161 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1990 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1990  putative GAF sensor protein  100 
 
 		 154 aa  318  1.9999999999999998e-86  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0273929  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02348  hypothetical protein  62.69 
 
 		 157 aa  188  2.9999999999999997e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1106  hypothetical protein  60.43 
 
 		 192 aa  187  5.999999999999999e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000124108  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1542  hypothetical protein  61.59 
 
 		 150 aa  186  1e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2565  GAF domain protein  57.24 
 
 		 165 aa  185  2e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000383818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2100  GAF domain protein  57.24 
 
 		 183 aa  185  2e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000646047  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003429  free methionine-(R)-sulfoxide reductase fRMsr  59.42 
 
 		 157 aa  185  2e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000000333189  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1800  putative GAF sensor protein  57.24 
 
 		 165 aa  185  2e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.657978  normal  0.0831768 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01803  hypothetical protein  57.24 
 
 		 183 aa  184  3e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01791  hypothetical protein  57.24 
 
 		 183 aa  184  3e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1923  GAF domain-containing protein  57.24 
 
 		 183 aa  184  3e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000057187  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2061  GAF domain-containing protein  57.24 
 
 		 183 aa  184  3e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000132589  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1810  putative GAF sensor protein  56.58 
 
 		 183 aa  183  8e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.134074  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1990  GAF domain protein  57.24 
 
 		 165 aa  182  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00416581  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1468  GAF domain-containing protein  57.24 
 
 		 165 aa  182  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000132233  normal  0.144363 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1284  GAF domain protein  57.24 
 
 		 165 aa  182  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000424831  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1986  GAF domain protein  57.24 
 
 		 165 aa  182  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000139878  hitchhiker  0.00643853 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2048  GAF domain-containing protein  57.24 
 
 		 165 aa  182  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.325107  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3834  putative GAF sensor protein  56.76 
 
 		 163 aa  181  2.0000000000000003e-45  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.385875  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1355  GAF domain-containing protein  56.58 
 
 		 183 aa  181  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000310467  normal  0.246398 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4000  sensor protein  55.41 
 
 		 162 aa  180  5.0000000000000004e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2402  putative GAF sensor protein  54.97 
 
 		 165 aa  179  9.000000000000001e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2879  hypothetical protein  55.78 
 
 		 202 aa  179  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1745  GAF domain-containing protein  55.1 
 
 		 170 aa  179  1e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2230  putative GAF sensor protein  56.85 
 
 		 154 aa  179  1e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.149787  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01999  GAF domain-containing protein  55.41 
 
 		 151 aa  179  1e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.130438  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2823  hypothetical protein  55.78 
 
 		 202 aa  179  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2485  putative GAF sensor protein  55.41 
 
 		 159 aa  179  2e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000612704  normal  0.330047 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2452  hypothetical protein  55.1 
 
 		 170 aa  177  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2829  hypothetical protein  55.1 
 
 		 170 aa  177  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0190862  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2764  hypothetical protein  55.78 
 
 		 202 aa  177  4e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0826735  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1775  hypothetical protein  54.42 
 
 		 170 aa  176  9e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.713006  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1800  putative GAF sensor protein  53.02 
 
 		 152 aa  176  1e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0430664  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0130  putative GAF sensor protein  52.67 
 
 		 160 aa  175  2e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1028  putative GAF sensor protein  55.1 
 
 		 167 aa  175  2e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.519451  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1583  GAF domain-containing protein  52.35 
 
 		 153 aa  175  2e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.705571  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2155  putative GAF sensor protein  55.78 
 
 		 167 aa  176  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0330363  normal  0.417247 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1126  putative GAF sensor protein  54.36 
 
 		 167 aa  174  4e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00168904  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3325  GAF domain-containing protein  53.42 
 
 		 159 aa  174  5e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.10653  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2131  putative GAF sensor protein  54.48 
 
 		 152 aa  174  5e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00114775  normal  0.0484243 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1452  hypothetical protein  55.94 
 
 		 160 aa  173  7e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.944894  normal  0.188383 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1032  putative GAF sensor protein  54.42 
 
 		 167 aa  173  7e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.936669 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1746  putative GAF sensor protein  53.02 
 
 		 152 aa  173  8e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.698368  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1776  putative GAF sensor protein  53.02 
 
 		 152 aa  173  8e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0635695  normal  0.0905724 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1877  GAF domain-containing protein  55.94 
 
 		 160 aa  173  9e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.187928 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0671  putative GAF sensor protein  54.36 
 
 		 167 aa  173  9e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1150  putative GAF sensor protein  54.36 
 
 		 167 aa  173  9e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3838  GAF domain-containing protein  55.94 
 
 		 160 aa  173  9e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.220762  normal  0.353602 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4552  hypothetical protein  52.05 
 
 		 159 aa  172  9.999999999999999e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4905  hypothetical protein  52.05 
 
 		 159 aa  172  9.999999999999999e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4762  hypothetical protein  52.05 
 
 		 159 aa  172  9.999999999999999e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.01469  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0473  hypothetical protein  52.05 
 
 		 159 aa  172  9.999999999999999e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.253939  hitchhiker  3.4768e-18 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4412  GAF domain-containing protein  53.64 
 
 		 166 aa  172  9.999999999999999e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.122983  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0464  putative GAF sensor protein  51.63 
 
 		 160 aa  172  9.999999999999999e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000576778  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4483  putative GAF sensor protein  52.05 
 
 		 159 aa  172  9.999999999999999e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4771  hypothetical protein  52.05 
 
 		 159 aa  172  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4790  hypothetical protein  52.05 
 
 		 159 aa  172  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4788  hypothetical protein  52.03 
 
 		 159 aa  172  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00635993  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4387  hypothetical protein  52.05 
 
 		 159 aa  172  1.9999999999999998e-42  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4262  putative GAF sensor protein  53.33 
 
 		 167 aa  171  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1671  putative GAF sensor protein  52.35 
 
 		 152 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000389411  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2204  putative GAF sensor protein  51.68 
 
 		 152 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.707038  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1276  putative sensor with GAF domain  52.32 
 
 		 166 aa  172  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.1208 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1486  hypothetical protein  55.24 
 
 		 160 aa  172  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4397  hypothetical protein  52.05 
 
 		 159 aa  171  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2449  putative GAF sensor protein  52.35 
 
 		 152 aa  171  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.580676  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1781  hypothetical protein  56.25 
 
 		 165 aa  171  2.9999999999999996e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.222367  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1670  hypothetical protein  56.25 
 
 		 165 aa  171  2.9999999999999996e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000032114  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2665  hypothetical protein  56.25 
 
 		 165 aa  171  2.9999999999999996e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000471553  normal  0.0325611 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2442  putative GAF sensor protein  52.35 
 
 		 152 aa  171  3.9999999999999995e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.229254  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2562  putative GAF sensor protein  52.35 
 
 		 152 aa  171  3.9999999999999995e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.408148  normal  0.0780392 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1902  putative GAF sensor protein  51.68 
 
 		 152 aa  170  5.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.044127  normal  0.123566 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2813  hypothetical protein  51.66 
 
 		 158 aa  169  9e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0853777  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1784  GAF domain protein  53.85 
 
 		 160 aa  169  9e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3274  sensor protein  52.7 
 
 		 166 aa  169  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.622071 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1282  GAF domain-containing protein  48.67 
 
 		 156 aa  169  2e-41  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000115739  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1488  GAF domain-containing protein  58.45 
 
 		 150 aa  168  2e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.320818  normal  0.116131 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3610  hypothetical protein  57.48 
 
 		 160 aa  168  3e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0239404  normal  0.514803 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2019  GAF domain-containing protein  50.68 
 
 		 171 aa  168  3e-41  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3977  sensor protein  54.61 
 
 		 160 aa  167  4e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.911623 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1913  putative GAF sensor protein  56.08 
 
 		 160 aa  167  5e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0613802  normal  0.650392 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1720  GAF domain-containing protein  50.34 
 
 		 152 aa  167  7e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000034795  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1933  putative GAF sensor protein  54.55 
 
 		 152 aa  166  7e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0178  putative GAF sensor protein  50.98 
 
 		 161 aa  166  1e-40  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.343183  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2603  hypothetical protein  51.68 
 
 		 152 aa  165  2e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2139  putative GAF sensor protein  53.06 
 
 		 168 aa  165  2e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1851  putative GAF sensor protein  53.06 
 
 		 168 aa  164  4e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.181642  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2722  putative GAF sensor protein  50 
 
 		 159 aa  164  5e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1774  hypothetical protein  46.75 
 
 		 154 aa  163  8e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00245693  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1809  GAF domain-containing protein  46.75 
 
 		 154 aa  163  8e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000874323  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27570  GAF domain-containing protein  56.69 
 
 		 160 aa  161  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.759844  decreased coverage  0.00184503 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6399  putative GAF sensor protein  52.41 
 
 		 163 aa  162  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.568608  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0475  GAF domain-containing protein  48.34 
 
 		 152 aa  160  5.0000000000000005e-39  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000747602  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2076  putative GAF sensor protein  49.34 
 
 		 169 aa  158  2e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.924433  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0820  putative GAF sensor protein  49.65 
 
 		 158 aa  159  2e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.180323 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03142  possible Sensor with GAF domain  55.19 
 
 		 162 aa  158  2e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2333  sensor protein  55.12 
 
 		 160 aa  157  5e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0648081  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2117  putative GAF sensor protein  52.08 
 
 		 165 aa  157  7e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00785932  hitchhiker  0.000244904 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0097  putative GAF sensor protein  47.48 
 
 		 147 aa  156  1e-37  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.060889 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1371  GAF domain-containing protein  56.67 
 
 		 165 aa  155  2e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.148165 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>