217 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3122 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_3122  DoxX family protein  100 
 
 
139 aa  275  2e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.461418  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4045  DoxX family protein  57.25 
 
 
135 aa  153  7e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0512358 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2900  DoxX  57.03 
 
 
136 aa  129  2.0000000000000002e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.290679  normal  0.557329 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2930  DoxX family protein  55.04 
 
 
137 aa  127  3e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1209  hypothetical protein  47.76 
 
 
137 aa  122  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0177047  normal  0.393618 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5400  DoxX family protein  48.44 
 
 
137 aa  122  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0358694  normal  0.0708806 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5848  DoxX family protein  48.09 
 
 
137 aa  120  7e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6086  DoxX family protein  48.09 
 
 
137 aa  120  7e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0786046  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2574  DoxX  54.69 
 
 
136 aa  118  1.9999999999999998e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.404201  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6046  DoxX family protein  46.56 
 
 
137 aa  118  1.9999999999999998e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.392213 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2500  hypothetical protein  44.88 
 
 
136 aa  116  9e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.831259  normal  0.0755951 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0014  hypothetical protein  45.8 
 
 
142 aa  116  9e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.133834  normal  0.506679 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4096  DoxX family protein  47.86 
 
 
174 aa  114  3.9999999999999997e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0554855  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1637  DoxX  51.2 
 
 
137 aa  114  6e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00123238  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1454  DoxX family protein  44.27 
 
 
136 aa  114  6e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3976  DoxX family protein  48.2 
 
 
174 aa  114  6.9999999999999995e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.603426  decreased coverage  0.00896237 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1786  DoxX family protein  61.11 
 
 
137 aa  113  6.9999999999999995e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1934  DoxX family protein  44.27 
 
 
155 aa  113  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.467271  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1413  DoxD-like family protein  50 
 
 
182 aa  112  1.0000000000000001e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.197847  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3837  SURF4 domain-containing protein  43.51 
 
 
137 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.332195  normal  0.973533 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4440  DoxX family protein  48.18 
 
 
139 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.461632  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1386  DoxX family protein  44.53 
 
 
137 aa  112  2.0000000000000002e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.42391  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3132  DoxX family protein  47.97 
 
 
143 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2360  DoxX family protein  49.61 
 
 
136 aa  111  3e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.413665  normal  0.233009 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0354  DoxX  48.84 
 
 
127 aa  111  4.0000000000000004e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.388731  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3057  DoxX family protein  45.45 
 
 
149 aa  110  5e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2633  DoxX  51.16 
 
 
128 aa  110  5e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1986  DoxX family protein  60.19 
 
 
137 aa  110  5e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.338792  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5222  DoxX family protein  47.97 
 
 
144 aa  110  8.000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47840  DoxX-like protein  47.06 
 
 
140 aa  107  4.0000000000000004e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1295  DoxX family membrane protein  46.76 
 
 
178 aa  103  6e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.174807  normal  0.980217 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4554  DoxX family protein  46.46 
 
 
143 aa  103  7e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4094  hypothetical protein  45.53 
 
 
140 aa  103  8e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.887917  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3552  DoxX family protein  48.67 
 
 
137 aa  103  8e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.583897  normal  0.164311 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5753  DoxX family protein  45.26 
 
 
139 aa  103  9e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.585743  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3817  DoxX  45.26 
 
 
139 aa  103  9e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4551  DoxX family protein  45.26 
 
 
139 aa  103  9e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.529147 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2764  DoxX family protein  48.03 
 
 
136 aa  103  1e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.843077 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2298  DoxX family protein  45.86 
 
 
135 aa  102  2e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000018841  hitchhiker  0.00171371 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2535  DoxX  52.34 
 
 
136 aa  102  2e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.275634  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1243  DoxD-like family protein  48.21 
 
 
167 aa  100  4e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2591  DoxD-like family protein  49.11 
 
 
167 aa  101  4e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0214  DoxD-like family protein  48.21 
 
 
167 aa  100  4e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1351  DoxX family protein  49.11 
 
 
167 aa  101  4e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0214907  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3706  DoxX family protein  42.75 
 
 
137 aa  100  7e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0487  DoxD-like family protein  48.21 
 
 
137 aa  100  7e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.328888  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1085  DoxX family protein  48.21 
 
 
137 aa  100  7e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5753  DoxX  46.56 
 
 
137 aa  99.4  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6600  DoxX family protein  46.56 
 
 
137 aa  99.4  1e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.563715 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6117  DoxX family protein  46.56 
 
 
137 aa  99.4  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.111641 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1436  DoxX family protein  48.21 
 
 
181 aa  99.4  1e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.921466  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3035  DoxX family protein  41.86 
 
 
140 aa  99.8  1e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.156785  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0867  membrane protein yphA  45.9 
 
 
152 aa  98.6  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.271535 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7619  DoxX  46.56 
 
 
137 aa  98.2  3e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.178485 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4295  hypothetical protein  45.08 
 
 
140 aa  97.4  5e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.023682 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0099  DoxX family protein  41.61 
 
 
145 aa  97.4  5e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00508391  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2151  transporter  43.28 
 
 
132 aa  95.9  1e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.447191  normal  0.895246 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1125  DoxX family protein  41.54 
 
 
140 aa  95.1  3e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3775  putative inner membrane protein YphA  41.54 
 
 
140 aa  94.7  3e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3205  DoxX family protein  45.31 
 
 
137 aa  95.1  3e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1134  DoxX family protein  41.54 
 
 
140 aa  95.1  3e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2695  hypothetical protein  41.54 
 
 
155 aa  95.1  3e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2828  hypothetical protein  41.54 
 
 
140 aa  95.1  3e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2696  putative inner membrane protein YphA  41.54 
 
 
140 aa  94.7  3e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02435  predicted inner membrane protein  41.54 
 
 
164 aa  94.7  4e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02399  hypothetical protein  41.54 
 
 
164 aa  94.7  4e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3021  DoxX family protein  42.45 
 
 
133 aa  93.2  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.867125  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0701  DoxX family protein  44.03 
 
 
128 aa  92.8  1e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3474  DoxX family protein  48.06 
 
 
132 aa  91.7  3e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.418038 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3904  DoxX family protein  49.07 
 
 
136 aa  92  3e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.501063  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2902  DoxX family protein  46.83 
 
 
142 aa  91.3  4e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0568871  normal  0.227707 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5736  DoxX family protein  46.02 
 
 
145 aa  90.1  9e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.404376 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3420  putative inner membrane protein YqjF  43.08 
 
 
161 aa  89  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1542  DoxX  40.6 
 
 
129 aa  89  2e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.294668  normal  0.482647 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3493  hypothetical protein  43.08 
 
 
161 aa  89  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3527  hypothetical protein  43.08 
 
 
161 aa  89  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0510711 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3423  hypothetical protein  43.08 
 
 
161 aa  89.4  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.318649  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1283  DoxX family protein  40.37 
 
 
143 aa  89.4  2e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3555  DoxX family protein  44.62 
 
 
130 aa  88.6  2e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.453371 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1115  hypothetical protein  45.19 
 
 
131 aa  87.4  5e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.192831  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0480  DoxX family protein  45.19 
 
 
131 aa  87.4  5e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.111786  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0544  DoxX family protein  45.19 
 
 
131 aa  87.4  5e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5841  DoxX  43.93 
 
 
134 aa  87.4  6e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3348  DoxX  39.02 
 
 
146 aa  87.4  6e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0716703  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3399  putative inner membrane protein YqjF  43.08 
 
 
160 aa  86.7  9e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4416  putative inner membrane protein YqjF  43.08 
 
 
160 aa  86.7  9e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.260448 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4121  DoxX  42.59 
 
 
129 aa  86.3  1e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.575367  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0302  DoxX family protein  43.41 
 
 
136 aa  86.3  1e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0320339 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4661  DoxX family protein  43.12 
 
 
145 aa  86.3  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.526141  normal  0.512029 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02970  predicted quinol oxidase subunit  43.08 
 
 
130 aa  85.5  2e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0600  DoxX family protein  43.08 
 
 
130 aa  85.5  2e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02921  hypothetical protein  43.08 
 
 
130 aa  85.5  2e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0595  DoxX family protein  43.08 
 
 
130 aa  85.5  2e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3589  putative inner membrane protein YqjF  42.31 
 
 
161 aa  85.5  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.24023 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3289  putative inner membrane protein YqjF  43.08 
 
 
130 aa  85.5  2e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4935  DoxX family protein  40.6 
 
 
136 aa  84.3  4e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000319097 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4331  DoxX family protein  45.45 
 
 
131 aa  83.6  9e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.151422 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4441  DoxX family protein  39.37 
 
 
129 aa  82.8  0.000000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.147857  normal  0.924554 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2074  DoxD-like family protein  38.66 
 
 
145 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.480184  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0173  hypothetical protein  39.57 
 
 
133 aa  82  0.000000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00275718  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>