225 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0783 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



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Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc1402  PII uridylyl-transferase  49.64 
 
 
861 aa  789    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1276  PII uridylyl-transferase  50.18 
 
 
862 aa  788    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.111517  normal  0.077343 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1557  PII uridylyl-transferase  48.82 
 
 
858 aa  769    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1739  PII uridylyl-transferase  49.05 
 
 
852 aa  788    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1883  PII uridylyl-transferase  49.76 
 
 
869 aa  781    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.779236  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0783  PII uridylyl-transferase  100 
 
 
850 aa  1689    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.483078 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1255  PII uridylyl-transferase  49.11 
 
 
858 aa  766    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0751944  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2585  PII uridylyl-transferase  48.93 
 
 
858 aa  770    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5331  PII uridylyl-transferase  48.39 
 
 
858 aa  762    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.345474  normal  0.597237 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2457  PII uridylyl-transferase  49.41 
 
 
859 aa  783    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.100241  hitchhiker  0.00205013 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4853  PII uridylyl-transferase  48.71 
 
 
895 aa  747    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.826646  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2633  PII uridylyl-transferase  48.96 
 
 
887 aa  772    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.107014  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2025  PII uridylyl-transferase  48.82 
 
 
858 aa  768    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1923  PII uridylyl-transferase  48.75 
 
 
858 aa  768    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.289399 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1340  PII uridylyl-transferase  50.56 
 
 
859 aa  767    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.490148  normal  0.451762 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2422  PII uridylyl-transferase  48.67 
 
 
863 aa  754    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1532  PII uridylyl-transferase  50.53 
 
 
856 aa  841    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0731964  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2588  PII uridylyl-transferase  48.77 
 
 
863 aa  757    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.510321 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1679  PII uridylyl-transferase  49.29 
 
 
859 aa  781    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0894657  normal  0.0862944 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2041  PII uridylyl-transferase  48.75 
 
 
858 aa  763    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.442689  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1340  PII uridylyl-transferase  50.18 
 
 
862 aa  788    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.423567 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1433  PII uridylyl-transferase  50.12 
 
 
857 aa  801    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000939305 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6056  PII uridylyl-transferase  48.75 
 
 
858 aa  764    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.399672  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1918  PII uridylyl-transferase  48.83 
 
 
884 aa  774    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.151624 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2180  PII uridylyl-transferase  51.13 
 
 
858 aa  797    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.234625  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2054  PII uridylyl-transferase  48.63 
 
 
858 aa  766    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2021  PII uridylyl-transferase  48.75 
 
 
858 aa  764    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2942  PII uridylyl-transferase  49.05 
 
 
868 aa  772    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1580  PII uridylyl-transferase  48.43 
 
 
884 aa  749    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3101  PII uridylyl-transferase  48.24 
 
 
885 aa  748    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.429175  normal  0.244748 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1819  PII uridylyl-transferase  48.01 
 
 
864 aa  759    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2294  PII uridylyl-transferase  48.43 
 
 
884 aa  748    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0510748 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2059  PII uridylyl-transferase  48.93 
 
 
858 aa  770    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.222746  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3611  PII uridylyl-transferase  48.01 
 
 
893 aa  723    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.434009  normal  0.951949 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1759  PII uridylyl-transferase  48.89 
 
 
875 aa  766    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.308233 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3252  PII uridylyl-transferase  48.93 
 
 
858 aa  770    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.131607  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2439  PII uridylyl-transferase  48.93 
 
 
858 aa  770    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2496  PII uridylyl-transferase  48.93 
 
 
858 aa  770    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0815155  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1331  PII uridylyl-transferase  48.93 
 
 
858 aa  770    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.118754  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1453  PII uridylyl-transferase  48.17 
 
 
865 aa  798    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1499  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  42.59 
 
 
893 aa  603  1.0000000000000001e-171  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.179178  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1865  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  43.18 
 
 
894 aa  603  1.0000000000000001e-171  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.678957  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1468  metal dependent phosphohydrolase  42.84 
 
 
889 aa  585  1e-166  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0806  protein-P-II uridylyltransferase  40.57 
 
 
892 aa  584  1.0000000000000001e-165  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.389764  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1157  (Protein-PII) uridylyltransferase  42.14 
 
 
899 aa  585  1.0000000000000001e-165  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17040  PII uridylyl-transferase  38.97 
 
 
900 aa  581  1e-164  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1099  PII uridylyl-transferase  39.46 
 
 
900 aa  578  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.30098  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1481  PII uridylyl-transferase  38.73 
 
 
900 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.918327  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1589  PII uridylyl-transferase  38.63 
 
 
900 aa  569  1e-161  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.590557 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1144  PII uridylyl-transferase  38.51 
 
 
900 aa  569  1e-161  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.206269  normal  0.972072 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4084  PII uridylyl-transferase  38.74 
 
 
900 aa  569  1e-161  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.822232 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4188  PII uridylyl-transferase  39.78 
 
 
900 aa  566  1e-160  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.445496  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3055  PII uridylyl-transferase  38.03 
 
 
899 aa  567  1e-160  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.460023  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1532  [protein-pII] uridylyltransferase  38.43 
 
 
898 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39010  PII uridylyl-transferase  38.53 
 
 
899 aa  560  1e-158  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2602  PII uridylyl-transferase  38.36 
 
 
900 aa  549  1e-155  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0565  protein-P-II uridylyltransferase  39.49 
 
 
877 aa  548  1e-154  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.184337  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1270  metal dependent phosphohydrolase  37.86 
 
 
897 aa  545  1e-153  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.439382 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1341  PII uridylyl-transferase  38.08 
 
 
898 aa  538  1e-151  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.636582 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0561  PII uridylyl-transferase  39.48 
 
 
891 aa  531  1e-149  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.113275  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2550  PII uridylyl-transferase  36.66 
 
 
881 aa  522  1e-147  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2983  PII uridylyl-transferase  37.16 
 
 
890 aa  517  1.0000000000000001e-145  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3792  PII uridylyl-transferase  37.37 
 
 
892 aa  517  1.0000000000000001e-145  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.991129  hitchhiker  0.000938474 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0939  PII uridylyl-transferase  37.26 
 
 
904 aa  513  1e-144  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.119925  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00165  PII uridylyl-transferase  36.95 
 
 
890 aa  511  1e-143  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3436  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  36.95 
 
 
890 aa  509  1e-143  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1549  protein-P-II uridylyltransferase  35.61 
 
 
878 aa  511  1e-143  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0159  PII uridylyl-transferase  36.95 
 
 
890 aa  511  1e-143  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0691765  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3167  PII uridylyl-transferase  37.16 
 
 
893 aa  509  1e-143  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00164  hypothetical protein  36.95 
 
 
890 aa  511  1e-143  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.920413  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0169  PII uridylyl-transferase  36.83 
 
 
890 aa  509  1e-143  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3362  PII uridylyl-transferase  37.15 
 
 
903 aa  509  1e-143  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3493  PII uridylyl-transferase  36.95 
 
 
890 aa  511  1e-143  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.761936  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1685  hypothetical protein  33.97 
 
 
861 aa  506  9.999999999999999e-143  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0177  PII uridylyl-transferase  36.83 
 
 
890 aa  508  9.999999999999999e-143  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1268  PII uridylyl-transferase  37.81 
 
 
857 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0175  PII uridylyl-transferase  36.71 
 
 
890 aa  509  9.999999999999999e-143  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0452861  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0170  PII uridylyl-transferase  36.71 
 
 
890 aa  507  9.999999999999999e-143  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.751876  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1684  hypothetical protein  33.73 
 
 
861 aa  504  1e-141  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1011  PII uridylyl-transferase  36.58 
 
 
893 aa  503  1e-141  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0146749  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2887  PII uridylyl-transferase  38.69 
 
 
851 aa  504  1e-141  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.664043  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0705  PII uridylyl-transferase  36.27 
 
 
891 aa  504  1e-141  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.707926  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1064  PII uridylyl-transferase  36.58 
 
 
912 aa  503  1e-141  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3437  PII uridylyl-transferase  36.58 
 
 
893 aa  503  1e-141  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1552  PII uridylyl-transferase  36.94 
 
 
861 aa  501  1e-140  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.350187  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0253  PII uridylyl-transferase  36.38 
 
 
890 aa  501  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0235  PII uridylyl-transferase  36.36 
 
 
890 aa  499  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0235  PII uridylyl-transferase  36.33 
 
 
890 aa  499  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.862739  normal  0.902468 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2147  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  38.06 
 
 
863 aa  499  1e-140  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.112628  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1287  UTP-GlnB (protein PII) uridylyltransferase, GlnD  34.78 
 
 
888 aa  498  1e-139  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.934135  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0238  PII uridylyl-transferase  36.36 
 
 
890 aa  499  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0251  PII uridylyl-transferase  36.36 
 
 
890 aa  498  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.372246  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3163  PII uridylyl-transferase  38.52 
 
 
859 aa  496  9.999999999999999e-139  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.258503  normal  0.795531 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3283  PII uridylyl-transferase  35.82 
 
 
859 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000339287  hitchhiker  0.0000397326 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03239  PII uridylyl-transferase  34.61 
 
 
874 aa  493  9.999999999999999e-139  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3004  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  34.83 
 
 
869 aa  495  9.999999999999999e-139  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.38403 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2637  PII uridylyl-transferase  38.85 
 
 
857 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0239463  normal  0.432402 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2429  PII uridylyl-transferase  35.16 
 
 
883 aa  490  1e-137  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_008700  Sama_1137  PII uridylyl-transferase  37.55 
 
 
856 aa  489  1e-137  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0729778  normal  0.136181 
 
 
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NC_009438  Sputcn32_1346  PII uridylyl-transferase  38.4 
 
 
860 aa  488  1e-136  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00951231  n/a   
 
 
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