39 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_2813 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_2813  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  100 
 
 		 145 aa  302  1.0000000000000001e-81  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.405358  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2028  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  60.68 
 
 		 150 aa  161  3e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.261713  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3886  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  61.21 
 
 		 128 aa  160  5.0000000000000005e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3636  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  59.83 
 
 		 146 aa  157  5e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4446  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  59.83 
 
 		 152 aa  156  9e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.256518  normal  0.163642 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2701  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  59.83 
 
 		 129 aa  154  5.0000000000000005e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.542053 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0873  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  57.98 
 
 		 129 aa  152  2e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.58932 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3814  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  58.26 
 
 		 135 aa  152  2e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.345259  normal  0.226916 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0983  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  58.82 
 
 		 129 aa  151  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0570785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5182  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  57.14 
 
 		 129 aa  149  8.999999999999999e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0331  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  57.14 
 
 		 147 aa  147  6e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0508  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  54.62 
 
 		 135 aa  144  5e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0170  protocatechuate 4,5-dioxygenase  52.99 
 
 		 443 aa  141  3e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.827608  normal  1 
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4373  protocatechuate 4,5-dioxygenase  52.14 
 
 		 433 aa  134  5e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3205  protocatechuate 4,5-dioxygenase, alpha subunit  41.67 
 
 		 135 aa  105  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38370  protocatechuate 4,5-dioxygenase alpha subunit  38.53 
 
 		 116 aa  85.9  1e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0325  extradiol ring-cleavage dioxygenase LigAB, LigA subunit  48.15 
 
 		 118 aa  78.6  0.00000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0235577  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2734  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  31.58 
 
 		 121 aa  73.9  0.0000000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0103639  normal  0.0458484 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0295  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  33.33 
 
 		 117 aa  72.4  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3921  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  31.3 
 
 		 115 aa  71.2  0.000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.925791  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3698  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  35.24 
 
 		 120 aa  71.2  0.000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0915  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  32.11 
 
 		 113 aa  70.5  0.000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0109457  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2733  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  30.77 
 
 		 117 aa  67.4  0.00000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.453288 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3939  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  31.48 
 
 		 120 aa  63.5  0.0000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2096  protocatechuate 4,5-dioxygenase  30.53 
 
 		 420 aa  63.5  0.0000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.624399 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1233  extradiol ring-cleavage dioxygenase LigAB, LigA subunit  33.33 
 
 		 242 aa  63.5  0.000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0679707  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3200  protocatechuate 4,5-dioxygenase  32.14 
 
 		 420 aa  57.4  0.00000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0373614  normal  0.0556534 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2518  protocatechuate 4,5-dioxygenase  32.14 
 
 		 420 aa  57  0.00000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.618608  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2030  protocatechuate 4,5-dioxygenase  31.25 
 
 		 420 aa  56.2  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.638746  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31250  protocatechuate 4,5-dioxygenase  28.32 
 
 		 420 aa  56.2  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7572  protocatechuate 4,5-dioxygenase  30.19 
 
 		 434 aa  53.5  0.0000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.872573  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1060  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  34.29 
 
 		 127 aa  52.4  0.000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0323  protocatechuate 4,5-dioxygenase  39.24 
 
 		 428 aa  51.2  0.000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.306263  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6041  protocatechuate 4,5-dioxygenase  28.3 
 
 		 434 aa  50.1  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0923014 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2174  protocatechuate 4,5-dioxygenase  29.03 
 
 		 426 aa  50.1  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3709  protocatechuate 4,5-dioxygenase  27.43 
 
 		 430 aa  50.1  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0482429 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1198  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  33.33 
 
 		 124 aa  48.9  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4716  extradiol ring-cleavage dioxygenase LigAB, LigA subunit  43.75 
 
 		 109 aa  42.4  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.992006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6377  protocatechuate 4,5-dioxygenase  28.04 
 
 		 437 aa  41.6  0.003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00210676  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>