84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3429 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3429  thiamine biosynthesis protein ThiS  100 
 
 		 63 aa  131  3e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1957  thiamine biosynthesis protein ThiS  90.48 
 
 		 63 aa  124  6e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.27356  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4093  thiamine biosynthesis protein ThiS  84.13 
 
 		 65 aa  118  3e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00467775  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6223  thiamine biosynthesis protein ThiS  66.67 
 
 		 65 aa  100  7e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.392752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2165  thiamine biosynthesis protein ThiS  65.08 
 
 		 65 aa  90.5  7e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.433282  normal  0.219669 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2465  ThiS, thiamine-biosynthesis  58.73 
 
 		 65 aa  87.8  4e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.637315  normal  0.928732 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2892  thiamine biosynthesis protein ThiS  58.73 
 
 		 65 aa  87.8  5e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.502448  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2563  thiamine biosynthesis protein ThiS  44.44 
 
 		 65 aa  60.8  0.000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.183271  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1415  thiamine biosynthesis protein ThiS  44.26 
 
 		 65 aa  60.1  0.00000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5998  thiamine biosynthesis protein ThiS  47.83 
 
 		 81 aa  57  0.00000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.786244 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6397  sulfur carrier protein ThiS  44.44 
 
 		 65 aa  54.3  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2165  thiamine biosynthesis protein ThiS  40.98 
 
 		 65 aa  53.9  0.0000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.153528  normal  0.819045 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1153  thiamine biosynthesis protein ThiS  41.27 
 
 		 68 aa  53.1  0.000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0360  sulfur carrier protein ThiS  42.19 
 
 		 66 aa  52  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.18682  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4978  sulfur carrier protein ThiS  42.19 
 
 		 66 aa  51.6  0.000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4168  thiamine biosynthesis protein ThiS  42.19 
 
 		 66 aa  51.6  0.000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.852753  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2098  thiamine biosynthesis protein ThiS  43.28 
 
 		 76 aa  51.6  0.000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.219145  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0207  thiamine biosynthesis protein ThiS  34.92 
 
 		 65 aa  51.2  0.000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.549071  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5105  sulfur carrier protein ThiS  42.19 
 
 		 92 aa  50.8  0.000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.205609  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0146  thiamine biosynthesis protein ThiS  41.94 
 
 		 69 aa  50.4  0.000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1459  hypothetical protein  40.32 
 
 		 67 aa  50.4  0.000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7517  thiamine biosynthesis protein ThiS  44.12 
 
 		 70 aa  50.1  0.000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.12799  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3651  thiamine biosynthesis protein ThiS  42.86 
 
 		 64 aa  50.1  0.00001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5155  sulfur carrier protein ThiS  40.62 
 
 		 66 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.404683  normal  0.862246 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4172  sulfur carrier protein ThiS  38.1 
 
 		 65 aa  49.7  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.455905 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0988  thiamine biosynthesis protein ThiS  45.31 
 
 		 67 aa  49.7  0.00001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0800067  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1524  hypothetical protein  44 
 
 		 67 aa  50.1  0.00001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2782  putative thiamine biosynthesis protein ThiS  42.19 
 
 		 66 aa  50.1  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.408989  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0216  thiamine biosynthesis protein ThiS  34.92 
 
 		 65 aa  49.7  0.00001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1268  thiamine biosynthesis protein ThiS  43.75 
 
 		 67 aa  48.9  0.00002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0448831  hitchhiker  0.00213488 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0093  thiamine biosynthesis protein ThiS  45.45 
 
 		 66 aa  48.9  0.00002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.704796  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5919  sulfur carrier protein ThiS  42.86 
 
 		 65 aa  49.3  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.168418  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34640  sulfur carrier protein ThiS  43.75 
 
 		 64 aa  49.3  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0439272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2224  thiamine biosynthesis protein ThiS  43.08 
 
 		 69 aa  48.5  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.179012 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5331  sulfur carrier protein ThiS  39.06 
 
 		 71 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.883696  normal  0.241111 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0010  thiamine biosynthesis protein ThiS  39.68 
 
 		 65 aa  48.1  0.00004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.209764 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0913  thiamine biosynthesis protein ThiS  42.86 
 
 		 64 aa  48.1  0.00004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.817144  normal  0.282947 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0913  thiamine biosynthesis protein ThiS  42.86 
 
 		 64 aa  47.8  0.00005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.133934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3887  thiamine biosynthesis protein ThiS  40.62 
 
 		 66 aa  47.8  0.00005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2458  thiamine biosynthesis protein ThiS  39.06 
 
 		 66 aa  47.4  0.00007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0774  thiamine biosynthesis protein ThiS  39.06 
 
 		 68 aa  47  0.00008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.176558 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2567  thiamine biosynthesis protein ThiS  40.62 
 
 		 66 aa  46.2  0.0001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.823918  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6770  thiamine biosynthesis protein ThiS  41.18 
 
 		 70 aa  46.6  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2933  ThiS, thiamine-biosynthesis  36.51 
 
 		 98 aa  46.2  0.0001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0004662  hitchhiker  3.85019e-16 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2501  thiamine biosynthesis protein ThiS  42.11 
 
 		 78 aa  46.6  0.0001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000495099 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3034  thiamine biosynthesis protein ThiS  35.94 
 
 		 66 aa  46.6  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00295138  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3147  thiamine biosynthesis protein ThiS  39.06 
 
 		 66 aa  47  0.0001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.054012  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0035  thiamine biosynthesis protein ThiS  34.38 
 
 		 73 aa  46.2  0.0002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4741  sulfur carrier protein ThiS  37.5 
 
 		 66 aa  46.2  0.0002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.243463 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3504  thiamine biosynthesis protein ThiS  37.1 
 
 		 66 aa  45.4  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.169395  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3474  thiamine biosynthesis protein ThiS  37.5 
 
 		 66 aa  45.1  0.0003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0252712  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1339  thiamine biosynthesis protein ThiS  37.5 
 
 		 66 aa  45.1  0.0003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0038066 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0433  thiamine biosynthesis protein ThiS  35.94 
 
 		 66 aa  44.7  0.0004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1915  thiamine biosynthesis protein ThiS  35.94 
 
 		 66 aa  44.7  0.0004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3117  thiamine biosynthesis protein ThiS  41.18 
 
 		 68 aa  44.7  0.0004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.295456  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1262  thiamine biosynthesis protein ThiS  32.31 
 
 		 67 aa  44.3  0.0006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4278  thiamine biosynthesis protein ThiS  39.06 
 
 		 66 aa  44.3  0.0006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0658142  hitchhiker  0.00347473 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0479  sulfur carrier protein ThiS  39.06 
 
 		 66 aa  44.3  0.0006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.738565  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04970  sulfur carrier protein ThiS  39.06 
 
 		 66 aa  43.9  0.0007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0963  thiamine biosynthesis protein ThiS  44.78 
 
 		 68 aa  43.5  0.0009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0578  thiamine biosynthesis protein ThiS  38.24 
 
 		 70 aa  43.1  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1317  thiamine biosynthesis protein ThiS  35.94 
 
 		 66 aa  43.1  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6572  thiamine biosynthesis protein ThiS  32.31 
 
 		 69 aa  42.7  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.922176  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0589  hypothetical protein  31.75 
 
 		 65 aa  43.5  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.519327  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0021  thiamine biosynthesis protein ThiS  35.94 
 
 		 69 aa  43.1  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.71048  normal  0.598538 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02970  thiamine biosynthesis protein ThiS  35.94 
 
 		 66 aa  42.7  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1043  ThiS, thiamine-biosynthesis  38.71 
 
 		 66 aa  43.1  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3862  ThiS, thiamine-biosynthesis  37.5 
 
 		 67 aa  42.7  0.002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0818304  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2638  thiamine biosynthesis protein ThiS  38.46 
 
 		 68 aa  42.7  0.002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2780  thiamine biosynthesis protein ThiS  38.16 
 
 		 78 aa  42.7  0.002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0685562  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0709  sulfur carrier protein ThiS  39.06 
 
 		 65 aa  42.7  0.002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.367637  normal  0.0347852 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3289  thiamine biosynthesis protein ThiS  37.5 
 
 		 66 aa  42.4  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.425824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0040  thiamine biosynthesis protein ThiS  33.33 
 
 		 65 aa  42.7  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.12194  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0035  thiamine biosynthesis protein ThiS  37.1 
 
 		 66 aa  42  0.003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.91579  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0615  thiamine biosynthesis protein ThiS  39.71 
 
 		 70 aa  41.6  0.003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.920589  normal  0.197497 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0877  thiamine biosynthesis protein ThiS  31.75 
 
 		 65 aa  42  0.003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0304024  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1604  thiamine biosynthesis protein ThiS  37.31 
 
 		 68 aa  41.2  0.004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.36595  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1455  hypothetical protein  35.94 
 
 		 75 aa  41.2  0.005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.282408  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3235  thiamine biosynthesis protein ThiS  35.94 
 
 		 66 aa  41.2  0.005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.320513  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3658  thiamine biosynthesis protein ThiS  31.75 
 
 		 67 aa  40.4  0.008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0558  sulfur carrier protein ThiS  39.22 
 
 		 65 aa  40.4  0.009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.577012 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0546  sulfur carrier protein ThiS  39.22 
 
 		 65 aa  40.4  0.009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.639054  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4884  thiamine biosynthesis protein ThiS  41.94 
 
 		 66 aa  40  0.01  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0536  sulfur carrier protein ThiS  39.22 
 
 		 65 aa  40  0.01  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.355428  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>