160 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2807 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_2807  hypothetical protein  100 
 
 		 150 aa  304  3e-82  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.174201  normal  0.682095 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4049  putative GAF sensor protein  72.48 
 
 		 182 aa  226  1e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0068  putative GAF sensor protein  71.43 
 
 		 155 aa  224  5.0000000000000005e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0152  GAF domain-containing protein  71.72 
 
 		 150 aa  215  1e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.457104 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1502  GAF domain-containing protein  71.03 
 
 		 150 aa  212  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2907  putative GAF sensor protein  70.34 
 
 		 150 aa  211  2.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.261788 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0371  putative GAF sensor protein  58.9 
 
 		 177 aa  172  1.9999999999999998e-42  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.33263  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1350  GAF domain-containing protein  48.98 
 
 		 164 aa  134  5e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1486  hypothetical protein  50.36 
 
 		 160 aa  129  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2111  GAF domain-containing protein  50.7 
 
 		 157 aa  129  1.0000000000000001e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.779042  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3834  putative GAF sensor protein  46.1 
 
 		 163 aa  129  1.0000000000000001e-29  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.385875  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1877  GAF domain-containing protein  49.64 
 
 		 160 aa  128  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.187928 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3838  GAF domain-containing protein  49.64 
 
 		 160 aa  128  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.220762  normal  0.353602 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1452  hypothetical protein  49.64 
 
 		 160 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.944894  normal  0.188383 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03142  possible Sensor with GAF domain  53.24 
 
 		 162 aa  126  8.000000000000001e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4000  sensor protein  46.04 
 
 		 162 aa  126  9.000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3325  GAF domain-containing protein  43.26 
 
 		 159 aa  124  5e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.10653  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1745  GAF domain-containing protein  46.04 
 
 		 170 aa  122  2e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2333  sensor protein  53.08 
 
 		 160 aa  122  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0648081  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0464  putative GAF sensor protein  46.76 
 
 		 160 aa  121  3e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000576778  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3977  sensor protein  45.64 
 
 		 160 aa  120  6e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.911623 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2722  putative GAF sensor protein  39.86 
 
 		 159 aa  120  6e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1276  putative sensor with GAF domain  43.75 
 
 		 166 aa  120  8e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.1208 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2879  hypothetical protein  44.6 
 
 		 202 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2452  hypothetical protein  44.6 
 
 		 170 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2829  hypothetical protein  44.6 
 
 		 170 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0190862  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2764  hypothetical protein  44.6 
 
 		 202 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0826735  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2823  hypothetical protein  44.6 
 
 		 202 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4790  hypothetical protein  42.55 
 
 		 159 aa  119  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1784  GAF domain protein  47.73 
 
 		 160 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4552  hypothetical protein  42.55 
 
 		 159 aa  118  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4387  hypothetical protein  42.55 
 
 		 159 aa  119  1.9999999999999998e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4397  hypothetical protein  42.55 
 
 		 159 aa  119  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4905  hypothetical protein  42.55 
 
 		 159 aa  118  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4788  hypothetical protein  42.25 
 
 		 159 aa  118  3e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00635993  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0473  hypothetical protein  41.84 
 
 		 159 aa  118  3e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.253939  hitchhiker  3.4768e-18 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4771  hypothetical protein  42.55 
 
 		 159 aa  118  3e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4762  hypothetical protein  41.84 
 
 		 159 aa  117  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.01469  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1775  hypothetical protein  43.88 
 
 		 170 aa  117  3.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.713006  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1979  putative GAF sensor protein  52.59 
 
 		 161 aa  117  4.9999999999999996e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.738676 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3668  putative GAF sensor protein  43.17 
 
 		 161 aa  117  4.9999999999999996e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000365673  normal  0.0790972 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2155  putative GAF sensor protein  44.44 
 
 		 167 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0330363  normal  0.417247 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4483  putative GAF sensor protein  41.84 
 
 		 159 aa  116  9.999999999999999e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3274  sensor protein  43.06 
 
 		 166 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.622071 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2103  putative GAF sensor protein  44.44 
 
 		 155 aa  115  1.9999999999999998e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00230825  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1028  putative GAF sensor protein  43.7 
 
 		 167 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.519451  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1032  putative GAF sensor protein  43.7 
 
 		 167 aa  114  3e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.936669 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5928  GAF domain-containing protein  43.17 
 
 		 160 aa  114  3e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4262  putative GAF sensor protein  43.7 
 
 		 167 aa  114  5e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0130  putative GAF sensor protein  43.84 
 
 		 160 aa  114  6e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01999  GAF domain-containing protein  41.13 
 
 		 151 aa  113  6.9999999999999995e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.130438  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0178  putative GAF sensor protein  46.76 
 
 		 161 aa  114  6.9999999999999995e-25  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.343183  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2131  putative GAF sensor protein  42.96 
 
 		 152 aa  113  7.999999999999999e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00114775  normal  0.0484243 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3610  hypothetical protein  46.46 
 
 		 160 aa  112  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0239404  normal  0.514803 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0671  putative GAF sensor protein  43.7 
 
 		 167 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1150  putative GAF sensor protein  43.7 
 
 		 167 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1126  putative GAF sensor protein  42.96 
 
 		 167 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00168904  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0503  putative GAF sensor protein  47.48 
 
 		 160 aa  112  2.0000000000000002e-24  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0097  putative GAF sensor protein  41.61 
 
 		 147 aa  112  2.0000000000000002e-24  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.060889 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1282  GAF domain-containing protein  36.17 
 
 		 156 aa  111  3e-24  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000115739  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27570  GAF domain-containing protein  46.09 
 
 		 160 aa  111  3e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.759844  decreased coverage  0.00184503 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1057  GAF domain-containing protein  38.62 
 
 		 174 aa  110  5e-24  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.36357  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0567  GAF domain-containing protein  46.76 
 
 		 160 aa  110  6e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2813  hypothetical protein  40.14 
 
 		 158 aa  109  1.0000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0853777  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6399  putative GAF sensor protein  43.18 
 
 		 163 aa  109  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.568608  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2204  putative GAF sensor protein  44.44 
 
 		 152 aa  109  1.0000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.707038  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0820  putative GAF sensor protein  42.45 
 
 		 158 aa  109  1.0000000000000001e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.180323 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2019  GAF domain-containing protein  38.57 
 
 		 171 aa  109  1.0000000000000001e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2040  gafA; GAF domain-containing protein  44.83 
 
 		 158 aa  108  3e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.102086  hitchhiker  0.00649969 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1990  putative GAF sensor protein  40.43 
 
 		 154 aa  108  3e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0273929  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1746  putative GAF sensor protein  43.75 
 
 		 152 aa  108  3e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.698368  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1776  putative GAF sensor protein  43.75 
 
 		 152 aa  108  3e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0635695  normal  0.0905724 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1774  hypothetical protein  36.17 
 
 		 154 aa  108  3e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00245693  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1809  GAF domain-containing protein  36.17 
 
 		 154 aa  108  3e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000874323  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4732  gafA; GAF domain-containing protein  42.66 
 
 		 159 aa  108  3e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264042  decreased coverage  0.000031438 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1671  putative GAF sensor protein  43.75 
 
 		 152 aa  107  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000389411  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2449  putative GAF sensor protein  43.75 
 
 		 152 aa  107  5e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.580676  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1925  GAF domain-containing protein  40.14 
 
 		 160 aa  107  5e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000712217  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1902  putative GAF sensor protein  43.75 
 
 		 152 aa  107  7.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.044127  normal  0.123566 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1212  hypothetical protein  36.69 
 
 		 144 aa  106  8.000000000000001e-23  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1203  putative GAF sensor protein  37.35 
 
 		 176 aa  107  8.000000000000001e-23  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2603  hypothetical protein  42.47 
 
 		 152 aa  106  1e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2442  putative GAF sensor protein  43.06 
 
 		 152 aa  106  1e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.229254  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02348  hypothetical protein  41.01 
 
 		 157 aa  105  1e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2562  putative GAF sensor protein  43.06 
 
 		 152 aa  106  1e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.408148  normal  0.0780392 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2230  putative GAF sensor protein  41.55 
 
 		 154 aa  105  2e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.149787  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1488  GAF domain-containing protein  39.16 
 
 		 150 aa  105  2e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.320818  normal  0.116131 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_48539  predicted protein  38.97 
 
 		 177 aa  105  2e-22  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.07066 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2402  putative GAF sensor protein  41.43 
 
 		 165 aa  105  2e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1913  putative GAF sensor protein  47.69 
 
 		 160 aa  105  2e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0613802  normal  0.650392 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003429  free methionine-(R)-sulfoxide reductase fRMsr  39.16 
 
 		 157 aa  105  3e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000000333189  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19110  GAF domain-containing protein  40.56 
 
 		 162 aa  103  8e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000206028  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2139  putative GAF sensor protein  37.86 
 
 		 168 aa  103  8e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1781  hypothetical protein  40.15 
 
 		 165 aa  103  9e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.222367  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1670  hypothetical protein  40.15 
 
 		 165 aa  103  9e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000032114  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2665  hypothetical protein  40.15 
 
 		 165 aa  103  9e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000471553  normal  0.0325611 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1284  GAF domain protein  40.71 
 
 		 165 aa  102  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000424831  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1800  putative GAF sensor protein  41.01 
 
 		 152 aa  102  1e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0430664  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1990  GAF domain protein  40.71 
 
 		 165 aa  102  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00416581  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1986  GAF domain protein  40.71 
 
 		 165 aa  102  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000139878  hitchhiker  0.00643853 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>