60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3064 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_3064  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  100 
 
 		 340 aa  701    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.253004 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5775  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  47.63 
 
 		 338 aa  307  2.0000000000000002e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4784  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  34.02 
 
 		 332 aa  182  8.000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.754185  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1712  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  28.49 
 
 		 317 aa  102  1e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.999363 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1234  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  32.77 
 
 		 280 aa  97.8  2e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.188229  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1656  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  27.93 
 
 		 317 aa  97.4  3e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0541  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  27.93 
 
 		 317 aa  97.8  3e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0623  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  27.93 
 
 		 317 aa  97.8  3e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1683  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  27.93 
 
 		 317 aa  97.4  3e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5613  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  27.65 
 
 		 317 aa  97.1  4e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5841  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  26.89 
 
 		 322 aa  95.9  9e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5444  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  26.89 
 
 		 322 aa  95.9  9e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  normal  0.801471 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0542  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  27.37 
 
 		 317 aa  94.7  2e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.635361  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4104  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  36.18 
 
 		 281 aa  87.8  2e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.141544  normal  0.0128083 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38360  protocatechuate 4,5-dioxygenase beta subunit  29.22 
 
 		 283 aa  84.7  0.000000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.215694  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1199  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  30.34 
 
 		 285 aa  84  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1061  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  30.13 
 
 		 285 aa  79.7  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4373  protocatechuate 4,5-dioxygenase  28.38 
 
 		 433 aa  78.6  0.0000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3920  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  30.34 
 
 		 282 aa  77.8  0.0000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.361825  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0170  protocatechuate 4,5-dioxygenase  27.66 
 
 		 443 aa  75.9  0.000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.827608  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2734  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  28.57 
 
 		 278 aa  74.7  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.510651 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3699  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  28.74 
 
 		 304 aa  74.7  0.000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0914  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  31.03 
 
 		 281 aa  73.9  0.000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.159825  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0982  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  28.75 
 
 		 284 aa  73.6  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.180998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0509  protocatechuate 4,5-dioxygenase  27.31 
 
 		 284 aa  71.2  0.00000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4715  hypothetical protein  39.66 
 
 		 292 aa  70.9  0.00000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0324  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  23.96 
 
 		 281 aa  70.9  0.00000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0463695  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3885  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  25.21 
 
 		 279 aa  70.5  0.00000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0872  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  27.2 
 
 		 284 aa  70.5  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.610227  normal  0.606399 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2733  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  27.31 
 
 		 282 aa  70.1  0.00000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000288133  normal  0.0164551 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2702  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  25.11 
 
 		 287 aa  68.9  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.630193 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2027  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  25.86 
 
 		 305 aa  67.8  0.0000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5183  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  26.38 
 
 		 284 aa  68.2  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2142  hypothetical protein  26.14 
 
 		 352 aa  68.2  0.0000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0521  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  31.2 
 
 		 276 aa  67.8  0.0000000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.43735 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2812  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  25.54 
 
 		 280 aa  67.8  0.0000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0900704  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3204  protocatechuate 4,5-dioxygenase  26.18 
 
 		 280 aa  67  0.0000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3813  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  25.21 
 
 		 290 aa  66.6  0.0000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.39125  normal  0.346556 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4445  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  25 
 
 		 289 aa  66.6  0.0000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.241927  normal  0.176691 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0330  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  25 
 
 		 293 aa  66.2  0.0000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3637  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  25.1 
 
 		 285 aa  64.7  0.000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04631  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  32.56 
 
 		 298 aa  64.7  0.000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_2021  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  27 
 
 		 287 aa  64.7  0.000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.326559  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3938  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  27.92 
 
 		 282 aa  64.3  0.000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0294  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  28.82 
 
 		 283 aa  63.2  0.000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3709  protocatechuate 4,5-dioxygenase  26.53 
 
 		 430 aa  61.6  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0482429 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3248  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  30.83 
 
 		 278 aa  59.7  0.00000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000000000626478  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42210  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  25.2 
 
 		 284 aa  59.3  0.00000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.396932  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6041  protocatechuate 4,5-dioxygenase  27.76 
 
 		 434 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0923014 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2174  protocatechuate 4,5-dioxygenase  28.26 
 
 		 426 aa  57.8  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0046  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  26.5 
 
 		 287 aa  56.6  0.0000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2518  protocatechuate 4,5-dioxygenase  29.44 
 
 		 420 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.618608  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3200  protocatechuate 4,5-dioxygenase  29.44 
 
 		 420 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0373614  normal  0.0556534 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7572  protocatechuate 4,5-dioxygenase  28.74 
 
 		 434 aa  55.1  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.872573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2096  protocatechuate 4,5-dioxygenase  34.71 
 
 		 420 aa  54.3  0.000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.624399 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2030  protocatechuate 4,5-dioxygenase  29.44 
 
 		 420 aa  54.3  0.000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.638746  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6377  protocatechuate 4,5-dioxygenase  25.93 
 
 		 437 aa  53.9  0.000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00210676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4035  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  25 
 
 		 285 aa  52.4  0.00001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31250  protocatechuate 4,5-dioxygenase  30.53 
 
 		 420 aa  51.2  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0323  protocatechuate 4,5-dioxygenase  52.63 
 
 		 428 aa  46.6  0.0006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.306263  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>