41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2520 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009484  Acry_1381  methane monooxygenase  63.93 
 
 		 555 aa  728    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1508  methane monooxygenase  65.61 
 
 		 555 aa  744    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.360755 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3551  methane/phenol/toluene hydroxylase  88.29 
 
 		 545 aa  1007    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2792  putative monooxygenase alpha subunit  65.79 
 
 		 560 aa  746    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1651  Methane monooxygenase  61.8 
 
 		 552 aa  704    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.644066 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2520  methane monooxygenase  100 
 
 		 549 aa  1150    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3630  putative methane/phenol/toluene monooxygenase (A subunit, Alpha chain)  62.62 
 
 		 556 aa  721    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.349402 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0950  propane monoxygenase hydroxylase large subunit  63.18 
 
 		 555 aa  724    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3397  methane monooxygenase  63.48 
 
 		 552 aa  718    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.163635 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4411  methane monooxygenase  63.93 
 
 		 556 aa  737    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.482278 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4807  methane monooxygenase  39.11 
 
 		 501 aa  347  3e-94  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1194  methane monooxygenase, A subunit, alpha chain  30.04 
 
 		 527 aa  216  7e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.549578  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1262  Methane monooxygenase  29.91 
 
 		 526 aa  202  9.999999999999999e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5679  methane/phenol/toluene hydroxylase:YHS  28.72 
 
 		 501 aa  116  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4632  methane/phenol/toluene hydroxylase  27.93 
 
 		 501 aa  114  3e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0814  toluene monooxygenase alpha subunit  25.23 
 
 		 499 aa  114  3e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3556  methane/phenol/toluene hydroxylase  27.93 
 
 		 501 aa  114  3e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1316  methane/phenol/toluene hydroxylase  26.46 
 
 		 500 aa  114  4.0000000000000004e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.568204  normal  0.178506 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1598  toluene-4-monooxygenase system protein A  24.88 
 
 		 494 aa  105  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.542172  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3308  methane/phenol/toluene hydroxylase  24.83 
 
 		 504 aa  103  6e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.899627 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3820  methane/phenol/toluene hydroxylase:YHS  24.21 
 
 		 501 aa  101  3e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.898066  normal  0.0706856 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3113  methane/phenol/toluene hydroxylase  26.01 
 
 		 517 aa  99.4  1e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0526  methane/phenol/toluene hydroxylase  23.7 
 
 		 502 aa  99  2e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3306  phenol hydrolase alpha subunit  24.58 
 
 		 537 aa  98.6  3e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1702  methane/phenol/toluene hydroxylase:YHS  23.21 
 
 		 530 aa  96.3  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.183205  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30730  Multi-component phenol hydoxylase, alpha subunit; LapN  24.94 
 
 		 505 aa  95.5  2e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.689171  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1784  methane/phenol/toluene hydroxylase  23.06 
 
 		 515 aa  95.9  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0211  methane/phenol/toluene hydroxylase  23.93 
 
 		 531 aa  95.1  3e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.163709 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08830  Phenol hydroxylase subunit P3  23.14 
 
 		 511 aa  93.6  9e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.29753  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2282  phenol hydrolase alpha subunit  24.34 
 
 		 527 aa  92.8  1e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3794  methane/phenol/toluene hydroxylase:YHS  23.74 
 
 		 517 aa  92.8  1e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00765464  hitchhiker  0.00329078 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4857  methane/phenol/toluene hydroxylase  22.81 
 
 		 497 aa  92.8  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.082665  normal  0.0406532 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2968  methane/phenol/toluene hydroxylase  24.17 
 
 		 516 aa  90.5  7e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0281333  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0209  methane/phenol/toluene hydroxylase  25.28 
 
 		 514 aa  84.7  0.000000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1328  methane/phenol/toluene hydroxylase  24.43 
 
 		 519 aa  84.3  0.000000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2793  methane/phenol/toluene hydroxylase  24.22 
 
 		 519 aa  84  0.000000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.368965 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5683  methane/phenol/toluene hydroxylase:YHS  25.44 
 
 		 514 aa  84  0.000000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3360  methane/phenol/toluene hydroxylase  23.67 
 
 		 528 aa  82.8  0.00000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4628  methane/phenol/toluene hydroxylase  25.18 
 
 		 514 aa  79.3  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.329377  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3552  methane/phenol/toluene hydroxylase  25.18 
 
 		 514 aa  79.3  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0548  methane/phenol/toluene hydroxylase  27.85 
 
 		 263 aa  79  0.0000000000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.01532  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>