229 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2602 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1589  PII uridylyl-transferase  52.54 
 
 		 900 aa  978    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.590557 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0565  protein-P-II uridylyltransferase  42.29 
 
 		 877 aa  692    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.184337  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1549  protein-P-II uridylyltransferase  41.53 
 
 		 878 aa  657    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1532  [protein-pII] uridylyltransferase  53.09 
 
 		 898 aa  974    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1685  hypothetical protein  40.78 
 
 		 861 aa  663    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1684  hypothetical protein  40.78 
 
 		 861 aa  662    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1341  PII uridylyl-transferase  53.31 
 
 		 898 aa  961    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.636582 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0395  protein-P-II uridylyltransferase  40.73 
 
 		 915 aa  647    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000919932 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002744  [Protein-PII] uridylyltransferase  40.89 
 
 		 874 aa  652    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1499  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  44.29 
 
 		 893 aa  736    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.179178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0806  protein-P-II uridylyltransferase  42.02 
 
 		 892 aa  699    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.389764  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1099  PII uridylyl-transferase  53.07 
 
 		 900 aa  978    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.30098  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3055  PII uridylyl-transferase  53.55 
 
 		 899 aa  990    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.460023  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39010  PII uridylyl-transferase  53.33 
 
 		 899 aa  986    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2429  PII uridylyl-transferase  40.9 
 
 		 883 aa  650    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2602  PII uridylyl-transferase  100 
 
 		 900 aa  1861    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1552  PII uridylyl-transferase  40.67 
 
 		 861 aa  665    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.350187  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0561  PII uridylyl-transferase  52.79 
 
 		 891 aa  934    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.113275  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0441  UTP-GlnB (protein PII) uridylyltransferase, GlnD  39.98 
 
 		 913 aa  646    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1481  PII uridylyl-transferase  53.89 
 
 		 900 aa  984    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.918327  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4188  PII uridylyl-transferase  52.54 
 
 		 900 aa  978    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.445496  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1865  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  48.89 
 
 		 894 aa  836    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.678957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1268  PII uridylyl-transferase  41.33 
 
 		 857 aa  658    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17040  PII uridylyl-transferase  54.11 
 
 		 900 aa  989    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0556  metal dependent phosphohydrolase  43.13 
 
 		 899 aa  682    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00258602 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03239  PII uridylyl-transferase  40.09 
 
 		 874 aa  647    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1144  PII uridylyl-transferase  52.42 
 
 		 900 aa  973    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.206269  normal  0.972072 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1137  PII uridylyl-transferase  41.55 
 
 		 856 aa  671    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0729778  normal  0.136181 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1270  metal dependent phosphohydrolase  46.4 
 
 		 897 aa  806    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.439382 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2550  PII uridylyl-transferase  52.25 
 
 		 881 aa  899    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1157  (Protein-PII) uridylyltransferase  47.1 
 
 		 899 aa  802    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1468  metal dependent phosphohydrolase  45.3 
 
 		 889 aa  762    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4084  PII uridylyl-transferase  52.54 
 
 		 900 aa  981    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.822232 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3163  PII uridylyl-transferase  39.79 
 
 		 859 aa  630  1e-179  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.258503  normal  0.795531 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2983  PII uridylyl-transferase  39.64 
 
 		 890 aa  630  1e-179  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3283  PII uridylyl-transferase  39.66 
 
 		 859 aa  629  1e-178  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000339287  hitchhiker  0.0000397326 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0939  PII uridylyl-transferase  39.38 
 
 		 904 aa  625  1e-178  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.119925  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3362  PII uridylyl-transferase  39.5 
 
 		 903 aa  625  1e-178  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2637  PII uridylyl-transferase  39.56 
 
 		 857 aa  627  1e-178  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0239463  normal  0.432402 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1287  UTP-GlnB (protein PII) uridylyltransferase, GlnD  39.95 
 
 		 888 aa  622  1e-177  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.934135  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2904  PII uridylyl-transferase  40 
 
 		 861 aa  624  1e-177  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0760318  normal  0.279173 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1346  PII uridylyl-transferase  40.1 
 
 		 860 aa  623  1e-177  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00951231  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1479  PII uridylyl-transferase  39.88 
 
 		 861 aa  622  1e-177  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.450236  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1448  PII uridylyl-transferase  39.88 
 
 		 861 aa  622  1e-177  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.1847  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1443  PII uridylyl-transferase  39.76 
 
 		 861 aa  619  1e-176  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.322557  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2887  PII uridylyl-transferase  38.75 
 
 		 851 aa  620  1e-176  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.664043  n/a   
 
 
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NC_008321  Shewmr4_2643  PII uridylyl-transferase  40.19 
 
 		 861 aa  621  1e-176  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.843339  normal  0.359945 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2710  PII uridylyl-transferase  40.07 
 
 		 861 aa  620  1e-176  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.468819  normal  0.700488 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2817  PII uridylyl-transferase  39.95 
 
 		 861 aa  621  1e-176  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0674494  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1853  PII uridylyl-transferase  38.8 
 
 		 881 aa  622  1e-176  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0172176  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1626  PII uridylyl-transferase  40.07 
 
 		 861 aa  618  1e-175  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3167  PII uridylyl-transferase  39.22 
 
 		 893 aa  616  1e-175  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3004  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  40.19 
 
 		 869 aa  618  1e-175  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.38403 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00165  PII uridylyl-transferase  38.84 
 
 		 890 aa  610  1e-173  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3792  PII uridylyl-transferase  38.2 
 
 		 892 aa  611  1e-173  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.991129  hitchhiker  0.000938474 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0159  PII uridylyl-transferase  38.72 
 
 		 890 aa  608  1e-173  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0691765  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1247  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  39.75 
 
 		 870 aa  610  1e-173  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00164  hypothetical protein  38.84 
 
 		 890 aa  610  1e-173  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.920413  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3493  PII uridylyl-transferase  38.84 
 
 		 890 aa  610  1e-173  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.761936  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3436  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  38.61 
 
 		 890 aa  608  9.999999999999999e-173  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0177  PII uridylyl-transferase  38.79 
 
 		 890 aa  607  9.999999999999999e-173  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0169  PII uridylyl-transferase  38.72 
 
 		 890 aa  608  9.999999999999999e-173  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0175  PII uridylyl-transferase  38.61 
 
 		 890 aa  608  9.999999999999999e-173  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0452861  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0170  PII uridylyl-transferase  38.61 
 
 		 890 aa  606  9.999999999999999e-173  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.751876  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1532  PII uridylyl-transferase  39.24 
 
 		 856 aa  603  1.0000000000000001e-171  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0731964  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0253  PII uridylyl-transferase  38.31 
 
 		 890 aa  599  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0235  PII uridylyl-transferase  38.43 
 
 		 890 aa  600  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.862739  normal  0.902468 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1064  PII uridylyl-transferase  38.27 
 
 		 912 aa  598  1e-169  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3437  PII uridylyl-transferase  38.27 
 
 		 893 aa  598  1e-169  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0238  PII uridylyl-transferase  38.31 
 
 		 890 aa  598  1e-169  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1011  PII uridylyl-transferase  38.27 
 
 		 893 aa  598  1e-169  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0146749  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0251  PII uridylyl-transferase  38.31 
 
 		 890 aa  598  1e-169  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.372246  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0235  PII uridylyl-transferase  38.82 
 
 		 890 aa  595  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1739  PII uridylyl-transferase  38.49 
 
 		 852 aa  591  1e-167  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1340  PII uridylyl-transferase  38.82 
 
 		 859 aa  591  1e-167  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.490148  normal  0.451762 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0705  PII uridylyl-transferase  38.77 
 
 		 891 aa  592  1e-167  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.707926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2457  PII uridylyl-transferase  37.25 
 
 		 859 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.100241  hitchhiker  0.00205013 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1679  PII uridylyl-transferase  37.25 
 
 		 859 aa  582  1e-164  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0894657  normal  0.0862944 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1433  PII uridylyl-transferase  37.54 
 
 		 857 aa  582  1e-164  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000939305 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2147  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  38.59 
 
 		 863 aa  582  1e-164  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.112628  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1883  PII uridylyl-transferase  38.54 
 
 		 869 aa  576  1.0000000000000001e-163  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.779236  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2025  PII uridylyl-transferase  36.96 
 
 		 858 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1557  PII uridylyl-transferase  36.96 
 
 		 858 aa  575  1.0000000000000001e-162  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2585  PII uridylyl-transferase  36.84 
 
 		 858 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1923  PII uridylyl-transferase  37.65 
 
 		 858 aa  575  1.0000000000000001e-162  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.289399 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6056  PII uridylyl-transferase  36.85 
 
 		 858 aa  574  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.399672  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2054  PII uridylyl-transferase  37.65 
 
 		 858 aa  575  1.0000000000000001e-162  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2021  PII uridylyl-transferase  36.85 
 
 		 858 aa  574  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2059  PII uridylyl-transferase  36.84 
 
 		 858 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.222746  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3252  PII uridylyl-transferase  36.84 
 
 		 858 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.131607  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2439  PII uridylyl-transferase  36.84 
 
 		 858 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009076  BURPS1106A_2496  PII uridylyl-transferase  36.96 
 
 		 858 aa  575  1.0000000000000001e-162  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0815155  n/a   
 
 
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NC_009080  BMA10247_1331  PII uridylyl-transferase  36.84 
 
 		 858 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.118754  n/a   
 
 
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NC_010084  Bmul_1255  PII uridylyl-transferase  36.48 
 
 		 858 aa  570  1e-161  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0751944  normal  1 
 
 
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NC_007510  Bcep18194_A5331  PII uridylyl-transferase  36.62 
 
 		 858 aa  570  1e-161  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.345474  normal  0.597237 
 
 
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NC_010508  Bcenmc03_2041  PII uridylyl-transferase  36.74 
 
 		 858 aa  572  1e-161  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.442689  normal  1 
 
 
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NC_011662  Tmz1t_2180  PII uridylyl-transferase  38.97 
 
 		 858 aa  566  1e-160  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.234625  n/a   
 
 
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NC_009379  Pnuc_1453  PII uridylyl-transferase  37.96 
 
 		 865 aa  562  1.0000000000000001e-159  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011071  Smal_1274  PII uridylyl-transferase  38.41 
 
 		 875 aa  559  1e-158  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.925276  normal  0.847254 
 
 
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NC_007614  Nmul_A2633  PII uridylyl-transferase  36.87 
 
 		 887 aa  561  1e-158  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.107014  n/a   
 
 
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