  46.76 
 
 		 160 aa  117  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.944894  normal  0.188383 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1877  GAF domain-containing protein  46.04 
 
 		 160 aa  117  6e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.187928 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3838  GAF domain-containing protein  46.04 
 
 		 160 aa  117  6e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.220762  normal  0.353602 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2333  sensor protein  47.33 
 
 		 160 aa  116  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0648081  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5928  GAF domain-containing protein  44.6 
 
 		 160 aa  116  9.999999999999999e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1979  putative GAF sensor protein  50.79 
 
 		 161 aa  115  1.9999999999999998e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.738676 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2019  GAF domain-containing protein  40.71 
 
 		 171 aa  115  1.9999999999999998e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1990  putative GAF sensor protein  42.55 
 
 		 154 aa  114  3e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0273929  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1583  GAF domain-containing protein  43.54 
 
 		 153 aa  115  3e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.705571  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2155  putative GAF sensor protein  43.15 
 
 		 167 aa  114  3e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0330363  normal  0.417247 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1671  putative GAF sensor protein  43.84 
 
 		 152 aa  114  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000389411  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1746  putative GAF sensor protein  43.84 
 
 		 152 aa  114  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.698368  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1776  putative GAF sensor protein  43.84 
 
 		 152 aa  114  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0635695  normal  0.0905724 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1925  GAF domain-containing protein  42.96 
 
 		 160 aa  114  3.9999999999999997e-25  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000712217  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1276  putative sensor with GAF domain  43.17 
 
 		 166 aa  114  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.1208 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1902  putative GAF sensor protein  43.84 
 
 		 152 aa  113  6.9999999999999995e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.044127  normal  0.123566 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2204  putative GAF sensor protein  43.15 
 
 		 152 aa  113  8.999999999999998e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.707038  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1913  putative GAF sensor protein  49.21 
 
 		 160 aa  113  8.999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0613802  normal  0.650392 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0503  putative GAF sensor protein  46.04 
 
 		 160 aa  113  8.999999999999998e-25  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3668  putative GAF sensor protein  45.32 
 
 		 161 aa  113  1.0000000000000001e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000365673  normal  0.0790972 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2603  hypothetical protein  42.47 
 
 		 152 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4262  putative GAF sensor protein  41.22 
 
 		 167 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1468  GAF domain-containing protein  42.14 
 
 		 165 aa  111  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000132233  normal  0.144363 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3610  hypothetical protein  46.83 
 
 		 160 aa  111  3e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0239404  normal  0.514803 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1284  GAF domain protein  42.14 
 
 		 165 aa  111  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000424831  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1028  putative GAF sensor protein  41.78 
 
 		 167 aa  111  3e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.519451  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2048  GAF domain-containing protein  42.14 
 
 		 165 aa  111  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.325107  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1986  GAF domain protein  42.14 
 
 		 165 aa  111  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000139878  hitchhiker  0.00643853 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1990  GAF domain protein  42.14 
 
 		 165 aa  111  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00416581  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2103  putative GAF sensor protein  43.66 
 
 		 155 aa  111  4.0000000000000004e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00230825  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27570  GAF domain-containing protein  45.8 
 
 		 160 aa  111  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.759844  decreased coverage  0.00184503 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0820  putative GAF sensor protein  45.74 
 
 		 158 aa  111  4.0000000000000004e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.180323 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0567  GAF domain-containing protein  45.32 
 
 		 160 aa  110  4.0000000000000004e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3274  sensor protein  41.73 
 
 		 166 aa  110  5e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.622071 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3977  sensor protein  43.88 
 
 		 160 aa  110  6e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.911623 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1032  putative GAF sensor protein  41.78 
 
 		 167 aa  110  6e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.936669 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0671  putative GAF sensor protein  41.78 
 
 		 167 aa  110  6e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1150  putative GAF sensor protein  41.78 
 
 		 167 aa  110  6e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03142  possible Sensor with GAF domain  46.04 
 
 		 162 aa  110  6e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0464  putative GAF sensor protein  42.18 
 
 		 160 aa  110  9e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000576778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1933  putative GAF sensor protein  40.71 
 
 		 152 aa  110  9e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1745  GAF domain-containing protein  43.24 
 
 		 170 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2442  putative GAF sensor protein  43.15 
 
 		 152 aa  108  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.229254  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2562  putative GAF sensor protein  43.15 
 
 		 152 aa  108  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.408148  normal  0.0780392 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1784  GAF domain protein  43.36 
 
 		 160 aa  108  3e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2131  putative GAF sensor protein  41.5 
 
 		 152 aa  108  3e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00114775  normal  0.0484243 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1126  putative GAF sensor protein  41.1 
 
 		 167 aa  108  3e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00168904  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2452  hypothetical protein  42.57 
 
 		 170 aa  107  4.0000000000000004e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2829  hypothetical protein  42.57 
 
 		 170 aa  107  4.0000000000000004e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0190862  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2100  GAF domain protein  40.14 
 
 		 183 aa  107  4.0000000000000004e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000646047  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2879  hypothetical protein  42.57 
 
 		 202 aa  107  5e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2565  GAF domain protein  40.14 
 
 		 165 aa  107  5e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000383818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2764  hypothetical protein  42.57 
 
 		 202 aa  107  5e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0826735  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2823  hypothetical protein  42.57 
 
 		 202 aa  107  5e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1800  putative GAF sensor protein  40.14 
 
 		 165 aa  107  5e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.657978  normal  0.0831768 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01803  hypothetical protein  40.14 
 
 		 183 aa  107  6e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1282  GAF domain-containing protein  33.33 
 
 		 156 aa  107  6e-23  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000115739  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2449  putative GAF sensor protein  42.47 
 
 		 152 aa  107  6e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.580676  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01791  hypothetical protein  40.14 
 
 		 183 aa  107  6e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1923  GAF domain-containing protein  40.14 
 
 		 183 aa  107  6e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000057187  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2061  GAF domain-containing protein  40.14 
 
 		 183 aa  107  6e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000132589  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1212  hypothetical protein  36.69 
 
 		 144 aa  105  1e-22  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0475  GAF domain-containing protein  38.57 
 
 		 152 aa  106  1e-22  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000747602  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01999  GAF domain-containing protein  40.69 
 
 		 151 aa  106  1e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.130438  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1775  hypothetical protein  41.89 
 
 		 170 aa  106  1e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.713006  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1810  putative GAF sensor protein  39.44 
 
 		 183 aa  105  2e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.134074  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1800  putative GAF sensor protein  39.86 
 
 		 152 aa  105  2e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0430664  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2402  putative GAF sensor protein  40 
 
 		 165 aa  105  2e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1106  hypothetical protein  38.89 
 
 		 192 aa  105  2e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000124108  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2813  hypothetical protein  37.86 
 
 		 158 aa  105  3e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0853777  n/a   
 
 
-
 
NC_009046  PICST_48539  predicted protein  42.03 
 
 		 177 aa  105  3e-22  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.07066 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2485  putative GAF sensor protein  38.78 
 
 		 159 aa  105  3e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000612704  normal  0.330047 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2117  putative GAF sensor protein  37.86 
 
 		 165 aa  104  3e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00785932  hitchhiker  0.000244904 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1355  GAF domain-containing protein  38.73 
 
 		 183 aa  104  4e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000310467  normal  0.246398 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>