88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1199 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1199  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  100 
 
 		 285 aa  590  1e-167  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1061  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  94.04 
 
 		 285 aa  532  1e-150  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2734  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  62.68 
 
 		 278 aa  347  9e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.510651 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0914  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  58.78 
 
 		 281 aa  342  2.9999999999999997e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.159825  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2733  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  59.07 
 
 		 282 aa  342  4e-93  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000288133  normal  0.0164551 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3699  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  55.78 
 
 		 304 aa  342  5e-93  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0294  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  56.94 
 
 		 283 aa  339  2.9999999999999998e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1234  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  56.27 
 
 		 280 aa  327  2.0000000000000001e-88  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.188229  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3920  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  55.8 
 
 		 282 aa  323  2e-87  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.361825  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3938  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  53.05 
 
 		 282 aa  318  7e-86  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3204  protocatechuate 4,5-dioxygenase  46.95 
 
 		 280 aa  270  2e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0324  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  45.36 
 
 		 281 aa  256  3e-67  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0463695  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04631  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  46.15 
 
 		 298 aa  256  4e-67  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38360  protocatechuate 4,5-dioxygenase beta subunit  43.93 
 
 		 283 aa  255  5e-67  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.215694  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0509  protocatechuate 4,5-dioxygenase  43.51 
 
 		 284 aa  249  3e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3709  protocatechuate 4,5-dioxygenase  45.32 
 
 		 430 aa  242  5e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0482429 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3885  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  42.45 
 
 		 279 aa  241  1e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3813  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  43.25 
 
 		 290 aa  239  5e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.39125  normal  0.346556 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4445  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  43.25 
 
 		 289 aa  238  5.999999999999999e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.241927  normal  0.176691 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2812  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  41.37 
 
 		 280 aa  237  2e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0900704  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0170  protocatechuate 4,5-dioxygenase  41.36 
 
 		 443 aa  236  3e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.827608  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0982  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  43.31 
 
 		 284 aa  235  8e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.180998  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5183  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  43.51 
 
 		 284 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2702  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  42.71 
 
 		 287 aa  234  1.0000000000000001e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.630193 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0872  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  42.96 
 
 		 284 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.610227  normal  0.606399 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0330  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  40.75 
 
 		 293 aa  233  2.0000000000000002e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2096  protocatechuate 4,5-dioxygenase  43.11 
 
 		 420 aa  231  1e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.624399 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3637  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  42.11 
 
 		 285 aa  229  3e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6041  protocatechuate 4,5-dioxygenase  45.11 
 
 		 434 aa  228  1e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0923014 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2027  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  38.82 
 
 		 305 aa  224  1e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3200  protocatechuate 4,5-dioxygenase  41.58 
 
 		 420 aa  223  3e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0373614  normal  0.0556534 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2030  protocatechuate 4,5-dioxygenase  41.28 
 
 		 420 aa  223  3e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.638746  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6377  protocatechuate 4,5-dioxygenase  43.02 
 
 		 437 aa  222  6e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00210676  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2518  protocatechuate 4,5-dioxygenase  41.22 
 
 		 420 aa  221  8e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.618608  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7572  protocatechuate 4,5-dioxygenase  43.61 
 
 		 434 aa  218  1e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.872573  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31250  protocatechuate 4,5-dioxygenase  40.64 
 
 		 420 aa  217  2e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0323  protocatechuate 4,5-dioxygenase  41.28 
 
 		 428 aa  216  4e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.306263  n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4373  protocatechuate 4,5-dioxygenase  39.44 
 
 		 433 aa  207  1e-52  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2174  protocatechuate 4,5-dioxygenase  40.88 
 
 		 426 aa  199  3.9999999999999996e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0521  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  33.46 
 
 		 276 aa  133  3e-30  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.43735 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0046  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  31.78 
 
 		 287 aa  112  5e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4104  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  30.68 
 
 		 281 aa  108  9.000000000000001e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.141544  normal  0.0128083 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0103  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  30.42 
 
 		 272 aa  103  4e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3248  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  28.12 
 
 		 278 aa  101  1e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000000000626478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4311  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  30.12 
 
 		 272 aa  100  4e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3064  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  32.05 
 
 		 340 aa  99.4  6e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.253004 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_2021  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  28.41 
 
 		 287 aa  97.4  2e-19  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.326559  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0538  protocatechuate 4,5-dioxygenase  35.05 
 
 		 195 aa  91.3  1e-17  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.597142  normal  0.30708 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42210  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  26.64 
 
 		 284 aa  90.1  4e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.396932  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2892  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  27.3 
 
 		 313 aa  87.8  2e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.607584  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1980  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  33.79 
 
 		 314 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.28506  normal  0.249584 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5775  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  29.44 
 
 		 338 aa  78.2  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0901  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  24.82 
 
 		 312 aa  77.4  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000448652  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0271  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  33.33 
 
 		 314 aa  77.4  0.0000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.477542  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1712  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  30 
 
 		 317 aa  76.6  0.0000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.999363 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0423  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  26.24 
 
 		 314 aa  76.6  0.0000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00306  hypothetical protein  26.24 
 
 		 314 aa  76.6  0.0000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00708468  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0379  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  26.24 
 
 		 314 aa  76.6  0.0000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.521174  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3258  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  26.24 
 
 		 314 aa  76.6  0.0000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3277  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  26.24 
 
 		 314 aa  76.6  0.0000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.125631  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0372  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  26.24 
 
 		 314 aa  76.6  0.0000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00909814  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0412  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  26.24 
 
 		 314 aa  76.6  0.0000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.696157  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00302  2,3-dihydroxyphenylpropionate 1,2-dioxygenase  26.24 
 
 		 314 aa  76.6  0.0000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00626502  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4784  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  30.18 
 
 		 332 aa  75.9  0.0000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.754185  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15050  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  32.67 
 
 		 312 aa  75.5  0.0000000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.437781  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4715  hypothetical protein  29.23 
 
 		 292 aa  75.5  0.0000000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0541  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  30 
 
 		 317 aa  75.1  0.000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1656  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  30 
 
 		 317 aa  75.1  0.000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1683  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  30 
 
 		 317 aa  75.1  0.000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0623  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  30 
 
 		 317 aa  75.1  0.000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3789  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  36.11 
 
 		 313 aa  74.3  0.000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2328  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  25.72 
 
 		 316 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3858  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  36.11 
 
 		 316 aa  74.3  0.000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0874943  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3785  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  36.11 
 
 		 282 aa  74.3  0.000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4035  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  27.72 
 
 		 285 aa  73.2  0.000000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0542  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  29.09 
 
 		 317 aa  73.2  0.000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.635361  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4244  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  33.33 
 
 		 306 aa  71.6  0.00000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5613  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  28.51 
 
 		 317 aa  71.6  0.00000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5841  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  28.64 
 
 		 322 aa  70.9  0.00000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5444  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  28.64 
 
 		 322 aa  70.9  0.00000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  normal  0.801471 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0932  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  28.67 
 
 		 313 aa  70.5  0.00000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.89335 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1353  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  32.41 
 
 		 317 aa  68.9  0.0000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000498865  decreased coverage  0.00000137148 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4536  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  26.48 
 
 		 317 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2402  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  31.94 
 
 		 315 aa  66.6  0.0000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4746  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  28.16 
 
 		 311 aa  65.1  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.611428  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1342  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  26.15 
 
 		 314 aa  64.7  0.000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.180795  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2142  hypothetical protein  25.19 
 
 		 352 aa  60.8  0.00000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1065  hypothetical protein  25.2 
 
 		 468 aa  47.4  0.0003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.710418  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>