227 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1268 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



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Organism name
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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00165  PII uridylyl-transferase  49.34 
 
 		 890 aa  810    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3436  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  49.1 
 
 		 890 aa  806    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0170  PII uridylyl-transferase  49.1 
 
 		 890 aa  805    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.751876  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1589  PII uridylyl-transferase  41.43 
 
 		 900 aa  655    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.590557 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0565  protein-P-II uridylyltransferase  42.28 
 
 		 877 aa  647    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.184337  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2983  PII uridylyl-transferase  49.76 
 
 		 890 aa  825    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1549  protein-P-II uridylyltransferase  46.55 
 
 		 878 aa  780    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0159  PII uridylyl-transferase  49.22 
 
 		 890 aa  808    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0691765  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1626  PII uridylyl-transferase  78.21 
 
 		 861 aa  1361    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1532  [protein-pII] uridylyltransferase  42.33 
 
 		 898 aa  672    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002744  [Protein-PII] uridylyltransferase  51.02 
 
 		 874 aa  843    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1341  PII uridylyl-transferase  42.2 
 
 		 898 aa  654    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.636582 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3362  PII uridylyl-transferase  49.58 
 
 		 903 aa  819    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0806  protein-P-II uridylyltransferase  42.89 
 
 		 892 aa  683    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.389764  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1099  PII uridylyl-transferase  42.17 
 
 		 900 aa  671    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.30098  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1479  PII uridylyl-transferase  77.97 
 
 		 861 aa  1367    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.450236  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03239  PII uridylyl-transferase  50.36 
 
 		 874 aa  847    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3163  PII uridylyl-transferase  72.39 
 
 		 859 aa  1277    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.258503  normal  0.795531 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1443  PII uridylyl-transferase  77.86 
 
 		 861 aa  1365    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.322557  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0939  PII uridylyl-transferase  49.46 
 
 		 904 aa  821    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.119925  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3437  PII uridylyl-transferase  48.8 
 
 		 893 aa  783    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00164  hypothetical protein  49.34 
 
 		 890 aa  810    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.920413  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0169  PII uridylyl-transferase  49.22 
 
 		 890 aa  808    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3055  PII uridylyl-transferase  42.81 
 
 		 899 aa  682    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.460023  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4084  PII uridylyl-transferase  41.46 
 
 		 900 aa  664    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.822232 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0253  PII uridylyl-transferase  47.9 
 
 		 890 aa  806    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2904  PII uridylyl-transferase  77.74 
 
 		 861 aa  1364    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0760318  normal  0.279173 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2602  PII uridylyl-transferase  41.33 
 
 		 900 aa  658    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1064  PII uridylyl-transferase  48.8 
 
 		 912 aa  783    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3167  PII uridylyl-transferase  48.83 
 
 		 893 aa  816    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1499  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  45.38 
 
 		 893 aa  713    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.179178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1552  PII uridylyl-transferase  80.14 
 
 		 861 aa  1449    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.350187  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1144  PII uridylyl-transferase  41.43 
 
 		 900 aa  656    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.206269  normal  0.972072 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0561  PII uridylyl-transferase  43.85 
 
 		 891 aa  686    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.113275  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3493  PII uridylyl-transferase  49.34 
 
 		 890 aa  810    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.761936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1481  PII uridylyl-transferase  42.54 
 
 		 900 aa  693    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.918327  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0175  PII uridylyl-transferase  49.22 
 
 		 890 aa  808    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0452861  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1247  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  47.84 
 
 		 870 aa  761    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2643  PII uridylyl-transferase  77.97 
 
 		 861 aa  1358    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.843339  normal  0.359945 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2710  PII uridylyl-transferase  77.86 
 
 		 861 aa  1358    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.468819  normal  0.700488 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1865  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  44.86 
 
 		 894 aa  739    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.678957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1268  PII uridylyl-transferase  100 
 
 		 857 aa  1774    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0235  PII uridylyl-transferase  47.9 
 
 		 890 aa  805    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17040  PII uridylyl-transferase  42.54 
 
 		 900 aa  694    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1011  PII uridylyl-transferase  48.8 
 
 		 893 aa  783    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0146749  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0235  PII uridylyl-transferase  47.9 
 
 		 890 aa  807    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.862739  normal  0.902468 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2817  PII uridylyl-transferase  77.86 
 
 		 861 aa  1357    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0674494  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0705  PII uridylyl-transferase  48.13 
 
 		 891 aa  792    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.707926  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1346  PII uridylyl-transferase  77.86 
 
 		 860 aa  1365    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00951231  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1853  PII uridylyl-transferase  50.35 
 
 		 881 aa  847    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0172176  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3746  (protein-PII) uridylyltransferase  42.21 
 
 		 867 aa  649    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2887  PII uridylyl-transferase  72.33 
 
 		 851 aa  1285    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.664043  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0238  PII uridylyl-transferase  47.9 
 
 		 890 aa  806    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1137  PII uridylyl-transferase  75.35 
 
 		 856 aa  1341    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0729778  normal  0.136181 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3283  PII uridylyl-transferase  73.18 
 
 		 859 aa  1277    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000339287  hitchhiker  0.0000397326 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3004  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  49.82 
 
 		 869 aa  830    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.38403 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3792  PII uridylyl-transferase  48.2 
 
 		 892 aa  815    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.991129  hitchhiker  0.000938474 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2550  PII uridylyl-transferase  41.58 
 
 		 881 aa  654    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39010  PII uridylyl-transferase  42.69 
 
 		 899 aa  692    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1157  (Protein-PII) uridylyltransferase  44.07 
 
 		 899 aa  702    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2429  PII uridylyl-transferase  48.83 
 
 		 883 aa  810    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0251  PII uridylyl-transferase  47.9 
 
 		 890 aa  806    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.372246  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1468  metal dependent phosphohydrolase  44.44 
 
 		 889 aa  688    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1448  PII uridylyl-transferase  77.86 
 
 		 861 aa  1366    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.1847  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0177  PII uridylyl-transferase  49.4 
 
 		 890 aa  810    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2637  PII uridylyl-transferase  74.45 
 
 		 857 aa  1314    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0239463  normal  0.432402 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4188  PII uridylyl-transferase  41.43 
 
 		 900 aa  656    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.445496  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2877  protein-P-II uridylyltransferase  41.12 
 
 		 874 aa  629  1e-179  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.521501  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0910  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  40.14 
 
 		 882 aa  629  1e-179  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0445386  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3942  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  40.39 
 
 		 868 aa  616  1e-175  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1270  metal dependent phosphohydrolase  41.03 
 
 		 897 aa  612  1e-173  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.439382 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0829  PII uridylyl-transferase  39.58 
 
 		 861 aa  610  1e-173  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.328211  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1685  hypothetical protein  37.85 
 
 		 861 aa  597  1e-169  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1684  hypothetical protein  37.85 
 
 		 861 aa  597  1e-169  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1287  UTP-GlnB (protein PII) uridylyltransferase, GlnD  38.61 
 
 		 888 aa  598  1e-169  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.934135  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0556  metal dependent phosphohydrolase  39.14 
 
 		 899 aa  597  1e-169  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00258602 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0441  UTP-GlnB (protein PII) uridylyltransferase, GlnD  39.02 
 
 		 913 aa  594  1e-168  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0395  protein-P-II uridylyltransferase  38.79 
 
 		 915 aa  587  1e-166  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000919932 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1453  PII uridylyl-transferase  40.1 
 
 		 865 aa  556  1e-157  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1739  PII uridylyl-transferase  39.09 
 
 		 852 aa  551  1e-155  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2180  PII uridylyl-transferase  38.47 
 
 		 858 aa  547  1e-154  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.234625  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5331  PII uridylyl-transferase  38.38 
 
 		 858 aa  544  1e-153  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.345474  normal  0.597237 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1923  PII uridylyl-transferase  38.33 
 
 		 858 aa  545  1e-153  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.289399 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2054  PII uridylyl-transferase  38.33 
 
 		 858 aa  545  1e-153  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6056  PII uridylyl-transferase  37.93 
 
 		 858 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.399672  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2021  PII uridylyl-transferase  37.93 
 
 		 858 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1255  PII uridylyl-transferase  38.29 
 
 		 858 aa  541  9.999999999999999e-153  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0751944  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2041  PII uridylyl-transferase  37.91 
 
 		 858 aa  538  1e-151  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.442689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1532  PII uridylyl-transferase  37.48 
 
 		 856 aa  531  1e-149  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0731964  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1340  PII uridylyl-transferase  37.89 
 
 		 859 aa  531  1e-149  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.490148  normal  0.451762 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1759  PII uridylyl-transferase  37.84 
 
 		 875 aa  531  1e-149  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.308233 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2942  PII uridylyl-transferase  37.9 
 
 		 868 aa  526  1e-148  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3229  protein-P-II uridylyltransferase  34.24 
 
 		 857 aa  529  1e-148  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2496  PII uridylyl-transferase  37.79 
 
 		 858 aa  527  1e-148  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0815155  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2457  PII uridylyl-transferase  37.5 
 
 		 859 aa  524  1e-147  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.100241  hitchhiker  0.00205013 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2585  PII uridylyl-transferase  37.79 
 
 		 858 aa  525  1e-147  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1433  PII uridylyl-transferase  37.65 
 
 		 857 aa  525  1e-147  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000939305 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3252  PII uridylyl-transferase  37.79 
 
 		 858 aa  525  1e-147  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.131607  n/a   
 
 
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NC_009074  BURPS668_2439  PII uridylyl-transferase  37.79 
 
 		 858 aa  525  1e-147  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009080  BMA10247_1331  PII uridylyl-transferase  37.79 
 
 		 858 aa  525  1e-147  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.118754  n/a   
 
 
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