84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3451 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3451  DoxX family protein  100 
 
 		 145 aa  281  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.182426  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2945  DoxX  76.98 
 
 		 150 aa  210  3.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2498  DoxX  72.03 
 
 		 149 aa  202  1e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2341  DoxX  61.38 
 
 		 152 aa  177  2.9999999999999997e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.201028  normal  0.120907 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2109  DoxX  58.7 
 
 		 150 aa  164  2.9999999999999998e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3877  hypothetical protein  51.05 
 
 		 151 aa  139  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.52615  normal  0.304969 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0014  hypothetical protein  34.09 
 
 		 142 aa  66.6  0.0000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.133834  normal  0.506679 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2385  DoxX family protein  33.33 
 
 		 131 aa  62  0.000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0905931  normal  0.641291 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4441  DoxX family protein  36.5 
 
 		 129 aa  58.5  0.00000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.147857  normal  0.924554 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0296  DoxX family protein  34.65 
 
 		 271 aa  55.1  0.0000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0354  DoxX  34.56 
 
 		 127 aa  53.1  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.388731  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4554  DoxX family protein  30.43 
 
 		 143 aa  52.4  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4176  DoxX family protein  38.24 
 
 		 129 aa  52.4  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2500  hypothetical protein  31.16 
 
 		 136 aa  52.4  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.831259  normal  0.0755951 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5400  DoxX family protein  31.39 
 
 		 137 aa  52  0.000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0358694  normal  0.0708806 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0867  membrane protein yphA  33.68 
 
 		 152 aa  51.2  0.000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.271535 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3706  DoxX family protein  30.37 
 
 		 137 aa  51.2  0.000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3348  DoxX  30.3 
 
 		 146 aa  50.8  0.000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0716703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5841  DoxX  31.88 
 
 		 134 aa  50.8  0.000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2360  DoxX family protein  32.59 
 
 		 136 aa  50.4  0.000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.413665  normal  0.233009 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2074  DoxD-like family protein  27.97 
 
 		 145 aa  49.7  0.00001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.480184  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3837  SURF4 domain-containing protein  33.1 
 
 		 137 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.332195  normal  0.973533 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1934  DoxX family protein  32.35 
 
 		 155 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.467271  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4661  DoxX family protein  34.83 
 
 		 145 aa  49.3  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.526141  normal  0.512029 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4280  hypothetical protein  28.24 
 
 		 128 aa  48.9  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.92358  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0860  DoxX  29.55 
 
 		 136 aa  49.3  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.2035  normal  0.169459 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3904  DoxX family protein  35.87 
 
 		 136 aa  48.5  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.501063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1200  DoxX  32.53 
 
 		 139 aa  48.1  0.00004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4045  DoxX family protein  28.79 
 
 		 135 aa  48.1  0.00004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0512358 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0630  DoxX family protein  35.29 
 
 		 140 aa  48.1  0.00004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.470761  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1209  hypothetical protein  30.88 
 
 		 137 aa  47.8  0.00005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0177047  normal  0.393618 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1387  hypothetical protein  27.48 
 
 		 128 aa  47.8  0.00006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3122  DoxX family protein  27.27 
 
 		 139 aa  46.6  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.461418  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0099  DoxX family protein  32.17 
 
 		 145 aa  46.2  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00508391  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6086  DoxX family protein  32.82 
 
 		 137 aa  46.2  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0786046  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1386  DoxX family protein  27.48 
 
 		 137 aa  45.8  0.0002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.42391  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5848  DoxX family protein  32.82 
 
 		 137 aa  45.4  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3973  DoxX family protein  35.61 
 
 		 135 aa  45.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.72349 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1365  DoxX family protein  31.01 
 
 		 139 aa  45.1  0.0003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0662293  normal  0.0953632 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1542  DoxX  31.82 
 
 		 129 aa  45.1  0.0003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.294668  normal  0.482647 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2855  DoxX family protein  30.66 
 
 		 379 aa  45.1  0.0003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00921996  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3057  DoxX family protein  32.59 
 
 		 149 aa  45.1  0.0004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4671  DoxX family protein  29.67 
 
 		 145 aa  44.3  0.0006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.547503 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6046  DoxX family protein  31.4 
 
 		 137 aa  44.3  0.0006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.392213 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1125  DoxX family protein  32.67 
 
 		 140 aa  43.9  0.0007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3775  putative inner membrane protein YphA  32.67 
 
 		 140 aa  43.9  0.0007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02435  predicted inner membrane protein  32.67 
 
 		 164 aa  43.9  0.0007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2696  putative inner membrane protein YphA  32.67 
 
 		 140 aa  43.9  0.0007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1134  DoxX family protein  32.67 
 
 		 140 aa  43.9  0.0007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02399  hypothetical protein  32.67 
 
 		 164 aa  43.9  0.0007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2828  hypothetical protein  32.67 
 
 		 140 aa  43.9  0.0007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2930  DoxX family protein  29.55 
 
 		 137 aa  43.9  0.0007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3329  hypothetical protein  27.61 
 
 		 129 aa  43.9  0.0007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.517461  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2695  hypothetical protein  30.47 
 
 		 155 aa  43.9  0.0008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3130  DoxX family protein  27.61 
 
 		 315 aa  43.9  0.0008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.470972  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3205  DoxX family protein  30.88 
 
 		 137 aa  43.5  0.0009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3412  DoxX family protein  28.89 
 
 		 145 aa  43.5  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.401045  normal  0.464952 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1517  DoxX family protein  28.26 
 
 		 138 aa  43.1  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000129276  hitchhiker  0.00151008 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5199  DoxX family protein  29.67 
 
 		 145 aa  43.5  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.342492  normal  0.27185 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3552  DoxX family protein  37.8 
 
 		 137 aa  42.7  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.583897  normal  0.164311 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2517  DoxX  27.82 
 
 		 321 aa  42.4  0.002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.114204  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2087  DoxX  25.4 
 
 		 119 aa  42.4  0.002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2562  DoxX family protein  27.82 
 
 		 321 aa  42.4  0.002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2554  DoxX family protein  27.82 
 
 		 321 aa  42.4  0.002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.225464  normal  0.850178 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4810  DoxX  30.66 
 
 		 147 aa  42  0.003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1637  DoxX  33.33 
 
 		 137 aa  42  0.003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00123238  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0464  DoxX family protein  29.37 
 
 		 145 aa  41.2  0.005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.412831  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0873  DoxD-like family protein  29.37 
 
 		 145 aa  41.2  0.005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.660844  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0561  DoxX family membrane protein  29.37 
 
 		 145 aa  41.2  0.005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2188  DoxD-like family protein  29.37 
 
 		 145 aa  41.2  0.005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.39427  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1426  DoxD-like family protein  29.37 
 
 		 145 aa  41.2  0.005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.639544  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0467  DoxX family protein  30.43 
 
 		 137 aa  41.2  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.123633  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3227  DoxX family protein  29.07 
 
 		 125 aa  41.2  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.374067  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2900  DoxX  29.55 
 
 		 136 aa  41.2  0.005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.290679  normal  0.557329 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2151  transporter  31.62 
 
 		 132 aa  41.2  0.005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.447191  normal  0.895246 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1718  DoxX family protein  31.45 
 
 		 141 aa  40.8  0.006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1877  hypothetical protein  29.37 
 
 		 145 aa  40.8  0.007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2764  DoxX family protein  29.71 
 
 		 136 aa  40.8  0.007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.843077 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0081  DoxX family protein  35.29 
 
 		 175 aa  40.4  0.007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.614954  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3522  DoxX family protein  30.23 
 
 		 125 aa  40.4  0.008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0254213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0893  hypothetical protein  29.92 
 
 		 148 aa  40.4  0.008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.825078  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2221  DoxX family protein  28.24 
 
 		 135 aa  40  0.01  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.631105 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0449  DoxX family protein  28.26 
 
 		 182 aa  40  0.01  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4935  DoxX family protein  29.77 
 
 		 136 aa  40  0.01  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000319097 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>