36 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3886 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3886  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  100 
 
 		 128 aa  267  2.9999999999999997e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0873  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  69.53 
 
 		 129 aa  191  3e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.58932 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2701  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  69.53 
 
 		 129 aa  191  4e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.542053 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5182  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  69.53 
 
 		 129 aa  189  1e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0983  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  69.53 
 
 		 129 aa  189  1e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0570785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3636  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  67.72 
 
 		 146 aa  186  1e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2028  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  67.72 
 
 		 150 aa  183  7e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.261713  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4446  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  65.62 
 
 		 152 aa  177  4.999999999999999e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.256518  normal  0.163642 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3814  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  66.13 
 
 		 135 aa  176  1e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.345259  normal  0.226916 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0331  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  66.14 
 
 		 147 aa  175  2e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0170  protocatechuate 4,5-dioxygenase  62.2 
 
 		 443 aa  169  1e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.827608  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0508  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  61.16 
 
 		 135 aa  165  2e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4373  protocatechuate 4,5-dioxygenase  60.66 
 
 		 433 aa  160  4.0000000000000004e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2813  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  61.21 
 
 		 145 aa  160  5.0000000000000005e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.405358  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3205  protocatechuate 4,5-dioxygenase, alpha subunit  41.32 
 
 		 135 aa  97.8  5e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38370  protocatechuate 4,5-dioxygenase alpha subunit  43.12 
 
 		 116 aa  95.9  2e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2734  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  40.37 
 
 		 121 aa  93.6  9e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0103639  normal  0.0458484 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0295  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  38.39 
 
 		 117 aa  93.2  1e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0325  extradiol ring-cleavage dioxygenase LigAB, LigA subunit  44.66 
 
 		 118 aa  89  2e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0235577  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2733  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  38.05 
 
 		 117 aa  87.4  5e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.453288 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0915  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  39.45 
 
 		 113 aa  86.7  9e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0109457  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1233  extradiol ring-cleavage dioxygenase LigAB, LigA subunit  39.82 
 
 		 242 aa  85.9  2e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0679707  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3921  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  37.96 
 
 		 115 aa  82  0.000000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.925791  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3698  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  36.54 
 
 		 120 aa  80.9  0.000000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3939  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  36.94 
 
 		 120 aa  80.1  0.00000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1060  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  39.42 
 
 		 127 aa  68.2  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1198  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit alpha  36.79 
 
 		 124 aa  65.9  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3709  protocatechuate 4,5-dioxygenase  28.16 
 
 		 430 aa  48.5  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0482429 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6041  protocatechuate 4,5-dioxygenase  25.24 
 
 		 434 aa  46.6  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0923014 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7572  protocatechuate 4,5-dioxygenase  25.77 
 
 		 434 aa  45.8  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.872573  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31250  protocatechuate 4,5-dioxygenase  22.55 
 
 		 420 aa  43.1  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2096  protocatechuate 4,5-dioxygenase  23.3 
 
 		 420 aa  42  0.003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.624399 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2030  protocatechuate 4,5-dioxygenase  25.74 
 
 		 420 aa  41.6  0.003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.638746  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0323  protocatechuate 4,5-dioxygenase  29.13 
 
 		 428 aa  41.6  0.004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.306263  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3200  protocatechuate 4,5-dioxygenase  24.75 
 
 		 420 aa  40.4  0.008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0373614  normal  0.0556534 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2518  protocatechuate 4,5-dioxygenase  24.75 
 
 		 420 aa  40.4  0.008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.618608  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>