86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0982 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0982  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  100 
 
 		 284 aa  588  1e-167  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.180998  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0872  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  95.77 
 
 		 284 aa  570  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.610227  normal  0.606399 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5183  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  94.01 
 
 		 284 aa  562  1.0000000000000001e-159  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2702  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  83.92 
 
 		 287 aa  503  1e-141  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.630193 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3637  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  83.75 
 
 		 285 aa  494  1e-139  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0170  protocatechuate 4,5-dioxygenase  79.93 
 
 		 443 aa  492  9.999999999999999e-139  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.827608  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4445  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  81.94 
 
 		 289 aa  486  1e-136  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.241927  normal  0.176691 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3813  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  81.31 
 
 		 290 aa  486  1e-136  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.39125  normal  0.346556 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0330  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  79.45 
 
 		 293 aa  487  1e-136  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2027  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  76.64 
 
 		 305 aa  473  1e-132  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3885  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  72.08 
 
 		 279 aa  441  1e-123  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4373  protocatechuate 4,5-dioxygenase  71.02 
 
 		 433 aa  414  1e-114  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2812  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  65.49 
 
 		 280 aa  397  9.999999999999999e-111  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0900704  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0509  protocatechuate 4,5-dioxygenase  59.36 
 
 		 284 aa  359  2e-98  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3204  protocatechuate 4,5-dioxygenase  56.84 
 
 		 280 aa  344  8e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38360  protocatechuate 4,5-dioxygenase beta subunit  53.52 
 
 		 283 aa  324  1e-87  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.215694  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3699  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  44.16 
 
 		 304 aa  262  4e-69  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3938  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  46.64 
 
 		 282 aa  261  1e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0324  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  44.76 
 
 		 281 aa  259  4e-68  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0463695  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1234  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  45.07 
 
 		 280 aa  256  2e-67  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.188229  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2096  protocatechuate 4,5-dioxygenase  44.52 
 
 		 420 aa  254  1.0000000000000001e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.624399 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3709  protocatechuate 4,5-dioxygenase  43.46 
 
 		 430 aa  254  1.0000000000000001e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0482429 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3920  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  44.01 
 
 		 282 aa  251  8.000000000000001e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.361825  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0323  protocatechuate 4,5-dioxygenase  44.17 
 
 		 428 aa  251  1e-65  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.306263  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3200  protocatechuate 4,5-dioxygenase  43.82 
 
 		 420 aa  251  1e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0373614  normal  0.0556534 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31250  protocatechuate 4,5-dioxygenase  44.21 
 
 		 420 aa  250  2e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2030  protocatechuate 4,5-dioxygenase  43.46 
 
 		 420 aa  250  2e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.638746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2174  protocatechuate 4,5-dioxygenase  43.46 
 
 		 426 aa  249  3e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2518  protocatechuate 4,5-dioxygenase  43.46 
 
 		 420 aa  249  3e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.618608  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0914  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  42.91 
 
 		 281 aa  248  7e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.159825  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2734  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  44.68 
 
 		 278 aa  247  1e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.510651 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6377  protocatechuate 4,5-dioxygenase  42.07 
 
 		 437 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00210676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04631  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  46.61 
 
 		 298 aa  244  9.999999999999999e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2733  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  42.61 
 
 		 282 aa  243  3e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000288133  normal  0.0164551 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7572  protocatechuate 4,5-dioxygenase  42.96 
 
 		 434 aa  242  6e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.872573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6041  protocatechuate 4,5-dioxygenase  42.25 
 
 		 434 aa  238  1e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0923014 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0294  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  40.28 
 
 		 283 aa  233  3e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1061  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  44.37 
 
 		 285 aa  219  3e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1199  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  43.31 
 
 		 285 aa  219  3e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0521  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  27.95 
 
 		 276 aa  109  5e-23  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.43735 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4104  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  29.96 
 
 		 281 aa  102  6e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.141544  normal  0.0128083 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0046  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  32.69 
 
 		 287 aa  94.7  2e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_2021  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  30.77 
 
 		 287 aa  84.7  0.000000000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.326559  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4715  hypothetical protein  27.55 
 
 		 292 aa  84  0.000000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3789  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  32.31 
 
 		 313 aa  83.6  0.000000000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3858  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  32.31 
 
 		 316 aa  83.6  0.000000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0874943  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0103  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  28.86 
 
 		 272 aa  83.6  0.000000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1353  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  35.33 
 
 		 317 aa  82.4  0.000000000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000498865  decreased coverage  0.00000137148 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0538  protocatechuate 4,5-dioxygenase  29.84 
 
 		 195 aa  82.4  0.000000000000008  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.597142  normal  0.30708 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15050  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  32.8 
 
 		 312 aa  81.6  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.437781  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4311  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  27.27 
 
 		 272 aa  81.3  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0932  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  27.44 
 
 		 313 aa  81.3  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.89335 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3785  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  34.62 
 
 		 282 aa  80.1  0.00000000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00306  hypothetical protein  33.12 
 
 		 314 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00708468  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0379  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  33.12 
 
 		 314 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.521174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3277  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  33.12 
 
 		 314 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.125631  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0423  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  33.12 
 
 		 314 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0372  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  33.12 
 
 		 314 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00909814  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0412  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  33.12 
 
 		 314 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.696157  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3248  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  26.15 
 
 		 278 aa  77.4  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000000000626478  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3258  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  33.12 
 
 		 314 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00302  2,3-dihydroxyphenylpropionate 1,2-dioxygenase  33.12 
 
 		 314 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00626502  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0271  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  26.36 
 
 		 314 aa  76.6  0.0000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.477542  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2892  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  32.72 
 
 		 313 aa  76.3  0.0000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.607584  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0901  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  31.61 
 
 		 312 aa  75.9  0.0000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000448652  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42210  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  25.87 
 
 		 284 aa  73.9  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.396932  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1980  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  34.01 
 
 		 314 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.28506  normal  0.249584 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2402  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  31.25 
 
 		 315 aa  74.7  0.000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2328  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  27.56 
 
 		 316 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3064  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  28.75 
 
 		 340 aa  73.6  0.000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.253004 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4244  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  33.97 
 
 		 306 aa  72.8  0.000000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4536  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  26.05 
 
 		 317 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1342  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  31.16 
 
 		 314 aa  70.9  0.00000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.180795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4746  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  35.26 
 
 		 311 aa  70.5  0.00000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.611428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4035  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  32.19 
 
 		 285 aa  68.2  0.0000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5444  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  27.53 
 
 		 322 aa  67.4  0.0000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  normal  0.801471 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5841  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  27.53 
 
 		 322 aa  67.4  0.0000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1712  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  27.35 
 
 		 317 aa  65.9  0.0000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.999363 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1683  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  27.35 
 
 		 317 aa  65.9  0.0000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1656  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  27.35 
 
 		 317 aa  65.5  0.0000000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0541  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  27.35 
 
 		 317 aa  65.5  0.0000000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0623  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  27.35 
 
 		 317 aa  65.5  0.0000000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0542  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  27.76 
 
 		 317 aa  65.5  0.000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.635361  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5775  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  24.7 
 
 		 338 aa  64.7  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5613  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  26.94 
 
 		 317 aa  62.8  0.000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4784  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  26.07 
 
 		 332 aa  58.2  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.754185  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>