87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3885 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3885  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  100 
 
 		 279 aa  577  1e-164  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0330  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  71.23 
 
 		 293 aa  445  1.0000000000000001e-124  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2702  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  71.78 
 
 		 287 aa  442  1e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.630193 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0982  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  72.08 
 
 		 284 aa  441  1e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.180998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2027  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  69.74 
 
 		 305 aa  442  1e-123  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0872  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  72.44 
 
 		 284 aa  442  1e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.610227  normal  0.606399 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5183  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  72.44 
 
 		 284 aa  441  1e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0170  protocatechuate 4,5-dioxygenase  68.71 
 
 		 443 aa  439  9.999999999999999e-123  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.827608  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3637  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  70.77 
 
 		 285 aa  434  1e-120  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3813  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  69.79 
 
 		 290 aa  425  1e-118  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.39125  normal  0.346556 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4445  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  70.14 
 
 		 289 aa  426  1e-118  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.241927  normal  0.176691 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2812  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  69.31 
 
 		 280 aa  421  1e-117  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0900704  n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4373  protocatechuate 4,5-dioxygenase  66.78 
 
 		 433 aa  395  1e-109  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0509  protocatechuate 4,5-dioxygenase  63.67 
 
 		 284 aa  390  1e-107  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3204  protocatechuate 4,5-dioxygenase  58.42 
 
 		 280 aa  360  2e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38360  protocatechuate 4,5-dioxygenase beta subunit  56.99 
 
 		 283 aa  340  1e-92  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.215694  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0324  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  48.21 
 
 		 281 aa  281  7.000000000000001e-75  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0463695  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3920  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  46.74 
 
 		 282 aa  271  7e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.361825  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3699  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  44.04 
 
 		 304 aa  270  2e-71  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3938  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  46.95 
 
 		 282 aa  267  2e-70  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3709  protocatechuate 4,5-dioxygenase  44.09 
 
 		 430 aa  263  2e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0482429 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04631  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  43.75 
 
 		 298 aa  258  1e-67  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2734  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  46.57 
 
 		 278 aa  254  1.0000000000000001e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.510651 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2096  protocatechuate 4,5-dioxygenase  42.45 
 
 		 420 aa  253  2.0000000000000002e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.624399 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2174  protocatechuate 4,5-dioxygenase  43.17 
 
 		 426 aa  252  4.0000000000000004e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1234  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  43.53 
 
 		 280 aa  249  3e-65  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.188229  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2733  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  42.2 
 
 		 282 aa  249  3e-65  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000288133  normal  0.0164551 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3200  protocatechuate 4,5-dioxygenase  41.37 
 
 		 420 aa  248  7e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0373614  normal  0.0556534 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2030  protocatechuate 4,5-dioxygenase  41.37 
 
 		 420 aa  248  8e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.638746  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6377  protocatechuate 4,5-dioxygenase  42.86 
 
 		 437 aa  247  1e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00210676  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2518  protocatechuate 4,5-dioxygenase  41.01 
 
 		 420 aa  247  2e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.618608  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31250  protocatechuate 4,5-dioxygenase  42.35 
 
 		 420 aa  247  2e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0914  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  41.43 
 
 		 281 aa  246  4e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.159825  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0323  protocatechuate 4,5-dioxygenase  41.37 
 
 		 428 aa  246  4e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.306263  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7572  protocatechuate 4,5-dioxygenase  42.24 
 
 		 434 aa  244  8e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.872573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6041  protocatechuate 4,5-dioxygenase  41.37 
 
 		 434 aa  240  2e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0923014 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0294  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  39.93 
 
 		 283 aa  235  6e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1061  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  43.53 
 
 		 285 aa  231  1e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1199  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  42.45 
 
 		 285 aa  229  5e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0521  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  29.46 
 
 		 276 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.43735 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0046  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  31.68 
 
 		 287 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4104  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  26.38 
 
 		 281 aa  99.8  4e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.141544  normal  0.0128083 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4311  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  30.56 
 
 		 272 aa  96.3  6e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4715  hypothetical protein  28.2 
 
 		 292 aa  93.2  4e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_2021  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  30.54 
 
 		 287 aa  91.3  2e-17  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.326559  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0538  protocatechuate 4,5-dioxygenase  31.09 
 
 		 195 aa  88.2  2e-16  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.597142  normal  0.30708 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0103  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  28.57 
 
 		 272 aa  86.3  6e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42210  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  26.5 
 
 		 284 aa  85.5  9e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.396932  n/a   
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5841  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  28.94 
 
 		 322 aa  79.3  0.00000000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3858  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  33.52 
 
 		 316 aa  79.3  0.00000000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0874943  normal  1 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5444  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  28.94 
 
 		 322 aa  79.3  0.00000000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  normal  0.801471 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3785  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  33.52 
 
 		 282 aa  79.3  0.00000000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3789  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  33.52 
 
 		 313 aa  79  0.00000000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00302  2,3-dihydroxyphenylpropionate 1,2-dioxygenase  33.33 
 
 		 314 aa  78.2  0.0000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00626502  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00306  hypothetical protein  33.33 
 
 		 314 aa  78.2  0.0000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00708468  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0379  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  33.33 
 
 		 314 aa  78.2  0.0000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.521174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3277  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  33.33 
 
 		 314 aa  78.2  0.0000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.125631  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0372  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  33.33 
 
 		 314 aa  78.2  0.0000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00909814  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0412  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  33.33 
 
 		 314 aa  78.2  0.0000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.696157  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3258  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  33.33 
 
 		 314 aa  78.2  0.0000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0423  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  33.33 
 
 		 314 aa  78.2  0.0000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2892  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  31.87 
 
 		 313 aa  77.8  0.0000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.607584  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4244  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  28.1 
 
 		 306 aa  77.8  0.0000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1712  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  28.39 
 
 		 317 aa  77  0.0000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.999363 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3248  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  25.19 
 
 		 278 aa  75.9  0.0000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000000000626478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1683  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  28.51 
 
 		 317 aa  75.9  0.0000000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0542  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  28.94 
 
 		 317 aa  75.9  0.0000000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.635361  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0623  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  28.51 
 
 		 317 aa  75.5  0.0000000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0541  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  28.51 
 
 		 317 aa  75.5  0.0000000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1656  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  28.51 
 
 		 317 aa  75.5  0.0000000000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2402  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  27.56 
 
 		 315 aa  75.1  0.000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1342  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  32.16 
 
 		 314 aa  75.1  0.000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.180795  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1980  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  30.86 
 
 		 314 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.28506  normal  0.249584 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1353  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  31.87 
 
 		 317 aa  74.3  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000498865  decreased coverage  0.00000137148 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5613  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  27.97 
 
 		 317 aa  73.9  0.000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3064  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  25.21 
 
 		 340 aa  70.5  0.00000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.253004 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4035  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  28.88 
 
 		 285 aa  70.1  0.00000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0271  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  27.98 
 
 		 314 aa  68.9  0.00000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.477542  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4746  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  33.97 
 
 		 311 aa  67.8  0.0000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.611428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4536  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  30.13 
 
 		 317 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0901  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  27.59 
 
 		 312 aa  67  0.0000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000448652  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2328  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  29.3 
 
 		 316 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15050  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  29.73 
 
 		 312 aa  65.5  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.437781  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5775  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  23.83 
 
 		 338 aa  62.8  0.000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0932  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  26.45 
 
 		 313 aa  63.2  0.000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.89335 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4784  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  25.63 
 
 		 332 aa  59.3  0.00000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.754185  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0197  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  29.55 
 
 		 265 aa  44.7  0.002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0354392  normal  0.896388 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>