195 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1824 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_1824  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  100 
 
 
261 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.436879  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2275  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  48.08 
 
 
265 aa  272  5.000000000000001e-72  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.994054 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6127  putative extradiol ring-cleavage dioxygenase  45.31 
 
 
270 aa  226  3e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.105622 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2634  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  41.11 
 
 
258 aa  218  6e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1443  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  41.41 
 
 
260 aa  215  5e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1444  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  42.8 
 
 
255 aa  215  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0945438  normal  0.379054 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1869  hypothetical protein  42.8 
 
 
264 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.858581  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3846  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  43.19 
 
 
255 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.167723  normal  0.36128 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2953  catalytic LigB subunit of aromatic ring-opening dioxygenase  42.35 
 
 
277 aa  209  3e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.66937  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0679  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  40.38 
 
 
266 aa  208  6e-53  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000247428  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2526  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  42.91 
 
 
255 aa  207  1e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.854892  normal  0.357361 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3986  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  42.91 
 
 
255 aa  207  2e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3594  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  41.8 
 
 
262 aa  206  2e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1478  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  41.63 
 
 
255 aa  205  7e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.637793  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2316  hypothetical protein  40.71 
 
 
256 aa  205  7e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.467811  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3607  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  41.18 
 
 
262 aa  204  9e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3618  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  41.18 
 
 
262 aa  204  9e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0500  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  41.18 
 
 
262 aa  204  2e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27390  hypothetical protein  43.95 
 
 
256 aa  204  2e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0680  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  41.18 
 
 
262 aa  204  2e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0976  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  41.18 
 
 
262 aa  204  2e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.262372  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1947  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  41.18 
 
 
262 aa  204  2e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2892  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  40 
 
 
263 aa  203  2e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.672947 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2934  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  41.34 
 
 
262 aa  202  3e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2793  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  40.38 
 
 
264 aa  201  7e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0432  putative 4,5-extradiol aromatic ring fission dioxygenase, DodA/LigB-like  40.94 
 
 
261 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.584853  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3526  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  41.34 
 
 
261 aa  199  5e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.083912  normal  0.191143 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0478  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  39.61 
 
 
263 aa  198  6e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.836702  normal  0.589534 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0410  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  39.22 
 
 
263 aa  198  7e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2599  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  39.22 
 
 
263 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0506  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  39.22 
 
 
263 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0432  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  39.22 
 
 
262 aa  197  2.0000000000000003e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.31305 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3593  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  39.22 
 
 
263 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.505064 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0436  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  39.22 
 
 
263 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.387117  normal  0.164124 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1613  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  37.98 
 
 
278 aa  196  3e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.806059  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03046  4,5-dopa dioxygenase extradiol  40.08 
 
 
258 aa  196  4.0000000000000005e-49  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3618  catalytic LigB subunit of aromatic ring-opening dioxygenase  40.16 
 
 
255 aa  193  2e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.461583 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2725  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  38.98 
 
 
261 aa  194  2e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1603  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  39.11 
 
 
278 aa  191  9e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000796384 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1860  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  36.5 
 
 
273 aa  187  2e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.201197  normal  0.214466 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1860  oxidoreductase  38.74 
 
 
253 aa  186  3e-46  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1776  hypothetical protein  39.61 
 
 
255 aa  186  4e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1700  oxidoreductase  37.94 
 
 
253 aa  183  2.0000000000000003e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1675  oxidoreductase  37.94 
 
 
253 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0492632  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2574  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  36.86 
 
 
260 aa  182  7e-45  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2536  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  36.61 
 
 
263 aa  181  8.000000000000001e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.12832  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1897  oxidoreductase  37.55 
 
 
253 aa  181  9.000000000000001e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1975  oxidoreductase  37.55 
 
 
253 aa  180  2e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1944  oxidoreductase  37.55 
 
 
253 aa  179  4e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3194  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  39.24 
 
 
275 aa  179  4e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1456  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  37.94 
 
 
253 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.216401  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3482  oxidoreductase  37.15 
 
 
253 aa  178  5.999999999999999e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.361889 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1717  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  37.55 
 
 
253 aa  178  7e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.145802  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0432  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  39.76 
 
 
313 aa  178  8e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1723  oxidoreductase  37.15 
 
 
253 aa  178  9e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1859  oxidoreductase  37.15 
 
 
253 aa  178  9e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2101  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  37.21 
 
 
278 aa  178  9e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2305  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  36.43 
 
 
289 aa  177  1e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00348966 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2494  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  35.31 
 
 
312 aa  177  2e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.264128  normal  0.98299 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1765  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  39.53 
 
 
256 aa  176  2e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.304474 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2416  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  36.76 
 
 
253 aa  175  7e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000936465  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0209  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  37.65 
 
 
279 aa  175  7e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0409  hypothetical protein  40.26 
 
 
257 aa  174  9e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0752  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  35.14 
 
 
262 aa  172  5e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.257229  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1064  hypothetical protein  38.19 
 
 
268 aa  170  2e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0756  hypothetical protein  37.36 
 
 
292 aa  170  2e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0572114 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4315  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  36.95 
 
 
257 aa  170  2e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3451  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  38.86 
 
 
253 aa  167  2e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.00000670941  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3401  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  35.51 
 
 
296 aa  167  2e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1691  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  36.33 
 
 
269 aa  167  2e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.991273  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3239  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  33.94 
 
 
295 aa  166  2.9999999999999998e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1200  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  38.7 
 
 
260 aa  166  4e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.656979  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0532  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  38.96 
 
 
266 aa  166  5e-40  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1725  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  37.71 
 
 
270 aa  165  6.9999999999999995e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1634  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  37.71 
 
 
284 aa  165  8e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1909  hypothetical protein  37.45 
 
 
269 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1616  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  36.33 
 
 
269 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4284  hypothetical protein  38.84 
 
 
260 aa  163  2.0000000000000002e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3123  hypothetical protein  35.93 
 
 
273 aa  163  3e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1685  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  35.92 
 
 
269 aa  163  3e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2964  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  35.92 
 
 
271 aa  162  6e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.988157  normal  0.549704 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3853  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  35.93 
 
 
276 aa  161  8.000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1887  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  37.44 
 
 
275 aa  161  1e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3741  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  36.56 
 
 
296 aa  160  1e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4269  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  38.33 
 
 
275 aa  161  1e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3418  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  35.48 
 
 
296 aa  160  2e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.288553  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0139  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  35.97 
 
 
266 aa  159  4e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0172  catalytic LigB subunit of aromatic ring-opening dioxygenase  34.4 
 
 
265 aa  159  5e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000152597  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2339  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  37.66 
 
 
285 aa  159  5e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.70741  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0781  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  36.11 
 
 
272 aa  158  9e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3243  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  35.54 
 
 
296 aa  157  1e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2839  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  35.1 
 
 
271 aa  156  2e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0983  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  34.2 
 
 
263 aa  156  3e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.793849 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3440  hypothetical protein  37.45 
 
 
262 aa  156  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3447  hypothetical protein  37.02 
 
 
262 aa  156  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39480  hypothetical protein  36.55 
 
 
258 aa  156  4e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00960347  normal  0.208572 
 
 
-
 
NC_011683  PHATRDRAFT_48032  predicted protein  34.1 
 
 
264 aa  155  5.0000000000000005e-37  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.209972  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4445  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  37.02 
 
 
292 aa  155  6e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0359597  normal  0.141802 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3542  hypothetical protein  37.02 
 
 
262 aa  155  6e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3370  hypothetical protein  37.45 
 
 
276 aa  155  7e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>