36 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0983 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0983  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  100 
 
 		 129 aa  271  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0570785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5182  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  95.35 
 
 		 129 aa  261  3e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0873  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  94.57 
 
 		 129 aa  260  6e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.58932 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2701  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  92.25 
 
 		 129 aa  252  2.0000000000000002e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.542053 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3636  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  91.34 
 
 		 146 aa  247  3e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2028  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  88.98 
 
 		 150 aa  240  6e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.261713  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4446  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  85.16 
 
 		 152 aa  229  7.000000000000001e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.256518  normal  0.163642 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0331  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  82.68 
 
 		 147 aa  227  5e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0170  protocatechuate 4,5-dioxygenase  77.95 
 
 		 443 aa  215  1e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.827608  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3814  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  75.97 
 
 		 135 aa  212  9.999999999999999e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.345259  normal  0.226916 
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4373  protocatechuate 4,5-dioxygenase  75.61 
 
 		 433 aa  197  3e-50  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3886  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  69.53 
 
 		 128 aa  189  1e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0508  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  61.48 
 
 		 135 aa  174  3e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2813  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  58.82 
 
 		 145 aa  151  2.9999999999999998e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.405358  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38370  protocatechuate 4,5-dioxygenase alpha subunit  49.55 
 
 		 116 aa  110  6e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3205  protocatechuate 4,5-dioxygenase, alpha subunit  40.94 
 
 		 135 aa  108  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0295  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  39.29 
 
 		 117 aa  98.2  3e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2734  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  38.46 
 
 		 121 aa  97.1  7e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0103639  normal  0.0458484 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0325  extradiol ring-cleavage dioxygenase LigAB, LigA subunit  46.46 
 
 		 118 aa  95.5  2e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0235577  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0915  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  40.37 
 
 		 113 aa  88.6  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0109457  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2733  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  38.46 
 
 		 117 aa  85.1  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.453288 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3698  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  36.28 
 
 		 120 aa  84.7  4e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3921  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  38.18 
 
 		 115 aa  84.3  5e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.925791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3939  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  38.05 
 
 		 120 aa  80.5  0.000000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1233  extradiol ring-cleavage dioxygenase LigAB, LigA subunit  37.37 
 
 		 242 aa  78.6  0.00000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0679707  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1060  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  38.1 
 
 		 127 aa  70.1  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1198  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  37.14 
 
 		 124 aa  66.2  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31250  protocatechuate 4,5-dioxygenase  30.61 
 
 		 420 aa  53.9  0.0000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0323  protocatechuate 4,5-dioxygenase  34.69 
 
 		 428 aa  51.6  0.000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.306263  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2096  protocatechuate 4,5-dioxygenase  30.84 
 
 		 420 aa  50.4  0.000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.624399 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3200  protocatechuate 4,5-dioxygenase  29.52 
 
 		 420 aa  46.2  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0373614  normal  0.0556534 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2030  protocatechuate 4,5-dioxygenase  29.52 
 
 		 420 aa  46.2  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.638746  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2518  protocatechuate 4,5-dioxygenase  29.52 
 
 		 420 aa  46.2  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.618608  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6041  protocatechuate 4,5-dioxygenase  25 
 
 		 434 aa  45.1  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0923014 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2174  protocatechuate 4,5-dioxygenase  27.27 
 
 		 426 aa  44.7  0.0005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4716  extradiol ring-cleavage dioxygenase LigAB, LigA subunit  38.78 
 
 		 109 aa  43.9  0.0008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.992006  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>