51 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1784 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013510  Tcur_0526  methane/phenol/toluene hydroxylase  63.14 
 
 		 502 aa  666    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3306  phenol hydrolase alpha subunit  67.06 
 
 		 537 aa  719    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4628  methane/phenol/toluene hydroxylase  67.52 
 
 		 514 aa  728    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.329377  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2282  phenol hydrolase alpha subunit  74.12 
 
 		 527 aa  803    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3360  methane/phenol/toluene hydroxylase  67.13 
 
 		 528 aa  731    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3113  methane/phenol/toluene hydroxylase  66.34 
 
 		 517 aa  735    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2793  methane/phenol/toluene hydroxylase  68.5 
 
 		 519 aa  738    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.368965 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0209  methane/phenol/toluene hydroxylase  67.06 
 
 		 514 aa  726    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08830  Phenol hydroxylase subunit P3  65.85 
 
 		 511 aa  707    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.29753  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3308  methane/phenol/toluene hydroxylase  68.02 
 
 		 504 aa  736    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.899627 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1784  methane/phenol/toluene hydroxylase  100 
 
 		 515 aa  1090    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1328  methane/phenol/toluene hydroxylase  66.01 
 
 		 519 aa  734    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30730  Multi-component phenol hydoxylase, alpha subunit; LapN  62.03 
 
 		 505 aa  659    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.689171  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2968  methane/phenol/toluene hydroxylase  68.37 
 
 		 516 aa  731    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0281333  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3552  methane/phenol/toluene hydroxylase  67.52 
 
 		 514 aa  728    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5683  methane/phenol/toluene hydroxylase:YHS  67.52 
 
 		 514 aa  729    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1702  methane/phenol/toluene hydroxylase:YHS  95.55 
 
 		 530 aa  1006    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.183205  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3794  methane/phenol/toluene hydroxylase:YHS  66.28 
 
 		 517 aa  723    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00765464  hitchhiker  0.00329078 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1598  toluene-4-monooxygenase system protein A  28.85 
 
 		 494 aa  171  4e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.542172  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0814  toluene monooxygenase alpha subunit  28.31 
 
 		 499 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1316  methane/phenol/toluene hydroxylase  27.27 
 
 		 500 aa  147  3e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.568204  normal  0.178506 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5679  methane/phenol/toluene hydroxylase:YHS  27.42 
 
 		 501 aa  143  6e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0211  methane/phenol/toluene hydroxylase  26.76 
 
 		 531 aa  140  4.999999999999999e-32  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.163709 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4857  methane/phenol/toluene hydroxylase  28.08 
 
 		 497 aa  140  7e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.082665  normal  0.0406532 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4807  methane monooxygenase  26.51 
 
 		 501 aa  140  7.999999999999999e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4632  methane/phenol/toluene hydroxylase  27.01 
 
 		 501 aa  139  1e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3556  methane/phenol/toluene hydroxylase  27.01 
 
 		 501 aa  139  1e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3820  methane/phenol/toluene hydroxylase:YHS  27.01 
 
 		 501 aa  137  4e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.898066  normal  0.0706856 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3630  putative methane/phenol/toluene monooxygenase (A subunit, Alpha chain)  26.32 
 
 		 556 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.349402 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0950  propane monoxygenase hydroxylase large subunit  24.89 
 
 		 555 aa  110  8.000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1508  methane monooxygenase  27 
 
 		 555 aa  107  4e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.360755 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2792  putative monooxygenase alpha subunit  27.2 
 
 		 560 aa  107  4e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1381  methane monooxygenase  27.44 
 
 		 555 aa  107  6e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4411  methane monooxygenase  26.11 
 
 		 556 aa  107  6e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.482278 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1651  Methane monooxygenase  28.71 
 
 		 552 aa  102  1e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.644066 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3397  methane monooxygenase  27 
 
 		 552 aa  101  3e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.163635 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2520  methane monooxygenase  23.06 
 
 		 549 aa  95.5  2e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1194  methane monooxygenase, A subunit, alpha chain  22.91 
 
 		 527 aa  92.8  1e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.549578  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1262  Methane monooxygenase  23.47 
 
 		 526 aa  91.3  4e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3551  methane/phenol/toluene hydroxylase  22.62 
 
 		 545 aa  89  2e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2196  YHS domain protein  29.6 
 
 		 310 aa  81.3  0.00000000000004  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0620223  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0546  YHS domain-containing protein  30.1 
 
 		 310 aa  79.3  0.0000000000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.783606 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0548  methane/phenol/toluene hydroxylase  27.63 
 
 		 263 aa  72.8  0.00000000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.01532  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4636  methane/phenol/toluene hydroxylase  22.13 
 
 		 329 aa  47.8  0.0005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3560  methane/phenol/toluene hydroxylase  22.13 
 
 		 329 aa  47.8  0.0005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2539  toluene monooxygenase alpha subunit  38.46 
 
 		 130 aa  47.4  0.0007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.360599 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4809  methane monooxygenase  25 
 
 		 349 aa  45.8  0.002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3816  methane/phenol/toluene hydroxylase  21.63 
 
 		 328 aa  45.4  0.003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.126401  normal  0.061114 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7156  heavy metal translocating P-type ATPase  56.25 
 
 		 841 aa  45.1  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.802165 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2633  copper-translocating P-type ATPase  52.78 
 
 		 787 aa  44.3  0.005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0966887  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2554  heavy metal translocating P-type ATPase  56.67 
 
 		 786 aa  44.3  0.006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00876306 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>