46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1328 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007511  Bcep18194_B2968  methane/phenol/toluene hydroxylase  81.68 
 
 		 516 aa  917    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0281333  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0209  methane/phenol/toluene hydroxylase  84.6 
 
 		 514 aa  945    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2793  methane/phenol/toluene hydroxylase  83.43 
 
 		 519 aa  943    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.368965 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1784  methane/phenol/toluene hydroxylase  66.4 
 
 		 515 aa  732    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1328  methane/phenol/toluene hydroxylase  100 
 
 		 519 aa  1097    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2282  phenol hydrolase alpha subunit  66.41 
 
 		 527 aa  733    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3306  phenol hydrolase alpha subunit  63.65 
 
 		 537 aa  704    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3308  methane/phenol/toluene hydroxylase  67.06 
 
 		 504 aa  736    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.899627 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3360  methane/phenol/toluene hydroxylase  85.55 
 
 		 528 aa  963    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4628  methane/phenol/toluene hydroxylase  84.77 
 
 		 514 aa  941    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.329377  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5683  methane/phenol/toluene hydroxylase:YHS  83.4 
 
 		 514 aa  931    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3113  methane/phenol/toluene hydroxylase  72.87 
 
 		 517 aa  830    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1702  methane/phenol/toluene hydroxylase:YHS  67.72 
 
 		 530 aa  741    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.183205  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08830  Phenol hydroxylase subunit P3  60.83 
 
 		 511 aa  691    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.29753  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30730  Multi-component phenol hydoxylase, alpha subunit; LapN  62.04 
 
 		 505 aa  690    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.689171  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3794  methane/phenol/toluene hydroxylase:YHS  66.67 
 
 		 517 aa  746    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00765464  hitchhiker  0.00329078 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3552  methane/phenol/toluene hydroxylase  84.77 
 
 		 514 aa  941    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0526  methane/phenol/toluene hydroxylase  59.6 
 
 		 502 aa  632  1e-180  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1598  toluene-4-monooxygenase system protein A  26.96 
 
 		 494 aa  150  7e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.542172  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0814  toluene monooxygenase alpha subunit  27.52 
 
 		 499 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1316  methane/phenol/toluene hydroxylase  26.62 
 
 		 500 aa  142  1.9999999999999998e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.568204  normal  0.178506 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0211  methane/phenol/toluene hydroxylase  26.3 
 
 		 531 aa  137  4e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.163709 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4857  methane/phenol/toluene hydroxylase  26.27 
 
 		 497 aa  136  9.999999999999999e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.082665  normal  0.0406532 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4807  methane monooxygenase  26.57 
 
 		 501 aa  134  3.9999999999999996e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3820  methane/phenol/toluene hydroxylase:YHS  25.62 
 
 		 501 aa  129  2.0000000000000002e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.898066  normal  0.0706856 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3556  methane/phenol/toluene hydroxylase  25 
 
 		 501 aa  123  7e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4632  methane/phenol/toluene hydroxylase  25 
 
 		 501 aa  123  7e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3630  putative methane/phenol/toluene monooxygenase (A subunit, Alpha chain)  27.25 
 
 		 556 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.349402 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0950  propane monoxygenase hydroxylase large subunit  26.35 
 
 		 555 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5679  methane/phenol/toluene hydroxylase:YHS  24.54 
 
 		 501 aa  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4411  methane monooxygenase  26.7 
 
 		 556 aa  116  1.0000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.482278 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1381  methane monooxygenase  27.06 
 
 		 555 aa  112  2.0000000000000002e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1508  methane monooxygenase  25.55 
 
 		 555 aa  109  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.360755 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2792  putative monooxygenase alpha subunit  25.6 
 
 		 560 aa  109  1e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3397  methane monooxygenase  26.94 
 
 		 552 aa  102  1e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.163635 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1651  Methane monooxygenase  27.98 
 
 		 552 aa  97.4  6e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.644066 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0546  YHS domain-containing protein  34.52 
 
 		 310 aa  91.7  3e-17  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.783606 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3551  methane/phenol/toluene hydroxylase  24.4 
 
 		 545 aa  88.6  3e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2520  methane monooxygenase  24.43 
 
 		 549 aa  84.3  0.000000000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2196  YHS domain protein  28.46 
 
 		 310 aa  84  0.000000000000006  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0620223  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1194  methane monooxygenase, A subunit, alpha chain  22.06 
 
 		 527 aa  81.6  0.00000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.549578  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0548  methane/phenol/toluene hydroxylase  28.34 
 
 		 263 aa  76.6  0.000000000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.01532  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1262  Methane monooxygenase  21.18 
 
 		 526 aa  75.1  0.000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4809  methane monooxygenase  21.98 
 
 		 349 aa  44.3  0.005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3816  methane/phenol/toluene hydroxylase  23.55 
 
 		 328 aa  43.9  0.007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.126401  normal  0.061114 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0215  methane/phenol/toluene hydroxylase  20.77 
 
 		 341 aa  43.9  0.007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.248758 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>