225 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1247 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



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Organism name
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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00165  PII uridylyl-transferase  43.71 
 
 		 890 aa  723    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3436  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  43.59 
 
 		 890 aa  721    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0169  PII uridylyl-transferase  43.71 
 
 		 890 aa  721    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1589  PII uridylyl-transferase  40.09 
 
 		 900 aa  651    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.590557 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1549  protein-P-II uridylyltransferase  45.01 
 
 		 878 aa  760    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1479  PII uridylyl-transferase  47.01 
 
 		 861 aa  756    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.450236  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1626  PII uridylyl-transferase  47.25 
 
 		 861 aa  754    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1532  [protein-pII] uridylyltransferase  41.03 
 
 		 898 aa  656    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39010  PII uridylyl-transferase  39.93 
 
 		 899 aa  654    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1341  PII uridylyl-transferase  40.8 
 
 		 898 aa  642    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.636582 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0177  PII uridylyl-transferase  43.82 
 
 		 890 aa  721    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1099  PII uridylyl-transferase  41.33 
 
 		 900 aa  666    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.30098  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3283  PII uridylyl-transferase  47.89 
 
 		 859 aa  776    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000339287  hitchhiker  0.0000397326 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1011  PII uridylyl-transferase  42.66 
 
 		 893 aa  697    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0146749  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002744  [Protein-PII] uridylyltransferase  44.9 
 
 		 874 aa  726    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3163  PII uridylyl-transferase  45.64 
 
 		 859 aa  753    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.258503  normal  0.795531 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1064  PII uridylyl-transferase  42.66 
 
 		 912 aa  697    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1481  PII uridylyl-transferase  40.25 
 
 		 900 aa  649    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.918327  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3792  PII uridylyl-transferase  43.67 
 
 		 892 aa  724    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.991129  hitchhiker  0.000938474 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0170  PII uridylyl-transferase  43.59 
 
 		 890 aa  718    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.751876  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0705  PII uridylyl-transferase  44.09 
 
 		 891 aa  728    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.707926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1144  PII uridylyl-transferase  40.09 
 
 		 900 aa  650    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.206269  normal  0.972072 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0253  PII uridylyl-transferase  43.59 
 
 		 890 aa  723    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3437  PII uridylyl-transferase  42.66 
 
 		 893 aa  697    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1552  PII uridylyl-transferase  46.13 
 
 		 861 aa  743    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.350187  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0561  PII uridylyl-transferase  41.08 
 
 		 891 aa  642    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.113275  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1443  PII uridylyl-transferase  46.78 
 
 		 861 aa  753    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.322557  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0939  PII uridylyl-transferase  43.15 
 
 		 904 aa  735    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.119925  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1247  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  100 
 
 		 870 aa  1805    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3362  PII uridylyl-transferase  44.38 
 
 		 903 aa  735    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2643  PII uridylyl-transferase  46.89 
 
 		 861 aa  751    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.843339  normal  0.359945 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2710  PII uridylyl-transferase  46.89 
 
 		 861 aa  750    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.468819  normal  0.700488 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1865  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  41.6 
 
 		 894 aa  682    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.678957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1268  PII uridylyl-transferase  48.01 
 
 		 857 aa  771    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03239  PII uridylyl-transferase  44.42 
 
 		 874 aa  726    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1499  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  40.89 
 
 		 893 aa  647    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.179178  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17040  PII uridylyl-transferase  40.44 
 
 		 900 aa  649    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2983  PII uridylyl-transferase  43.74 
 
 		 890 aa  729    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0235  PII uridylyl-transferase  43.59 
 
 		 890 aa  722    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.862739  normal  0.902468 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2817  PII uridylyl-transferase  46.77 
 
 		 861 aa  751    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0674494  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1346  PII uridylyl-transferase  47.56 
 
 		 860 aa  758    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00951231  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3055  PII uridylyl-transferase  40.48 
 
 		 899 aa  664    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.460023  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3493  PII uridylyl-transferase  43.71 
 
 		 890 aa  723    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.761936  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0159  PII uridylyl-transferase  43.71 
 
 		 890 aa  722    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0691765  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4084  PII uridylyl-transferase  39.95 
 
 		 900 aa  641    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.822232 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1137  PII uridylyl-transferase  48.8 
 
 		 856 aa  782    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0729778  normal  0.136181 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0251  PII uridylyl-transferase  43.59 
 
 		 890 aa  721    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.372246  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3004  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  44.64 
 
 		 869 aa  737    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.38403 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4188  PII uridylyl-transferase  40.09 
 
 		 900 aa  652    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.445496  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0235  PII uridylyl-transferase  43.74 
 
 		 890 aa  720    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2429  PII uridylyl-transferase  43.76 
 
 		 883 aa  723    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0238  PII uridylyl-transferase  43.47 
 
 		 890 aa  718    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00164  hypothetical protein  43.71 
 
 		 890 aa  723    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.920413  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0175  PII uridylyl-transferase  43.71 
 
 		 890 aa  722    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0452861  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1448  PII uridylyl-transferase  47.11 
 
 		 861 aa  755    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.1847  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2904  PII uridylyl-transferase  47.01 
 
 		 861 aa  758    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0760318  normal  0.279173 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1157  (Protein-PII) uridylyltransferase  40.02 
 
 		 899 aa  664    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2637  PII uridylyl-transferase  47.18 
 
 		 857 aa  748    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0239463  normal  0.432402 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2887  PII uridylyl-transferase  45.07 
 
 		 851 aa  748    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.664043  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1853  PII uridylyl-transferase  44.36 
 
 		 881 aa  725    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0172176  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3167  PII uridylyl-transferase  43.37 
 
 		 893 aa  729    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0565  protein-P-II uridylyltransferase  40.8 
 
 		 877 aa  620  1e-176  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.184337  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2877  protein-P-II uridylyltransferase  39.52 
 
 		 874 aa  621  1e-176  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.521501  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3746  (protein-PII) uridylyltransferase  39.77 
 
 		 867 aa  620  1e-176  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2602  PII uridylyl-transferase  39.75 
 
 		 900 aa  617  1e-175  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0910  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  39.2 
 
 		 882 aa  617  1e-175  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0445386  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2550  PII uridylyl-transferase  39.04 
 
 		 881 aa  618  1e-175  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0806  protein-P-II uridylyltransferase  41.11 
 
 		 892 aa  612  9.999999999999999e-175  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.389764  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3942  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  38.45 
 
 		 868 aa  602  1e-170  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1468  metal dependent phosphohydrolase  40 
 
 		 889 aa  597  1e-169  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0556  metal dependent phosphohydrolase  37.31 
 
 		 899 aa  594  1e-168  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00258602 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1270  metal dependent phosphohydrolase  37.22 
 
 		 897 aa  588  1e-166  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.439382 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0395  protein-P-II uridylyltransferase  37.08 
 
 		 915 aa  566  1e-160  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000919932 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0441  UTP-GlnB (protein PII) uridylyltransferase, GlnD  36.93 
 
 		 913 aa  566  1e-160  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0829  PII uridylyl-transferase  37.12 
 
 		 861 aa  563  1.0000000000000001e-159  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.328211  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1287  UTP-GlnB (protein PII) uridylyltransferase, GlnD  36.77 
 
 		 888 aa  558  1e-157  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.934135  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1739  PII uridylyl-transferase  37.67 
 
 		 852 aa  536  1e-151  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03034  PII uridylyl-transferase  63.82 
 
 		 395 aa  527  1e-148  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000138857  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1685  hypothetical protein  34.45 
 
 		 861 aa  522  1e-146  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1684  hypothetical protein  34.33 
 
 		 861 aa  522  1e-146  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1532  PII uridylyl-transferase  35.51 
 
 		 856 aa  518  1.0000000000000001e-145  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0731964  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2180  PII uridylyl-transferase  36.44 
 
 		 858 aa  509  9.999999999999999e-143  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.234625  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2633  PII uridylyl-transferase  35.28 
 
 		 887 aa  489  1e-136  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.107014  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3229  protein-P-II uridylyltransferase  32.81 
 
 		 857 aa  483  1e-135  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1883  PII uridylyl-transferase  36.32 
 
 		 869 aa  482  1e-134  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.779236  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0783  PII uridylyl-transferase  34.47 
 
 		 850 aa  478  1e-133  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.483078 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01140  PII uridylyl-transferase  35.92 
 
 		 838 aa  476  1e-133  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.120202  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2457  PII uridylyl-transferase  35.22 
 
 		 859 aa  478  1e-133  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.100241  hitchhiker  0.00205013 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1276  PII uridylyl-transferase  34.98 
 
 		 862 aa  478  1e-133  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.111517  normal  0.077343 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1340  PII uridylyl-transferase  34.98 
 
 		 862 aa  476  1e-133  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.423567 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1453  PII uridylyl-transferase  34.12 
 
 		 865 aa  478  1e-133  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1402  PII uridylyl-transferase  35 
 
 		 861 aa  473  1e-132  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1580  PII uridylyl-transferase  35.31 
 
 		 884 aa  474  1e-132  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1340  PII uridylyl-transferase  34.9 
 
 		 859 aa  473  1e-132  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.490148  normal  0.451762 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1043  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  34.95 
 
 		 862 aa  474  1e-132  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00030161 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1679  PII uridylyl-transferase  34.76 
 
 		 859 aa  474  1e-132  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0894657  normal  0.0862944 
 
 
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NC_011761  AFE_0924  protein-P-II uridylyltransferase  34.95 
 
 		 862 aa  474  1e-132  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1433  PII uridylyl-transferase  35.62 
 
 		 857 aa  472  1.0000000000000001e-131  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000939305 
 
 
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NC_008782  Ajs_2294  PII uridylyl-transferase  35.36 
 
 		 884 aa  471  1.0000000000000001e-131  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0510748 
 
 
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NC_011071  Smal_1274  PII uridylyl-transferase  35.53 
 
 		 875 aa  471  1.0000000000000001e-131  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.925276  normal  0.847254 
 
 
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