198 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2716 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009656  PSPA7_4039  hypothetical protein  69.06 
 
 		 515 aa  724    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0756389  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2956  ribosomal protein S6 modification protein-related protein  99.24 
 
 		 526 aa  1074    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0238931 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2526  glutathione synthase/ribosomal protein S6 modification glutaminyl transferase  69.32 
 
 		 528 aa  747    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000161005  normal  0.270973 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2617  hypothetical protein  70.08 
 
 		 524 aa  760    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.437395 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3347  hypothetical protein  69.51 
 
 		 495 aa  717    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39390  ribosomal protein S6 modification enzyme  69.92 
 
 		 495 aa  724    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.836539 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46880  glutathione synthase  69.46 
 
 		 529 aa  734    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000272025 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2716  RimK domain-containing protein ATP-grasp  100 
 
 		 526 aa  1082    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0575  RimK domain protein ATP-grasp  53.09 
 
 		 490 aa  533  1e-150  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0103875  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1035  RimK domain-containing protein ATP-grasp  51.62 
 
 		 499 aa  513  1e-144  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.494403  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2526  hypothetical protein  53.24 
 
 		 496 aa  482  1e-135  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2232  RimK domain protein ATP-grasp  52.15 
 
 		 494 aa  476  1e-133  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.360505 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2089  RimK domain protein ATP-grasp  49.8 
 
 		 518 aa  472  1e-132  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2466  hypothetical protein  49.8 
 
 		 518 aa  472  1e-132  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1841  RimK domain-containing protein ATP-grasp  46.49 
 
 		 492 aa  467  9.999999999999999e-131  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0608327 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1157  glutathione synthase  45.06 
 
 		 483 aa  442  1e-123  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1291  RimK domain-containing protein ATP-grasp  42.97 
 
 		 483 aa  425  1e-118  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.696817  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1912  hypothetical protein  43.12 
 
 		 483 aa  427  1e-118  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1458  RimK domain-containing protein ATP-grasp  44.74 
 
 		 502 aa  402  1e-111  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0341602  normal  0.0124544 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1892  RimK domain-containing protein ATP-grasp  43.41 
 
 		 502 aa  400  9.999999999999999e-111  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.356939 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0776  RimK domain-containing protein ATP-grasp  43.21 
 
 		 486 aa  397  1e-109  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.121233  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1453  glutathione synthase/ribosomal protein S6 modification enzyme (glutaminyl transferase)  43.78 
 
 		 490 aa  388  1e-106  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.16454 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5784  RimK domain protein ATP-grasp  41.87 
 
 		 486 aa  387  1e-106  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1722  glutathione synthase/ribosomal protein S6 modification enzyme (glutaminyl transferase)  42.12 
 
 		 499 aa  383  1e-105  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2764  hypothetical protein  44.51 
 
 		 489 aa  383  1e-105  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.338805  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0957  RimK-like ATP-grasp  41.65 
 
 		 486 aa  384  1e-105  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0446  hypothetical protein  41.2 
 
 		 484 aa  376  1e-103  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0422  hypothetical protein  41.2 
 
 		 484 aa  377  1e-103  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4158  RimK-like ATP-grasp  42.01 
 
 		 488 aa  375  1e-103  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.530195  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2915  glutathione synthase  43.54 
 
 		 486 aa  370  1e-101  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.525295 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02216  glutathione synthase  38.75 
 
 		 495 aa  354  2e-96  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000592479  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1695  RimK domain-containing protein ATP-grasp  36.82 
 
 		 335 aa  168  2e-40  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.803385  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1433  RimK domain-containing protein ATP-grasp  31.71 
 
 		 316 aa  155  2e-36  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.133242 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1626  RimK domain-containing protein ATP-grasp  35.84 
 
 		 290 aa  155  2e-36  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.0205048 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0475  RimK domain-containing protein ATP-grasp  30.66 
 
 		 316 aa  149  9e-35  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.60167  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1421  RimK domain-containing protein ATP-grasp  32.08 
 
 		 316 aa  144  3e-33  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1201  RimK domain-containing protein ATP-grasp  34.12 
 
 		 255 aa  136  9e-31  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1137  lysine biosynthesis enzyme LysX  28.14 
 
 		 283 aa  73.2  0.00000000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0237722  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0449  S6 modification enzyme RimK  26.95 
 
 		 301 aa  72  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1361  alpha-L-glutamate ligase  24.82 
 
 		 301 aa  71.2  0.00000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.934336  hitchhiker  0.0000103664 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2266  SSU ribosomal protein S6P modification protein  28.21 
 
 		 305 aa  70.1  0.00000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.484979  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2398  S6 modification enzyme RimK  27.16 
 
 		 307 aa  69.3  0.0000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3666  alpha-L-glutamate ligase  27.51 
 
 		 301 aa  68.9  0.0000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000125802  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1299  ribosomal protein S6 modification protein  26.2 
 
 		 301 aa  69.3  0.0000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.186898  normal  0.0117357 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3966  alpha-L-glutamate ligase  24.33 
 
 		 456 aa  68.9  0.0000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000098482  normal  0.0844879 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4122  alpha-L-glutamate ligase  24.39 
 
 		 459 aa  68.9  0.0000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000650409  hitchhiker  0.00401578 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2270  ribosomal protein S6 modification protein  26.72 
 
 		 299 aa  68.6  0.0000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00716  ribosomal protein S6 modification protein  25.8 
 
 		 301 aa  68.6  0.0000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0244  alpha-L-glutamate ligase  26.61 
 
 		 302 aa  68.6  0.0000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.12128  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0686  SSU ribosomal protein S6P modification protein  26.41 
 
 		 301 aa  67.8  0.0000000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  unclonable  0.0000000000000259145  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1745  SSU ribosomal protein S6P modification protein  26.29 
 
 		 299 aa  67.8  0.0000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000225359  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1825  SSU ribosomal protein S6P modification protein  26.29 
 
 		 299 aa  67.8  0.0000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000123784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2274  SSU ribosomal protein S6P modification protein  26.29 
 
 		 299 aa  67.8  0.0000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000086692  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0363  SSU ribosomal protein S6P modification protein  24.18 
 
 		 301 aa  67.8  0.0000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1967  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  25.86 
 
 		 301 aa  67  0.0000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000256532  hitchhiker  0.00043621 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2496  alpha-L-glutamate ligase  25.86 
 
 		 301 aa  67  0.0000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000126065  normal  0.0109329 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2380  alpha-L-glutamate ligase  25.86 
 
 		 301 aa  67  0.0000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000191941  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2391  alpha-L-glutamate ligase  25.86 
 
 		 301 aa  67  0.0000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000134298  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2143  alpha-L-glutamate ligase  25.86 
 
 		 301 aa  67  0.0000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000119851  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2353  alpha-L-glutamate ligase  26.27 
 
 		 301 aa  67  0.0000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000863949  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0481  hypothetical protein  27.9 
 
 		 302 aa  66.6  0.000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0457  hypothetical protein  27.9 
 
 		 302 aa  66.6  0.000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1871  ribosomal protein S6 modification protein  26.43 
 
 		 301 aa  66.6  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2310  ribosomal protein S6 modification protein  26.84 
 
 		 301 aa  65.5  0.000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1240  SSU ribosomal protein S6P modification protein  27.07 
 
 		 302 aa  66.2  0.000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.272934  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1212  alpha-L-glutamate ligases, RimK family protein  25.7 
 
 		 301 aa  65.9  0.000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0387338  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2418  alpha-L-glutamate ligases, RimK family protein  26.29 
 
 		 298 aa  65.9  0.000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2061  S6 modification enzyme RimK  26.59 
 
 		 301 aa  65.1  0.000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000579629  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2032  SSU ribosomal protein S6P modification protein  26.64 
 
 		 301 aa  65.1  0.000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000147156  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0769  SSU ribosomal protein S6P modification protein  24.72 
 
 		 471 aa  65.1  0.000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.974202  normal  0.327706 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68660  ribosomal protein S6 modification protein  25.11 
 
 		 301 aa  64.7  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5941  ribosomal protein S6 modification protein  25.11 
 
 		 301 aa  64.7  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3160  ribosomal protein S6 modification protein  26.75 
 
 		 301 aa  64.3  0.000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1766  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  25.97 
 
 		 301 aa  64.3  0.000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.918853 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0505  alpha-L-glutamate ligase  25.99 
 
 		 301 aa  64.3  0.000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3945  alpha-L-glutamate ligase  25.99 
 
 		 301 aa  63.9  0.000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3327  alpha-L-glutamate ligase  25.99 
 
 		 301 aa  63.9  0.000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3763  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  25.99 
 
 		 301 aa  64.3  0.000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.86581 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3819  alpha-L-glutamate ligase  25.99 
 
 		 301 aa  64.3  0.000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2289  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  25.44 
 
 		 300 aa  63.5  0.000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3664  alpha-L-glutamate ligase  25.54 
 
 		 301 aa  63.5  0.000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.124246  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2828  alpha-L-glutamate ligases, ribosomal protein S6 modification protein of RimK family protein  24.8 
 
 		 302 aa  63.5  0.000000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2640  S6 modification enzyme RimK  25.3 
 
 		 301 aa  62.8  0.00000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.363149  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0760  ribosomal protein S6 modification protein  25.11 
 
 		 301 aa  63.5  0.00000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00088888  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0546  alpha-L-glutamate ligase  25.55 
 
 		 301 aa  63.2  0.00000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3484  alpha-L-glutamate ligase  25.55 
 
 		 301 aa  63.2  0.00000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0545  alpha-L-glutamate ligase  25.55 
 
 		 301 aa  62.8  0.00000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0273  alpha-L-glutamate ligase  25.11 
 
 		 301 aa  62.8  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4964  alpha-L-glutamate ligase  25.11 
 
 		 301 aa  62.8  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000940925 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06734  glutathione synthase  24.24 
 
 		 286 aa  63.2  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000825  ribosomal protein S6 glutaminyl transferase  24.05 
 
 		 301 aa  62  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000778733  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0248  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  25.11 
 
 		 301 aa  62.8  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0180089 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05140  ribosomal protein S6 modification enzyme RimK  25.11 
 
 		 301 aa  62.4  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0879  ribosomal protein S6 modification protein  26.32 
 
 		 300 aa  62.4  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.734196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0924  ribosomal protein S6 modification protein  25.44 
 
 		 300 aa  62.4  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0263  alpha-L-glutamate ligase  25.11 
 
 		 301 aa  62.8  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.553998 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2790  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  25.44 
 
 		 300 aa  62  0.00000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0546  ribosomal protein S6 modification protein  25.99 
 
 		 301 aa  61.6  0.00000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1006  ribosomal protein S6 modification protein  25.44 
 
 		 300 aa  62  0.00000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.195269 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2744  ribosomal protein S6 modification protein  25.44 
 
 		 300 aa  62  0.00000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.155924 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>