38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3636 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3636  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  100 
 
 		 146 aa  305  1.0000000000000001e-82  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2028  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  91.55 
 
 		 150 aa  275  1e-73  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.261713  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4446  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  87.32 
 
 		 152 aa  263  5e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.256518  normal  0.163642 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0331  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  79.45 
 
 		 147 aa  249  1e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0983  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  91.34 
 
 		 129 aa  247  3e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0570785  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0873  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  90.55 
 
 		 129 aa  245  2e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.58932 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5182  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  88.98 
 
 		 129 aa  243  9e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2701  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  85.83 
 
 		 129 aa  234  2e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.542053 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0170  protocatechuate 4,5-dioxygenase  73.83 
 
 		 443 aa  227  5e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.827608  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3814  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  79.53 
 
 		 135 aa  218  1.9999999999999999e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.345259  normal  0.226916 
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4373  protocatechuate 4,5-dioxygenase  72.87 
 
 		 433 aa  196  1.0000000000000001e-49  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3886  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  67.72 
 
 		 128 aa  186  1e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0508  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  60.33 
 
 		 135 aa  167  6e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2813  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  59.83 
 
 		 145 aa  157  5e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.405358  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3205  protocatechuate 4,5-dioxygenase, alpha subunit  43.65 
 
 		 135 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38370  protocatechuate 4,5-dioxygenase alpha subunit  49.55 
 
 		 116 aa  115  1.9999999999999998e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2734  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  45.37 
 
 		 121 aa  104  4e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0103639  normal  0.0458484 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0295  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  37.61 
 
 		 117 aa  98.2  3e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0325  extradiol ring-cleavage dioxygenase LigAB, LigA subunit  44.44 
 
 		 118 aa  94  6e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0235577  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2733  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  42.31 
 
 		 117 aa  93.6  9e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.453288 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0915  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  42.72 
 
 		 113 aa  92.8  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0109457  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3698  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  39.25 
 
 		 120 aa  92.4  2e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3921  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  39.42 
 
 		 115 aa  86.3  1e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.925791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3939  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  37.96 
 
 		 120 aa  81.3  0.000000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1233  extradiol ring-cleavage dioxygenase LigAB, LigA subunit  34.65 
 
 		 242 aa  76.3  0.0000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0679707  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1060  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  39.05 
 
 		 127 aa  73.2  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1198  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  38.1 
 
 		 124 aa  70.1  0.000000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0323  protocatechuate 4,5-dioxygenase  36.73 
 
 		 428 aa  59.3  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.306263  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3709  protocatechuate 4,5-dioxygenase  30.97 
 
 		 430 aa  58.2  0.00000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0482429 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2096  protocatechuate 4,5-dioxygenase  32 
 
 		 420 aa  58.2  0.00000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.624399 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31250  protocatechuate 4,5-dioxygenase  30.61 
 
 		 420 aa  57.8  0.00000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3200  protocatechuate 4,5-dioxygenase  30.93 
 
 		 420 aa  53.9  0.0000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0373614  normal  0.0556534 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2030  protocatechuate 4,5-dioxygenase  30.93 
 
 		 420 aa  53.9  0.0000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.638746  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2518  protocatechuate 4,5-dioxygenase  30.93 
 
 		 420 aa  53.9  0.0000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.618608  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6041  protocatechuate 4,5-dioxygenase  24.35 
 
 		 434 aa  50.1  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0923014 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2174  protocatechuate 4,5-dioxygenase  26.26 
 
 		 426 aa  47.8  0.00006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6377  protocatechuate 4,5-dioxygenase  25.66 
 
 		 437 aa  43.5  0.0009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00210676  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4716  extradiol ring-cleavage dioxygenase LigAB, LigA subunit  33.72 
 
 		 109 aa  41.6  0.004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.992006  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>