38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_38370 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_38370  protocatechuate 4,5-dioxygenase alpha subunit  100 
 
 		 116 aa  242  1.9999999999999999e-63  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2028  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  51.35 
 
 		 150 aa  118  1.9999999999999998e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.261713  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3636  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  49.55 
 
 		 146 aa  115  1.9999999999999998e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0873  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  50.45 
 
 		 129 aa  114  5e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.58932 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5182  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  51.38 
 
 		 129 aa  114  6e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0983  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  49.55 
 
 		 129 aa  110  6e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0570785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4446  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  48.65 
 
 		 152 aa  110  6e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.256518  normal  0.163642 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0170  protocatechuate 4,5-dioxygenase  48.25 
 
 		 443 aa  110  8.000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.827608  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0331  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  47.27 
 
 		 147 aa  109  1.0000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3814  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  46.85 
 
 		 135 aa  108  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.345259  normal  0.226916 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2701  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  47.75 
 
 		 129 aa  108  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.542053 
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4373  protocatechuate 4,5-dioxygenase  43.12 
 
 		 433 aa  99  2e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3939  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  42.59 
 
 		 120 aa  96.7  1e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3886  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  43.12 
 
 		 128 aa  95.9  2e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3921  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  44.74 
 
 		 115 aa  95.1  3e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.925791  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3205  protocatechuate 4,5-dioxygenase, alpha subunit  41.44 
 
 		 135 aa  92.4  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2733  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  40.37 
 
 		 117 aa  91.7  3e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.453288 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1233  extradiol ring-cleavage dioxygenase LigAB, LigA subunit  45.92 
 
 		 242 aa  89.7  1e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0679707  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3698  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  39.81 
 
 		 120 aa  89.7  1e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0325  extradiol ring-cleavage dioxygenase LigAB, LigA subunit  40.18 
 
 		 118 aa  89.4  2e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0235577  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2813  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  38.53 
 
 		 145 aa  85.9  1e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.405358  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0508  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  35.45 
 
 		 135 aa  84.7  4e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0915  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  40.95 
 
 		 113 aa  83.6  8e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0109457  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0295  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  38.89 
 
 		 117 aa  81.3  0.000000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1198  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  43.12 
 
 		 124 aa  78.2  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2734  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  37.04 
 
 		 121 aa  77.4  0.00000000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0103639  normal  0.0458484 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1060  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  43.4 
 
 		 127 aa  77  0.00000000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3709  protocatechuate 4,5-dioxygenase  36.19 
 
 		 430 aa  72.4  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0482429 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2096  protocatechuate 4,5-dioxygenase  31.31 
 
 		 420 aa  60.1  0.00000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.624399 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2174  protocatechuate 4,5-dioxygenase  30.69 
 
 		 426 aa  57  0.00000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31250  protocatechuate 4,5-dioxygenase  30.93 
 
 		 420 aa  56.2  0.0000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0323  protocatechuate 4,5-dioxygenase  34.02 
 
 		 428 aa  56.2  0.0000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.306263  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6041  protocatechuate 4,5-dioxygenase  28.04 
 
 		 434 aa  52.8  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0923014 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3200  protocatechuate 4,5-dioxygenase  27.55 
 
 		 420 aa  50.1  0.000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0373614  normal  0.0556534 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2518  protocatechuate 4,5-dioxygenase  27.55 
 
 		 420 aa  50.1  0.000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.618608  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2030  protocatechuate 4,5-dioxygenase  27.55 
 
 		 420 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.638746  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7572  protocatechuate 4,5-dioxygenase  26.17 
 
 		 434 aa  48.9  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.872573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6377  protocatechuate 4,5-dioxygenase  28.57 
 
 		 437 aa  44.3  0.0005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00210676  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>