263 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3695 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008786  Veis_2163  glycine--tRNA ligase  68.53 
 
 		 718 aa  908    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.669407  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3380  glycine--tRNA ligase  64.87 
 
 		 705 aa  826    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0350484  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0524  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  51.84 
 
 		 697 aa  650    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0189981 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0716  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  53.63 
 
 		 699 aa  640    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0218  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  53.35 
 
 		 699 aa  637    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0415  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  52.67 
 
 		 697 aa  668    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.474954  normal  0.979484 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3535  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  64.22 
 
 		 712 aa  874    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.028288 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0507  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  53.96 
 
 		 710 aa  654    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.524717  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2347  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  63.76 
 
 		 701 aa  827    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.501634 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0544  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  66.89 
 
 		 720 aa  919    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0881  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  53.35 
 
 		 699 aa  637    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.59966  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2350  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  53.35 
 
 		 699 aa  637    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0550  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  57.87 
 
 		 739 aa  782    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4743  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  68.81 
 
 		 712 aa  922    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3695  glycine--tRNA ligase  100 
 
 		 744 aa  1489    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.641842  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0644  glycine--tRNA ligase  62.95 
 
 		 708 aa  842    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4202  glycine--tRNA ligase  67.55 
 
 		 731 aa  884    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4013  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  53.21 
 
 		 699 aa  636    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.454838  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0446  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  51.48 
 
 		 707 aa  650    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0400  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  52.95 
 
 		 697 aa  672    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.543468 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1289  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  66.76 
 
 		 704 aa  889    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.708462 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2430  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  53.35 
 
 		 699 aa  637    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.726931  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0686  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  53.97 
 
 		 699 aa  655    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.509477  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0215  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  65.61 
 
 		 713 aa  831    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.101783 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4177  glycine--tRNA ligase  68.41 
 
 		 708 aa  926    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.787875  normal  0.54331 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0444  glycine--tRNA ligase  74.8 
 
 		 711 aa  1027    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0906989  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0528  glycine--tRNA ligase  66.89 
 
 		 720 aa  901    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0942391 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2728  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  53.35 
 
 		 699 aa  637    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0701  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  53.21 
 
 		 699 aa  635  1e-180  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0584  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  53.21 
 
 		 699 aa  626  1e-178  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0405  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  52.8 
 
 		 699 aa  627  1e-178  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.721596  normal  0.352354 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2702  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  52.47 
 
 		 699 aa  623  1e-177  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0207133  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1864  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  49.06 
 
 		 712 aa  621  1e-176  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2090  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  52.33 
 
 		 699 aa  620  1e-176  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.339656  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2729  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  52.6 
 
 		 699 aa  610  1e-173  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1568  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  47.69 
 
 		 712 aa  608  9.999999999999999e-173  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.269615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0597  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  52.05 
 
 		 699 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6029  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  51.84 
 
 		 699 aa  601  1e-170  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.174982  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2619  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  51.43 
 
 		 699 aa  596  1e-169  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2754  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  51.43 
 
 		 699 aa  597  1e-169  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.200754  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0871  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  49.73 
 
 		 695 aa  555  1e-156  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.306102  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3255  Glycine--tRNA ligase  42.78 
 
 		 696 aa  495  9.999999999999999e-139  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3726  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  41.69 
 
 		 688 aa  494  9.999999999999999e-139  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0373  glycine--tRNA ligase  41.67 
 
 		 691 aa  488  1e-136  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.87078  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0076  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  41.9 
 
 		 684 aa  474  1e-132  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000133889  normal  0.112381 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0355  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  40.54 
 
 		 690 aa  474  1e-132  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0060  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  41.23 
 
 		 684 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  42.34 
 
 		 692 aa  472  1.0000000000000001e-131  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0555063  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  41.87 
 
 		 684 aa  470  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000238485  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.3 
 
 		 692 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4037  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  40.11 
 
 		 689 aa  466  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.414013 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3849  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  40.24 
 
 		 689 aa  466  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2210  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  40.21 
 
 		 697 aa  463  1e-129  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4934  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.7 
 
 		 689 aa  462  1e-129  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.711684 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3931  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  40.11 
 
 		 689 aa  465  1e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3868  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  40.24 
 
 		 689 aa  465  1e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0076  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  40.96 
 
 		 683 aa  464  1e-129  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.589695  hitchhiker  0.000000000290731 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4054  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.84 
 
 		 689 aa  462  1e-129  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3881  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.84 
 
 		 689 aa  464  1e-129  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3977  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  40.11 
 
 		 689 aa  465  1e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03410  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.7 
 
 		 689 aa  462  9.999999999999999e-129  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0152  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  39.7 
 
 		 689 aa  462  9.999999999999999e-129  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3966  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.7 
 
 		 689 aa  461  9.999999999999999e-129  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0013  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  41.26 
 
 		 684 aa  461  9.999999999999999e-129  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0163  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.7 
 
 		 689 aa  462  9.999999999999999e-129  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0156  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.7 
 
 		 689 aa  462  9.999999999999999e-129  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3761  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.7 
 
 		 689 aa  462  9.999999999999999e-129  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.677293  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0479  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.08 
 
 		 688 aa  461  9.999999999999999e-129  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03361  hypothetical protein  39.7 
 
 		 689 aa  462  9.999999999999999e-129  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.49 
 
 		 688 aa  456  1e-127  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4449  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.46 
 
 		 689 aa  457  1e-127  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0079  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  40.56 
 
 		 683 aa  459  1e-127  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.248487  decreased coverage  0.0000000000235888 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0011  glycine--tRNA ligase  40.3 
 
 		 693 aa  456  1e-127  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.466423 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0070  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.84 
 
 		 689 aa  456  1e-127  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.118047  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0038  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  40.25 
 
 		 693 aa  458  1e-127  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.903555  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4167  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.33 
 
 		 689 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00100  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  40.91 
 
 		 685 aa  456  1.0000000000000001e-126  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0185  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  40.32 
 
 		 684 aa  452  1e-125  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0011  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  40.19 
 
 		 684 aa  451  1e-125  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0023  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.87 
 
 		 689 aa  452  1e-125  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0061  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.57 
 
 		 689 aa  452  1e-125  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0012  glycine--tRNA ligase  40.08 
 
 		 690 aa  449  1e-125  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.948293  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3782  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.87 
 
 		 689 aa  452  1e-125  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00090  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  42.34 
 
 		 684 aa  451  1e-125  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4130  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.87 
 
 		 689 aa  452  1e-125  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0043  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.03 
 
 		 694 aa  447  1.0000000000000001e-124  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  42.34 
 
 		 685 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0012  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.62 
 
 		 689 aa  446  1e-123  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000111985 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.76 
 
 		 689 aa  443  1e-123  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.52 
 
 		 694 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2574  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  41.15 
 
 		 693 aa  436  1e-121  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00568144 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.49 
 
 		 689 aa  437  1e-121  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00736647 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2050  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  41.29 
 
 		 693 aa  435  1e-120  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.3 
 
 		 689 aa  435  1e-120  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.79 
 
 		 694 aa  431  1e-119  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.829353  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2055  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.6 
 
 		 697 aa  430  1e-119  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.35855  normal  0.503298 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0025  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.78 
 
 		 689 aa  431  1e-119  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0144037 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.57 
 
 		 689 aa  427  1e-118  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0014  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.34 
 
 		 689 aa  426  1e-118  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000639104 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0012  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.57 
 
 		 689 aa  426  1e-118  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000499537 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>