45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3552 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007511  Bcep18194_B2968  methane/phenol/toluene hydroxylase  82.3 
 
 
516 aa  913    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0281333  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0209  methane/phenol/toluene hydroxylase  90.45 
 
 
514 aa  993    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2793  methane/phenol/toluene hydroxylase  89.06 
 
 
519 aa  976    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.368965 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1784  methane/phenol/toluene hydroxylase  67.79 
 
 
515 aa  726    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1328  methane/phenol/toluene hydroxylase  84.77 
 
 
519 aa  941    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2282  phenol hydrolase alpha subunit  71.74 
 
 
527 aa  774    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3306  phenol hydrolase alpha subunit  65.37 
 
 
537 aa  713    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3308  methane/phenol/toluene hydroxylase  66.67 
 
 
504 aa  714    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.899627 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3360  methane/phenol/toluene hydroxylase  89.28 
 
 
528 aa  979    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4628  methane/phenol/toluene hydroxylase  100 
 
 
514 aa  1085    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.329377  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5683  methane/phenol/toluene hydroxylase:YHS  94.55 
 
 
514 aa  1038    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3113  methane/phenol/toluene hydroxylase  73.93 
 
 
517 aa  832    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1702  methane/phenol/toluene hydroxylase:YHS  68.11 
 
 
530 aa  731    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.183205  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08830  Phenol hydroxylase subunit P3  61.81 
 
 
511 aa  680    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.29753  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30730  Multi-component phenol hydoxylase, alpha subunit; LapN  60.51 
 
 
505 aa  661    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.689171  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3794  methane/phenol/toluene hydroxylase:YHS  68.09 
 
 
517 aa  755    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00765464  hitchhiker  0.00329078 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3552  methane/phenol/toluene hydroxylase  100 
 
 
514 aa  1085    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0526  methane/phenol/toluene hydroxylase  60.24 
 
 
502 aa  617  1e-175  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1598  toluene-4-monooxygenase system protein A  27.46 
 
 
494 aa  147  5e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.542172  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1316  methane/phenol/toluene hydroxylase  25.92 
 
 
500 aa  131  3e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.568204  normal  0.178506 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0814  toluene monooxygenase alpha subunit  27.72 
 
 
499 aa  130  5.0000000000000004e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4807  methane monooxygenase  26.6 
 
 
501 aa  129  1.0000000000000001e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4857  methane/phenol/toluene hydroxylase  26.2 
 
 
497 aa  125  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.082665  normal  0.0406532 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0211  methane/phenol/toluene hydroxylase  25.48 
 
 
531 aa  118  1.9999999999999998e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.163709 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3820  methane/phenol/toluene hydroxylase:YHS  25.27 
 
 
501 aa  117  3.9999999999999997e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.898066  normal  0.0706856 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5679  methane/phenol/toluene hydroxylase:YHS  25 
 
 
501 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3630  putative methane/phenol/toluene monooxygenase (A subunit, Alpha chain)  26.98 
 
 
556 aa  113  9e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.349402 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3556  methane/phenol/toluene hydroxylase  24.15 
 
 
501 aa  110  5e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4632  methane/phenol/toluene hydroxylase  24.15 
 
 
501 aa  110  5e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0950  propane monoxygenase hydroxylase large subunit  26.02 
 
 
555 aa  108  2e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4411  methane monooxygenase  26.64 
 
 
556 aa  105  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.482278 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2792  putative monooxygenase alpha subunit  27.73 
 
 
560 aa  105  2e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1508  methane monooxygenase  27.73 
 
 
555 aa  105  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.360755 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1381  methane monooxygenase  27.73 
 
 
555 aa  104  4e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3397  methane monooxygenase  28.77 
 
 
552 aa  101  4e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.163635 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1651  Methane monooxygenase  28.77 
 
 
552 aa  97.4  5e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.644066 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1194  methane monooxygenase, A subunit, alpha chain  24.22 
 
 
527 aa  92.8  1e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.549578  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0546  YHS domain-containing protein  33.85 
 
 
310 aa  85.1  0.000000000000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.783606 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1262  Methane monooxygenase  22.35 
 
 
526 aa  81.6  0.00000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3551  methane/phenol/toluene hydroxylase  24.35 
 
 
545 aa  80.1  0.00000000000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2520  methane monooxygenase  25.18 
 
 
549 aa  79.3  0.0000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2196  YHS domain protein  28.7 
 
 
310 aa  76.3  0.000000000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0620223  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0548  methane/phenol/toluene hydroxylase  27.64 
 
 
263 aa  73.6  0.000000000009  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.01532  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3816  methane/phenol/toluene hydroxylase  21.21 
 
 
328 aa  45.1  0.003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.126401  normal  0.061114 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0215  methane/phenol/toluene hydroxylase  22 
 
 
341 aa  45.1  0.003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.248758 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>