215 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1291 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_1291  RimK domain-containing protein ATP-grasp  100 
 
 		 483 aa  1006    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.696817  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1157  glutathione synthase  73.24 
 
 		 483 aa  769    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1912  hypothetical protein  63.49 
 
 		 483 aa  655    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1841  RimK domain-containing protein ATP-grasp  48.57 
 
 		 492 aa  489  1e-137  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0608327 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3347  hypothetical protein  48.07 
 
 		 495 aa  480  1e-134  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39390  ribosomal protein S6 modification enzyme  48.27 
 
 		 495 aa  481  1e-134  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.836539 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1035  RimK domain-containing protein ATP-grasp  49.3 
 
 		 499 aa  477  1e-133  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.494403  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2617  hypothetical protein  46.44 
 
 		 524 aa  468  9.999999999999999e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.437395 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46880  glutathione synthase  45.73 
 
 		 529 aa  455  1e-127  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000272025 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4039  hypothetical protein  45.53 
 
 		 515 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0756389  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2526  glutathione synthase/ribosomal protein S6 modification glutaminyl transferase  45.12 
 
 		 528 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000161005  normal  0.270973 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2526  hypothetical protein  44.9 
 
 		 496 aa  436  1e-121  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0575  RimK domain protein ATP-grasp  42.74 
 
 		 490 aa  433  1e-120  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0103875  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2232  RimK domain protein ATP-grasp  45.4 
 
 		 494 aa  421  1e-116  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.360505 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2956  ribosomal protein S6 modification protein-related protein  43.76 
 
 		 526 aa  418  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0238931 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2716  RimK domain-containing protein ATP-grasp  42.97 
 
 		 526 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2466  hypothetical protein  41.25 
 
 		 518 aa  389  1e-107  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2089  RimK domain protein ATP-grasp  41.25 
 
 		 518 aa  389  1e-107  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02216  glutathione synthase  41.75 
 
 		 495 aa  385  1e-106  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000592479  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2915  glutathione synthase  43.88 
 
 		 486 aa  384  1e-105  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.525295 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1892  RimK domain-containing protein ATP-grasp  41.16 
 
 		 502 aa  383  1e-105  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.356939 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5784  RimK domain protein ATP-grasp  39.59 
 
 		 486 aa  377  1e-103  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4158  RimK-like ATP-grasp  42.68 
 
 		 488 aa  373  1e-102  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.530195  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0776  RimK domain-containing protein ATP-grasp  41.2 
 
 		 486 aa  372  1e-101  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.121233  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1453  glutathione synthase/ribosomal protein S6 modification enzyme (glutaminyl transferase)  38.7 
 
 		 490 aa  368  1e-100  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.16454 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0446  hypothetical protein  39.63 
 
 		 484 aa  363  5.0000000000000005e-99  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0422  hypothetical protein  39.63 
 
 		 484 aa  363  5.0000000000000005e-99  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1458  RimK domain-containing protein ATP-grasp  38.81 
 
 		 502 aa  359  5e-98  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0341602  normal  0.0124544 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2764  hypothetical protein  38.85 
 
 		 489 aa  354  2e-96  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.338805  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0957  RimK-like ATP-grasp  38.82 
 
 		 486 aa  354  2e-96  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1722  glutathione synthase/ribosomal protein S6 modification enzyme (glutaminyl transferase)  37.1 
 
 		 499 aa  347  3e-94  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1433  RimK domain-containing protein ATP-grasp  34.27 
 
 		 316 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.133242 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0475  RimK domain-containing protein ATP-grasp  34.03 
 
 		 316 aa  169  1e-40  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.60167  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1695  RimK domain-containing protein ATP-grasp  36.99 
 
 		 335 aa  166  5.9999999999999996e-40  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.803385  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1421  RimK domain-containing protein ATP-grasp  33.82 
 
 		 316 aa  166  5.9999999999999996e-40  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1626  RimK domain-containing protein ATP-grasp  36.09 
 
 		 290 aa  149  1.0000000000000001e-34  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.0205048 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1201  RimK domain-containing protein ATP-grasp  34.93 
 
 		 255 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0318  lysine biosynthesis enzyme LysX  27.38 
 
 		 288 aa  69.3  0.0000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0438  lysine biosynthesis enzyme LysX  25.97 
 
 		 281 aa  66.6  0.000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00025755 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1288  lysine biosynthesis enzyme LysX  26.15 
 
 		 285 aa  63.5  0.000000007  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0210035 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1105  S6 modification enzyme RimK  27.13 
 
 		 262 aa  63.2  0.00000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.352091  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1137  lysine biosynthesis enzyme LysX  25.6 
 
 		 283 aa  62.4  0.00000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0237722  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02460  ribosomal protein S6 modification protein  23.58 
 
 		 290 aa  60.5  0.00000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.76969  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1276  SSU ribosomal protein S6P modification protein  24.21 
 
 		 310 aa  60.5  0.00000007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_23180  SSU ribosomal protein S6P modification protein  22.27 
 
 		 411 aa  60.5  0.00000007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3306  lysine biosynthesis enzyme LysX  26.47 
 
 		 287 aa  60.5  0.00000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0769  SSU ribosomal protein S6P modification protein  22.89 
 
 		 471 aa  59.7  0.0000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.974202  normal  0.327706 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2724  lysine biosynthesis enzyme LysX  27.18 
 
 		 281 aa  59.7  0.0000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.772565  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2098  SSU ribosomal protein S6P modification protein  23.14 
 
 		 301 aa  59.3  0.0000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.247188  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0481  hypothetical protein  23.91 
 
 		 302 aa  59.3  0.0000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0457  hypothetical protein  23.91 
 
 		 302 aa  59.3  0.0000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1761  lysine biosynthesis enzyme LysX  28.1 
 
 		 296 aa  58.9  0.0000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3597  lysine biosynthesis enzyme LysX  26.27 
 
 		 283 aa  58.9  0.0000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.109467 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2828  alpha-L-glutamate ligases, ribosomal protein S6 modification protein of RimK family protein  23.68 
 
 		 302 aa  58.5  0.0000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0244  alpha-L-glutamate ligase  22.49 
 
 		 302 aa  57  0.0000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.12128  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0449  S6 modification enzyme RimK  25 
 
 		 301 aa  57  0.0000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0912  alpha-L-glutamate ligase  27.14 
 
 		 271 aa  56.6  0.0000009  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.966867  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00716  ribosomal protein S6 modification protein  23.41 
 
 		 301 aa  56.2  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3469  lysine biosynthesis enzyme LysX  28.73 
 
 		 285 aa  56.2  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.072295 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0168  L-2-aminoadipate N-acetyltransferase  23.84 
 
 		 283 aa  56.2  0.000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  decreased coverage  0.0000000151287  normal  0.111818 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3966  alpha-L-glutamate ligase  23.14 
 
 		 456 aa  55.8  0.000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000098482  normal  0.0844879 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2369  RimK domain protein ATP-grasp  23.76 
 
 		 299 aa  55.5  0.000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.438886 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0604  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  23.04 
 
 		 302 aa  55.5  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1059  lysine biosynthesis enzyme LysX  28.18 
 
 		 282 aa  54.7  0.000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.411939  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2061  S6 modification enzyme RimK  24.35 
 
 		 301 aa  55.1  0.000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000579629  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2398  S6 modification enzyme RimK  24.35 
 
 		 307 aa  55.1  0.000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4122  alpha-L-glutamate ligase  23.14 
 
 		 459 aa  55.1  0.000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000650409  hitchhiker  0.00401578 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0444  lysine biosynthesis enzyme LysX  26.73 
 
 		 272 aa  55.1  0.000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0001654  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0316  lysine biosynthesis enzyme LysX  28.65 
 
 		 282 aa  55.1  0.000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0328  lysine biosynthesis enzyme LysX  27.19 
 
 		 294 aa  54.7  0.000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1704  lysine biosynthesis enzyme LysX  25 
 
 		 282 aa  54.3  0.000005  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.3971  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1690  ribosomal protein S6 modification protein  22.36 
 
 		 303 aa  54.3  0.000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1745  SSU ribosomal protein S6P modification protein  23.57 
 
 		 299 aa  54.3  0.000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000225359  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1825  SSU ribosomal protein S6P modification protein  23.57 
 
 		 299 aa  54.3  0.000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000123784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2274  SSU ribosomal protein S6P modification protein  23.57 
 
 		 299 aa  54.3  0.000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000086692  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0619  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  22.61 
 
 		 302 aa  53.9  0.000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.875829  normal  0.913535 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2270  ribosomal protein S6 modification protein  23.19 
 
 		 299 aa  53.9  0.000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0661  D-alanine/D-alanine ligase  25.95 
 
 		 311 aa  53.9  0.000006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3661  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  22.84 
 
 		 301 aa  53.9  0.000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2585  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  24.56 
 
 		 324 aa  53.5  0.000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06734  glutathione synthase  22.51 
 
 		 286 aa  53.9  0.000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0760  ribosomal protein S6 modification protein  23.14 
 
 		 301 aa  53.9  0.000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00088888  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0721  alpha-L-glutamate ligase  27.54 
 
 		 292 aa  53.5  0.000007  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.609176 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1967  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  23.08 
 
 		 301 aa  53.5  0.000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000256532  hitchhiker  0.00043621 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2266  SSU ribosomal protein S6P modification protein  23.81 
 
 		 305 aa  53.5  0.000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.484979  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2496  alpha-L-glutamate ligase  23.08 
 
 		 301 aa  53.5  0.000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000126065  normal  0.0109329 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2380  alpha-L-glutamate ligase  23.08 
 
 		 301 aa  53.5  0.000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000191941  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2391  alpha-L-glutamate ligase  23.08 
 
 		 301 aa  53.5  0.000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000134298  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1956  ribosomal protein S6 modification protein  21.95 
 
 		 303 aa  53.5  0.000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.52107  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2310  ribosomal protein S6 modification protein  22.54 
 
 		 301 aa  53.1  0.000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2289  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  23.17 
 
 		 300 aa  53.1  0.00001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0136  alpha-L-glutamate ligase  28.57 
 
 		 265 aa  53.1  0.00001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.0680474 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0286  RimK domain protein ATP-grasp  24.14 
 
 		 290 aa  53.1  0.00001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1549  S6 modification enzyme RimK  21.34 
 
 		 301 aa  53.1  0.00001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1687  S6 modification enzyme RimK  24.61 
 
 		 310 aa  52.8  0.00001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2779  alpha-L-glutamate ligase  23.81 
 
 		 302 aa  53.1  0.00001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000513891  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6087  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  22.61 
 
 		 302 aa  52.8  0.00001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0291  lysine biosynthesis enzyme LysX  29.33 
 
 		 302 aa  53.1  0.00001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.42871  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000825  ribosomal protein S6 glutaminyl transferase  21.49 
 
 		 301 aa  52.8  0.00001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000778733  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2143  alpha-L-glutamate ligase  23.08 
 
 		 301 aa  53.1  0.00001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000119851  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>