57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0024 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_0157  heparinase II/III-like  75.34 
 
 
584 aa  873    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.901723  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0030  Heparinase II/III family protein  77.57 
 
 
584 aa  932    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0085  heparinase II/III-like  77.23 
 
 
584 aa  910    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.265496  normal  0.158685 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0324  hypothetical protein  77.41 
 
 
571 aa  926    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.674427  normal  0.116041 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0024  heparinase II/III-like  100 
 
 
592 aa  1199    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0718  heparinase II/III-like  76.71 
 
 
628 aa  937    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.79901 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0196  heparinase II/III-like  77.91 
 
 
584 aa  920    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.9561  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0039  heparinase II/III family protein  50.7 
 
 
614 aa  550  1e-155  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.644544  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1423  Heparinase II/III family protein  49.62 
 
 
569 aa  450  1e-125  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.332975 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5221  Heparinase II/III family protein  46.85 
 
 
573 aa  440  9.999999999999999e-123  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.452357  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2070  heparinase II/III family protein  49.06 
 
 
581 aa  431  1e-119  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3419  heparinase II/III-like  45.27 
 
 
568 aa  421  1e-116  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.784393  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2964  heparinase II/III family protein  45.45 
 
 
573 aa  418  9.999999999999999e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.534511  normal  0.040363 
 
 
-
 
NC_004310  BR1815  hypothetical protein  44.28 
 
 
543 aa  400  9.999999999999999e-111  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.277258  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1088  heparinase II/III family protein  44.65 
 
 
580 aa  401  9.999999999999999e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1748  hypothetical protein  44.28 
 
 
617 aa  399  9.999999999999999e-111  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.560293  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2499  Heparinase II/III family protein  44.7 
 
 
570 aa  392  1e-108  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.307447  normal  0.508108 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2790  Heparinase II/III family protein  46.28 
 
 
570 aa  395  1e-108  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2567  heparinase II/III family protein  46.28 
 
 
570 aa  394  1e-108  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.974647  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5592  heparinase II/III family protein  43.77 
 
 
582 aa  382  1e-105  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.658626  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3190  heparinase II/III family protein  42.11 
 
 
568 aa  376  1e-103  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1321  heparinase II/III family protein  38.98 
 
 
629 aa  367  1e-100  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.213971  hitchhiker  0.0000000859361 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4294  hypothetical protein  40.8 
 
 
518 aa  367  1e-100  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.166644  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0073  heparinase II/III-like family protein  36.73 
 
 
569 aa  337  5e-91  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.000000000168541  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4241  Heparinase II/III family protein  39.54 
 
 
548 aa  327  3e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.222931 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3916  Heparinase II/III family protein  39.35 
 
 
548 aa  324  3e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.729618  normal  0.655355 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2926  heparinase II/III family protein  35.56 
 
 
610 aa  293  9e-78  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0023  heparinase II/III family protein  33.71 
 
 
524 aa  259  6e-68  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0625  Heparinase II/III family protein  35.64 
 
 
597 aa  258  3e-67  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.27993 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4041  heparinase II/III-like  31.26 
 
 
584 aa  221  1.9999999999999999e-56  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0090  heparinase II/III-like  29.87 
 
 
581 aa  210  6e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.379483  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3032  heparinase II/III family protein  29.83 
 
 
572 aa  201  3.9999999999999996e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.310136 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3127  heparinase II/III-like protein  30.58 
 
 
592 aa  191  2e-47  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2927  heparinase II/III family protein  30.45 
 
 
565 aa  174  5e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.298148  normal  0.0379947 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0105  heparinase II/III-like  29.86 
 
 
628 aa  162  2e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1942  heparinase II/III family protein  28.66 
 
 
575 aa  162  2e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2764  heparinase II/III family protein  30.05 
 
 
567 aa  160  8e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4781  heparinase II/III family protein  28.65 
 
 
596 aa  158  2e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.997993 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1101  hypothetical protein  30.19 
 
 
567 aa  157  7e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2719  heparinase II/III family protein  28.74 
 
 
549 aa  132  2.0000000000000002e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.451444  normal  0.809272 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1501  heparinase II/III-like  26.5 
 
 
561 aa  94  6e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23430  putative heparinase  26.86 
 
 
550 aa  84.3  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000712421  hitchhiker  0.00765921 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0809  heparinase II/III family protein  27.19 
 
 
547 aa  84  0.000000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0392  Heparinase II/III family protein  26.56 
 
 
557 aa  82.4  0.00000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.276932  normal  0.686057 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2158  heparinase II/III family protein  26.18 
 
 
587 aa  79.3  0.0000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3884  heparinase II/III family protein  27.5 
 
 
617 aa  73.2  0.00000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00700  hypothetical protein  22.29 
 
 
541 aa  70.9  0.00000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1686  heparinase II/III family protein  25.3 
 
 
594 aa  70.9  0.00000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0083  Heparinase II/III family protein  20.38 
 
 
603 aa  68.2  0.0000000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.137335 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3329  heparinase II/III family protein  24.36 
 
 
528 aa  63.9  0.000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1300  heparinase II/III-like  24.82 
 
 
680 aa  63.2  0.00000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08631  hypothetical protein  21.1 
 
 
600 aa  59.7  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.143582  hitchhiker  0.00000750178 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4954  hypothetical protein  19.22 
 
 
651 aa  52.8  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000012677  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3793  heparinase II/III-like  30.46 
 
 
627 aa  52  0.00003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1385  Heparinase II/III family protein  31.36 
 
 
702 aa  49.3  0.0002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.16373  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1481  Heparinase II/III family protein  31.36 
 
 
702 aa  49.7  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.608961  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2473  heparinase II/III-like  30.36 
 
 
702 aa  48.9  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.21542  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>