36 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0873 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0873  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  100 
 
 		 129 aa  271  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.58932 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0983  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  94.57 
 
 		 129 aa  260  6e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0570785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2701  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  93.02 
 
 		 129 aa  257  3e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.542053 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5182  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  93.02 
 
 		 129 aa  256  7e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3636  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  90.55 
 
 		 146 aa  245  2e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2028  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  88.19 
 
 		 150 aa  238  2e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.261713  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0331  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  82.68 
 
 		 147 aa  228  2e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4446  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  83.59 
 
 		 152 aa  227  4e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.256518  normal  0.163642 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0170  protocatechuate 4,5-dioxygenase  79.53 
 
 		 443 aa  220  4.9999999999999996e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.827608  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3814  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  75.19 
 
 		 135 aa  211  2.9999999999999995e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.345259  normal  0.226916 
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4373  protocatechuate 4,5-dioxygenase  75.61 
 
 		 433 aa  201  3e-51  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3886  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  69.53 
 
 		 128 aa  191  3e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0508  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  59.84 
 
 		 135 aa  171  1.9999999999999998e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2813  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  57.98 
 
 		 145 aa  152  2e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.405358  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38370  protocatechuate 4,5-dioxygenase alpha subunit  50.45 
 
 		 116 aa  114  5e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3205  protocatechuate 4,5-dioxygenase, alpha subunit  39.37 
 
 		 135 aa  105  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0325  extradiol ring-cleavage dioxygenase LigAB, LigA subunit  46.46 
 
 		 118 aa  97.8  4e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0235577  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0295  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  37.5 
 
 		 117 aa  96.7  1e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2734  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  39.81 
 
 		 121 aa  94.4  5e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0103639  normal  0.0458484 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2733  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  37.17 
 
 		 117 aa  87.8  4e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.453288 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3921  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  37.27 
 
 		 115 aa  87  8e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.925791  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0915  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  38.53 
 
 		 113 aa  86.3  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0109457  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3698  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  35.51 
 
 		 120 aa  85.5  2e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3939  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  38.05 
 
 		 120 aa  82.4  0.000000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1233  extradiol ring-cleavage dioxygenase LigAB, LigA subunit  37.37 
 
 		 242 aa  82.8  0.000000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0679707  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1060  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  38.1 
 
 		 127 aa  71.2  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1198  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  37.14 
 
 		 124 aa  67.4  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31250  protocatechuate 4,5-dioxygenase  30.61 
 
 		 420 aa  54.7  0.0000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2096  protocatechuate 4,5-dioxygenase  30 
 
 		 420 aa  52.8  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.624399 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0323  protocatechuate 4,5-dioxygenase  34.69 
 
 		 428 aa  52  0.000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.306263  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3200  protocatechuate 4,5-dioxygenase  28.87 
 
 		 420 aa  47  0.00009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0373614  normal  0.0556534 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2030  protocatechuate 4,5-dioxygenase  28.87 
 
 		 420 aa  47  0.00009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.638746  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2518  protocatechuate 4,5-dioxygenase  28.87 
 
 		 420 aa  47  0.00009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.618608  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6041  protocatechuate 4,5-dioxygenase  25.22 
 
 		 434 aa  46.6  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0923014 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2174  protocatechuate 4,5-dioxygenase  27.27 
 
 		 426 aa  46.6  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4716  extradiol ring-cleavage dioxygenase LigAB, LigA subunit  38.78 
 
 		 109 aa  43.9  0.0008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.992006  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>