216 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2915 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2915  glutathione synthase  100 
 
 		 486 aa  1015    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.525295 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4158  RimK-like ATP-grasp  60.16 
 
 		 488 aa  600  1e-170  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.530195  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02216  glutathione synthase  55.02 
 
 		 495 aa  551  1e-155  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000592479  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1841  RimK domain-containing protein ATP-grasp  49.29 
 
 		 492 aa  473  1e-132  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0608327 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1035  RimK domain-containing protein ATP-grasp  47.52 
 
 		 499 aa  462  1e-129  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.494403  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1157  glutathione synthase  45.6 
 
 		 483 aa  424  1e-117  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1912  hypothetical protein  44.54 
 
 		 483 aa  425  1e-117  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1291  RimK domain-containing protein ATP-grasp  43.88 
 
 		 483 aa  395  1e-109  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.696817  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39390  ribosomal protein S6 modification enzyme  43.57 
 
 		 495 aa  398  1e-109  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.836539 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3347  hypothetical protein  43.36 
 
 		 495 aa  395  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2526  glutathione synthase/ribosomal protein S6 modification glutaminyl transferase  43.61 
 
 		 528 aa  392  1e-108  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000161005  normal  0.270973 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2956  ribosomal protein S6 modification protein-related protein  43.76 
 
 		 526 aa  389  1e-107  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0238931 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2617  hypothetical protein  42.38 
 
 		 524 aa  389  1e-107  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.437395 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2526  hypothetical protein  44.42 
 
 		 496 aa  385  1e-106  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2716  RimK domain-containing protein ATP-grasp  43.54 
 
 		 526 aa  387  1e-106  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46880  glutathione synthase  41.63 
 
 		 529 aa  384  1e-105  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000272025 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0575  RimK domain protein ATP-grasp  40.92 
 
 		 490 aa  382  1e-105  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0103875  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4039  hypothetical protein  40.79 
 
 		 515 aa  375  1e-103  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0756389  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2232  RimK domain protein ATP-grasp  42.92 
 
 		 494 aa  376  1e-103  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.360505 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5784  RimK domain protein ATP-grasp  40.53 
 
 		 486 aa  357  2.9999999999999997e-97  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2466  hypothetical protein  40.28 
 
 		 518 aa  353  2.9999999999999997e-96  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2089  RimK domain protein ATP-grasp  40.28 
 
 		 518 aa  353  2.9999999999999997e-96  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0446  hypothetical protein  40.49 
 
 		 484 aa  352  8.999999999999999e-96  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0422  hypothetical protein  39.67 
 
 		 484 aa  350  3e-95  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1892  RimK domain-containing protein ATP-grasp  40.2 
 
 		 502 aa  350  3e-95  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.356939 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0957  RimK-like ATP-grasp  38.81 
 
 		 486 aa  345  8.999999999999999e-94  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1458  RimK domain-containing protein ATP-grasp  37.61 
 
 		 502 aa  343  2.9999999999999997e-93  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0341602  normal  0.0124544 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2764  hypothetical protein  38.99 
 
 		 489 aa  338  9.999999999999999e-92  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.338805  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0776  RimK domain-containing protein ATP-grasp  37.79 
 
 		 486 aa  335  2e-90  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.121233  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1453  glutathione synthase/ribosomal protein S6 modification enzyme (glutaminyl transferase)  37.37 
 
 		 490 aa  305  9.000000000000001e-82  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.16454 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1722  glutathione synthase/ribosomal protein S6 modification enzyme (glutaminyl transferase)  36.68 
 
 		 499 aa  300  4e-80  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1695  RimK domain-containing protein ATP-grasp  36.97 
 
 		 335 aa  169  1e-40  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.803385  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1421  RimK domain-containing protein ATP-grasp  32.75 
 
 		 316 aa  159  1e-37  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1433  RimK domain-containing protein ATP-grasp  32.97 
 
 		 316 aa  157  4e-37  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.133242 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0475  RimK domain-containing protein ATP-grasp  31.5 
 
 		 316 aa  151  2e-35  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.60167  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1626  RimK domain-containing protein ATP-grasp  35.08 
 
 		 290 aa  145  1e-33  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.0205048 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1201  RimK domain-containing protein ATP-grasp  36.32 
 
 		 255 aa  144  3e-33  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2032  SSU ribosomal protein S6P modification protein  26.12 
 
 		 301 aa  73.9  0.000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000147156  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0760  ribosomal protein S6 modification protein  24.51 
 
 		 301 aa  73.6  0.000000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00088888  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1361  alpha-L-glutamate ligase  24.79 
 
 		 301 aa  70.5  0.00000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.934336  hitchhiker  0.0000103664 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3664  alpha-L-glutamate ligase  25.85 
 
 		 301 aa  70.1  0.00000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.124246  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02450  Glutathione synthase  30.77 
 
 		 292 aa  69.3  0.0000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3666  alpha-L-glutamate ligase  25.61 
 
 		 301 aa  69.7  0.0000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000125802  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06734  glutathione synthase  24.89 
 
 		 286 aa  68.6  0.0000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1871  ribosomal protein S6 modification protein  24.23 
 
 		 301 aa  68.9  0.0000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000825  ribosomal protein S6 glutaminyl transferase  24.89 
 
 		 301 aa  68.6  0.0000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000778733  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2828  alpha-L-glutamate ligases, ribosomal protein S6 modification protein of RimK family protein  24.8 
 
 		 302 aa  68.6  0.0000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2398  S6 modification enzyme RimK  25.34 
 
 		 307 aa  67  0.0000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1028  ribosomal protein S6 modification protein  26.7 
 
 		 300 aa  67  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.275544  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1137  lysine biosynthesis enzyme LysX  27.18 
 
 		 283 aa  66.6  0.0000000008  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0237722  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1299  ribosomal protein S6 modification protein  24.28 
 
 		 301 aa  67  0.0000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.186898  normal  0.0117357 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2418  alpha-L-glutamate ligases, RimK family protein  24 
 
 		 298 aa  66.6  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1009  ribosomal protein S6 modification protein  26.24 
 
 		 300 aa  65.9  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0948  ribosomal protein S6 modification protein  26.24 
 
 		 300 aa  65.9  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1276  SSU ribosomal protein S6P modification protein  23.46 
 
 		 310 aa  65.5  0.000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0912  ribosomal protein S6 modification protein  26.24 
 
 		 300 aa  65.9  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0980  ribosomal protein S6 modification protein  26.24 
 
 		 300 aa  65.9  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0524519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0912  alpha-L-glutamate ligase  24.19 
 
 		 271 aa  65.5  0.000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.966867  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0244  alpha-L-glutamate ligase  25.68 
 
 		 302 aa  65.9  0.000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.12128  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0449  S6 modification enzyme RimK  24.78 
 
 		 301 aa  65.5  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2289  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  24.67 
 
 		 300 aa  65.1  0.000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0924  ribosomal protein S6 modification protein  25.34 
 
 		 300 aa  64.3  0.000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1549  S6 modification enzyme RimK  22.44 
 
 		 301 aa  64.3  0.000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3327  alpha-L-glutamate ligase  24.09 
 
 		 301 aa  63.9  0.000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1185  alpha-L-glutamate ligase  27.16 
 
 		 265 aa  63.9  0.000000006  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0291  lysine biosynthesis enzyme LysX  28.31 
 
 		 302 aa  63.5  0.000000007  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.42871  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2480  ribosomal protein S6 modification protein  25.34 
 
 		 300 aa  63.5  0.000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00857  ribosomal protein S6 modification protein  25.34 
 
 		 300 aa  63.5  0.000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2790  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  25.34 
 
 		 300 aa  63.5  0.000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0955  ribosomal protein S6 modification protein  25.34 
 
 		 300 aa  63.5  0.000000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00863  hypothetical protein  25.34 
 
 		 300 aa  63.5  0.000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1006  ribosomal protein S6 modification protein  25.34 
 
 		 300 aa  63.5  0.000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.195269 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68660  ribosomal protein S6 modification protein  24.61 
 
 		 301 aa  63.5  0.000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5941  ribosomal protein S6 modification protein  24.61 
 
 		 301 aa  63.5  0.000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2744  ribosomal protein S6 modification protein  25.34 
 
 		 300 aa  63.5  0.000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.155924 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0879  ribosomal protein S6 modification protein  25.34 
 
 		 300 aa  63.2  0.00000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.734196  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2098  SSU ribosomal protein S6P modification protein  23.56 
 
 		 301 aa  63.2  0.00000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.247188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1643  alpha-L-glutamate ligase  25.48 
 
 		 300 aa  62.4  0.00000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0124301 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00716  ribosomal protein S6 modification protein  23.08 
 
 		 301 aa  62.4  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2061  S6 modification enzyme RimK  23.56 
 
 		 301 aa  62  0.00000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000579629  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1687  S6 modification enzyme RimK  27.42 
 
 		 310 aa  62.4  0.00000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2779  alpha-L-glutamate ligase  24 
 
 		 302 aa  62.8  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000513891  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1745  SSU ribosomal protein S6P modification protein  23.56 
 
 		 299 aa  62.4  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000225359  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1825  SSU ribosomal protein S6P modification protein  23.56 
 
 		 299 aa  62.4  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000123784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2274  SSU ribosomal protein S6P modification protein  23.56 
 
 		 299 aa  62.4  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000086692  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2270  ribosomal protein S6 modification protein  23.11 
 
 		 299 aa  62  0.00000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1808  L-2-aminoadipate N-acetyltransferase  24.8 
 
 		 269 aa  61.2  0.00000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0145  alpha-L-glutamate ligase  28.11 
 
 		 264 aa  61.2  0.00000004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.563722  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1967  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  23.18 
 
 		 301 aa  60.8  0.00000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000256532  hitchhiker  0.00043621 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2380  alpha-L-glutamate ligase  23.18 
 
 		 301 aa  60.8  0.00000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000191941  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2496  alpha-L-glutamate ligase  23.18 
 
 		 301 aa  60.8  0.00000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000126065  normal  0.0109329 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2391  alpha-L-glutamate ligase  23.18 
 
 		 301 aa  60.8  0.00000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000134298  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3763  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  23.64 
 
 		 301 aa  60.5  0.00000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.86581 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0686  SSU ribosomal protein S6P modification protein  21.9 
 
 		 301 aa  60.5  0.00000006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  unclonable  0.0000000000000259145  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3819  alpha-L-glutamate ligase  23.64 
 
 		 301 aa  60.5  0.00000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1690  ribosomal protein S6 modification protein  24.09 
 
 		 303 aa  60.5  0.00000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0505  alpha-L-glutamate ligase  23.64 
 
 		 301 aa  60.5  0.00000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2143  alpha-L-glutamate ligase  23.18 
 
 		 301 aa  60.5  0.00000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000119851  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2310  ribosomal protein S6 modification protein  22.67 
 
 		 301 aa  60.5  0.00000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3945  alpha-L-glutamate ligase  23.64 
 
 		 301 aa  60.5  0.00000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>