93 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_1234 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_1234  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  100 
 
 		 280 aa  578  1e-164  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.188229  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2733  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  58.3 
 
 		 282 aa  349  2e-95  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000288133  normal  0.0164551 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0914  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  58.93 
 
 		 281 aa  348  4e-95  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.159825  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3699  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  52.98 
 
 		 304 aa  342  2.9999999999999997e-93  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2734  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  57.35 
 
 		 278 aa  332  4e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.510651 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0294  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  54.45 
 
 		 283 aa  328  8e-89  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3920  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  51.62 
 
 		 282 aa  323  3e-87  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.361825  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1061  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  56.99 
 
 		 285 aa  315  5e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1199  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  56.27 
 
 		 285 aa  313  2.9999999999999996e-84  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3938  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  51.25 
 
 		 282 aa  309  2.9999999999999997e-83  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3204  protocatechuate 4,5-dioxygenase  45.91 
 
 		 280 aa  271  9e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0872  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  45.77 
 
 		 284 aa  260  2e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.610227  normal  0.606399 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0982  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  45.07 
 
 		 284 aa  256  2e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.180998  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5183  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  44.37 
 
 		 284 aa  256  3e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38360  protocatechuate 4,5-dioxygenase beta subunit  44.84 
 
 		 283 aa  254  8e-67  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.215694  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04631  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  46.24 
 
 		 298 aa  253  3e-66  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0170  protocatechuate 4,5-dioxygenase  42.66 
 
 		 443 aa  252  4.0000000000000004e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.827608  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2702  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  43.16 
 
 		 287 aa  251  9.000000000000001e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.630193 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3637  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  43.62 
 
 		 285 aa  251  1e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3813  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  44.29 
 
 		 290 aa  249  3e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.39125  normal  0.346556 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3885  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  43.53 
 
 		 279 aa  249  3e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4445  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  43.9 
 
 		 289 aa  249  4e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.241927  normal  0.176691 
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4373  protocatechuate 4,5-dioxygenase  44.88 
 
 		 433 aa  249  4e-65  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0330  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  41.58 
 
 		 293 aa  248  1e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2812  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  42.5 
 
 		 280 aa  244  9e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0900704  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2027  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  42.24 
 
 		 305 aa  244  9.999999999999999e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0509  protocatechuate 4,5-dioxygenase  39.93 
 
 		 284 aa  242  5e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0324  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  42.8 
 
 		 281 aa  238  1e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0463695  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2030  protocatechuate 4,5-dioxygenase  40.29 
 
 		 420 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.638746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3200  protocatechuate 4,5-dioxygenase  40.29 
 
 		 420 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0373614  normal  0.0556534 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2096  protocatechuate 4,5-dioxygenase  39.93 
 
 		 420 aa  219  3.9999999999999997e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.624399 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0323  protocatechuate 4,5-dioxygenase  39.93 
 
 		 428 aa  218  7e-56  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.306263  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2518  protocatechuate 4,5-dioxygenase  39.93 
 
 		 420 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.618608  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7572  protocatechuate 4,5-dioxygenase  40.43 
 
 		 434 aa  216  4e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.872573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6377  protocatechuate 4,5-dioxygenase  39.93 
 
 		 437 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00210676  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31250  protocatechuate 4,5-dioxygenase  39.29 
 
 		 420 aa  211  1e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3709  protocatechuate 4,5-dioxygenase  39.47 
 
 		 430 aa  209  5e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0482429 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6041  protocatechuate 4,5-dioxygenase  39.72 
 
 		 434 aa  209  5e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0923014 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2174  protocatechuate 4,5-dioxygenase  38.85 
 
 		 426 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0046  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  33.33 
 
 		 287 aa  111  1.0000000000000001e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0521  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  31.54 
 
 		 276 aa  107  3e-22  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.43735 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4311  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  31.85 
 
 		 272 aa  102  5e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0103  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  30.65 
 
 		 272 aa  101  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_2021  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  28.96 
 
 		 287 aa  100  3e-20  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.326559  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4104  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  27.73 
 
 		 281 aa  98.2  1e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.141544  normal  0.0128083 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3064  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  32.77 
 
 		 340 aa  97.8  2e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.253004 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5775  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  33.62 
 
 		 338 aa  93.6  4e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4715  hypothetical protein  29.06 
 
 		 292 aa  90.9  2e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42210  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  27.52 
 
 		 284 aa  86.7  4e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.396932  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1712  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  30.9 
 
 		 317 aa  86.7  4e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.999363 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1683  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  30.9 
 
 		 317 aa  85.9  8e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5444  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  30.9 
 
 		 322 aa  84.3  0.000000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  normal  0.801471 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0623  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  30.47 
 
 		 317 aa  84.3  0.000000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0541  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  30.47 
 
 		 317 aa  84.3  0.000000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1656  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  30.47 
 
 		 317 aa  84.3  0.000000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5841  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  30.9 
 
 		 322 aa  84.3  0.000000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3248  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  27.69 
 
 		 278 aa  84.3  0.000000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000000000626478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0542  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  30.47 
 
 		 317 aa  83.6  0.000000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.635361  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2328  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  26.18 
 
 		 316 aa  82  0.000000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0271  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  28.37 
 
 		 314 aa  81.6  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.477542  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5613  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  29.61 
 
 		 317 aa  80.9  0.00000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0538  protocatechuate 4,5-dioxygenase  30.57 
 
 		 195 aa  80.5  0.00000000000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.597142  normal  0.30708 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3785  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  33.76 
 
 		 282 aa  80.5  0.00000000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3858  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  33.76 
 
 		 316 aa  80.5  0.00000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0874943  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3789  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  33.76 
 
 		 313 aa  80.5  0.00000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0423  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  33.97 
 
 		 314 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00306  hypothetical protein  33.97 
 
 		 314 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00708468  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3258  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  33.97 
 
 		 314 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00302  2,3-dihydroxyphenylpropionate 1,2-dioxygenase  33.97 
 
 		 314 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00626502  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0379  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  33.97 
 
 		 314 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.521174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3277  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  33.97 
 
 		 314 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.125631  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0372  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  33.97 
 
 		 314 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00909814  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0412  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  33.97 
 
 		 314 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.696157  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1353  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  28.63 
 
 		 317 aa  77  0.0000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000498865  decreased coverage  0.00000137148 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1342  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  26.81 
 
 		 314 aa  75.5  0.0000000000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.180795  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4244  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  33.12 
 
 		 306 aa  75.1  0.000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4536  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  27.47 
 
 		 317 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2892  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  26.43 
 
 		 313 aa  73.9  0.000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.607584  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1980  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  32 
 
 		 314 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.28506  normal  0.249584 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4035  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  27.72 
 
 		 285 aa  72.8  0.000000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15050  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  31.89 
 
 		 312 aa  72.8  0.000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.437781  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2402  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  31.85 
 
 		 315 aa  71.6  0.00000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4746  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  28.21 
 
 		 311 aa  70.5  0.00000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.611428  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0901  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  27.81 
 
 		 312 aa  69.7  0.00000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000448652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0932  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  29.45 
 
 		 313 aa  67  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.89335 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2142  hypothetical protein  26.14 
 
 		 352 aa  60.8  0.00000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4784  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  22.69 
 
 		 332 aa  54.7  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.754185  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3986  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  28.4 
 
 		 255 aa  45.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3618  catalytic LigB subunit of aromatic ring-opening dioxygenase  33 
 
 		 255 aa  43.5  0.004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.461583 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1776  hypothetical protein  28.31 
 
 		 255 aa  42.7  0.007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1824  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  26.97 
 
 		 261 aa  42.4  0.008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.436879  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0432  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  28.46 
 
 		 262 aa  42.4  0.009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.31305 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2316  hypothetical protein  33 
 
 		 256 aa  42  0.01  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.467811  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>