36 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_2028 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_2028  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  100 
 
 		 150 aa  315  2e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.261713  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3636  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  91.55 
 
 		 146 aa  275  1e-73  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4446  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  86.62 
 
 		 152 aa  258  2e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.256518  normal  0.163642 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0331  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  81.38 
 
 		 147 aa  251  3e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0983  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  88.98 
 
 		 129 aa  240  6e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0570785  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0873  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  88.19 
 
 		 129 aa  238  2e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.58932 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5182  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  87.4 
 
 		 129 aa  236  6.999999999999999e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2701  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  86.61 
 
 		 129 aa  234  4e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.542053 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0170  protocatechuate 4,5-dioxygenase  76.6 
 
 		 443 aa  233  9e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.827608  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3814  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  78.74 
 
 		 135 aa  214  4e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.345259  normal  0.226916 
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4373  protocatechuate 4,5-dioxygenase  67.33 
 
 		 433 aa  201  3e-51  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3886  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  67.72 
 
 		 128 aa  183  7e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0508  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  56.15 
 
 		 135 aa  162  2.0000000000000002e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2813  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  60.68 
 
 		 145 aa  161  3e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.405358  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3205  protocatechuate 4,5-dioxygenase, alpha subunit  44.44 
 
 		 135 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38370  protocatechuate 4,5-dioxygenase alpha subunit  51.35 
 
 		 116 aa  118  1.9999999999999998e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2734  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  43.75 
 
 		 121 aa  105  2e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0103639  normal  0.0458484 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0325  extradiol ring-cleavage dioxygenase LigAB, LigA subunit  47.47 
 
 		 118 aa  99.4  1e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0235577  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0295  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  39.81 
 
 		 117 aa  97.1  8e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0915  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  42.72 
 
 		 113 aa  95.5  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0109457  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2733  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  41.35 
 
 		 117 aa  93.6  8e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.453288 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3698  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  37.27 
 
 		 120 aa  91.7  3e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3921  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  39.25 
 
 		 115 aa  89.7  1e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.925791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3939  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  37.72 
 
 		 120 aa  83.6  9e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1233  extradiol ring-cleavage dioxygenase LigAB, LigA subunit  34.58 
 
 		 242 aa  80.9  0.000000000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0679707  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1060  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  39.05 
 
 		 127 aa  73.9  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1198  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  38.1 
 
 		 124 aa  70.5  0.000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0323  protocatechuate 4,5-dioxygenase  38.78 
 
 		 428 aa  63.9  0.0000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.306263  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3709  protocatechuate 4,5-dioxygenase  33.67 
 
 		 430 aa  62  0.000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0482429 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31250  protocatechuate 4,5-dioxygenase  32.99 
 
 		 420 aa  61.2  0.000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2096  protocatechuate 4,5-dioxygenase  32 
 
 		 420 aa  58.5  0.00000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.624399 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2030  protocatechuate 4,5-dioxygenase  30.93 
 
 		 420 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.638746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3200  protocatechuate 4,5-dioxygenase  30.93 
 
 		 420 aa  54.7  0.0000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0373614  normal  0.0556534 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2518  protocatechuate 4,5-dioxygenase  30.93 
 
 		 420 aa  54.7  0.0000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.618608  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2174  protocatechuate 4,5-dioxygenase  27.27 
 
 		 426 aa  48.9  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6377  protocatechuate 4,5-dioxygenase  27.55 
 
 		 437 aa  46.2  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00210676  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>