45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3308 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008825  Mpe_A3306  phenol hydrolase alpha subunit  65.07 
 
 		 537 aa  689    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0526  methane/phenol/toluene hydroxylase  63.35 
 
 		 502 aa  654    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3552  methane/phenol/toluene hydroxylase  66.67 
 
 		 514 aa  714    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30730  Multi-component phenol hydoxylase, alpha subunit; LapN  63.97 
 
 		 505 aa  669    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.689171  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08830  Phenol hydroxylase subunit P3  83.07 
 
 		 511 aa  911    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.29753  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3113  methane/phenol/toluene hydroxylase  65.89 
 
 		 517 aa  734    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4628  methane/phenol/toluene hydroxylase  66.67 
 
 		 514 aa  714    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.329377  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3360  methane/phenol/toluene hydroxylase  66.67 
 
 		 528 aa  716    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3308  methane/phenol/toluene hydroxylase  100 
 
 		 504 aa  1063    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.899627 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2282  phenol hydrolase alpha subunit  65.03 
 
 		 527 aa  706    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2793  methane/phenol/toluene hydroxylase  65.63 
 
 		 519 aa  712    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.368965 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0209  methane/phenol/toluene hydroxylase  66.07 
 
 		 514 aa  714    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1784  methane/phenol/toluene hydroxylase  68.02 
 
 		 515 aa  735    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3794  methane/phenol/toluene hydroxylase:YHS  61.98 
 
 		 517 aa  672    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00765464  hitchhiker  0.00329078 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1702  methane/phenol/toluene hydroxylase:YHS  67.74 
 
 		 530 aa  735    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.183205  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5683  methane/phenol/toluene hydroxylase:YHS  66.07 
 
 		 514 aa  712    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2968  methane/phenol/toluene hydroxylase  66.87 
 
 		 516 aa  720    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0281333  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1328  methane/phenol/toluene hydroxylase  67.06 
 
 		 519 aa  736    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1598  toluene-4-monooxygenase system protein A  28.8 
 
 		 494 aa  168  2e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.542172  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4807  methane monooxygenase  28.81 
 
 		 501 aa  157  3e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0814  toluene monooxygenase alpha subunit  27.08 
 
 		 499 aa  150  4e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0211  methane/phenol/toluene hydroxylase  27.98 
 
 		 531 aa  149  1.0000000000000001e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.163709 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1316  methane/phenol/toluene hydroxylase  26.64 
 
 		 500 aa  142  9.999999999999999e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.568204  normal  0.178506 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4857  methane/phenol/toluene hydroxylase  28 
 
 		 497 aa  140  4.999999999999999e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.082665  normal  0.0406532 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3820  methane/phenol/toluene hydroxylase:YHS  25.88 
 
 		 501 aa  137  4e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.898066  normal  0.0706856 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5679  methane/phenol/toluene hydroxylase:YHS  25.46 
 
 		 501 aa  134  3.9999999999999996e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3556  methane/phenol/toluene hydroxylase  24.9 
 
 		 501 aa  127  4.0000000000000003e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4632  methane/phenol/toluene hydroxylase  24.9 
 
 		 501 aa  127  4.0000000000000003e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3630  putative methane/phenol/toluene monooxygenase (A subunit, Alpha chain)  26.47 
 
 		 556 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.349402 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1508  methane monooxygenase  26.94 
 
 		 555 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.360755 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2792  putative monooxygenase alpha subunit  26.94 
 
 		 560 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3397  methane monooxygenase  29.19 
 
 		 552 aa  119  9.999999999999999e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.163635 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1381  methane monooxygenase  26.98 
 
 		 555 aa  111  4.0000000000000004e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1651  Methane monooxygenase  28.57 
 
 		 552 aa  110  6e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.644066 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4411  methane monooxygenase  25.62 
 
 		 556 aa  110  8.000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.482278 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0950  propane monoxygenase hydroxylase large subunit  24.83 
 
 		 555 aa  108  3e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2520  methane monooxygenase  24.83 
 
 		 549 aa  103  5e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3551  methane/phenol/toluene hydroxylase  23.56 
 
 		 545 aa  96.3  1e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0548  methane/phenol/toluene hydroxylase  29.96 
 
 		 263 aa  93.6  7e-18  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.01532  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1194  methane monooxygenase, A subunit, alpha chain  23.7 
 
 		 527 aa  88.6  2e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.549578  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1262  Methane monooxygenase  22.51 
 
 		 526 aa  88.2  3e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0546  YHS domain-containing protein  33.5 
 
 		 310 aa  79  0.0000000000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.783606 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2196  YHS domain protein  28.29 
 
 		 310 aa  69.7  0.0000000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0620223  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4809  methane monooxygenase  24.51 
 
 		 349 aa  48.5  0.0003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7156  heavy metal translocating P-type ATPase  51.28 
 
 		 841 aa  43.5  0.008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.802165 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>