43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0913 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0982  hypothetical protein  78.22 
 
 		 429 aa  636    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.116173  normal  0.258531 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0844  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 		 428 aa  833    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0207923  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0913  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 		 428 aa  833    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4388  putative PAS/PAC sensor protein  54.34 
 
 		 430 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2292  hypothetical protein  55.33 
 
 		 430 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1055  mase1  55.33 
 
 		 430 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0970  hypothetical protein  55.33 
 
 		 430 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5790  putative integral membrane sensor protein  53.85 
 
 		 430 aa  412  1e-114  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0529  hypothetical protein  55.22 
 
 		 422 aa  414  1e-114  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.733006  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5070  putative integral membrane sensor protein  53.85 
 
 		 430 aa  412  1e-114  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.520625  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0119  hypothetical protein  55.22 
 
 		 422 aa  414  1e-114  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1496  MASE1 domain-containing protein  55.22 
 
 		 422 aa  414  1e-114  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1410  hypothetical protein  55.22 
 
 		 422 aa  414  1e-114  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3078  putative integral membrane sensor protein  52.36 
 
 		 431 aa  410  1e-113  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0603  putative integral membrane sensor protein  49.05 
 
 		 429 aa  342  9e-93  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.502306  normal  0.489405 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5459  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.64 
 
 		 1211 aa  64.7  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.125854  normal  0.0422439 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3344  signal transduction protein  25.42 
 
 		 1055 aa  59.3  0.0000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0708  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.73 
 
 		 553 aa  57.8  0.0000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5452  sensor histidine kinase  26.71 
 
 		 556 aa  57.4  0.0000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0996  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.47 
 
 		 832 aa  51.6  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2552  sensory transduction histidine kinase  24.81 
 
 		 819 aa  51.2  0.00003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.348232  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1695  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  26.16 
 
 		 594 aa  50.4  0.00007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.357203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0232  multi-sensor hybrid histidine kinase  22.73 
 
 		 1116 aa  50.1  0.00008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  21.43 
 
 		 487 aa  50.1  0.00008  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5190  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.4 
 
 		 1211 aa  48.9  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.8862  normal  0.202649 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2096  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30 
 
 		 1140 aa  47.8  0.0003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.166751  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0689  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and periplasmic/7TM domain sensor(s)  31.93 
 
 		 965 aa  47.8  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49160  putative sensor protein  28.32 
 
 		 1120 aa  47.4  0.0005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000588584 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5143  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  23.75 
 
 		 643 aa  47.4  0.0005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.248831  normal  0.87155 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3300  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.22 
 
 		 745 aa  47.4  0.0005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.705901 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0632  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.93 
 
 		 965 aa  46.6  0.0008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0919464 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1901  two-component sensor histidine kinase  25.19 
 
 		 931 aa  46.6  0.0009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0313083  normal  0.0871787 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0142  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.57 
 
 		 1178 aa  45.8  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4985  sensory box protein  26.88 
 
 		 1534 aa  45.4  0.002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0367  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.77 
 
 		 507 aa  45.4  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0227  PAS /MASE1 sensor domain-containing protein  23.71 
 
 		 462 aa  45.4  0.002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2907  sensory transduction histidine kinase  27.55 
 
 		 492 aa  44.7  0.003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.00657144  hitchhiker  0.0001465 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0942  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.25 
 
 		 1009 aa  44.3  0.004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.808539  normal  0.370393 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0064  Signal transduction histidine kinase  26.52 
 
 		 1714 aa  44.3  0.004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.274411 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0119  PAS sensor protein  32.93 
 
 		 1561 aa  44.3  0.005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1193  diguanylate cyclase  24.07 
 
 		 650 aa  43.5  0.006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.142429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3654  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.3 
 
 		 652 aa  43.5  0.007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0595  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.04 
 
 		 752 aa  43.5  0.007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>