82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4180 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1238  putative lipoprotein  97.32 
 
 		 373 aa  738    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.906689 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1268  hypothetical protein  98.39 
 
 		 373 aa  746    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.566697 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4180  lipoprotein  100 
 
 		 373 aa  755    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3974  lipoprotein  94.37 
 
 		 372 aa  710    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1372  putative lipoprotein  77.75 
 
 		 371 aa  593  1e-168  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.176077  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1549  putative lipoprotein  77.27 
 
 		 372 aa  588  1e-167  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.428781  normal  0.0328405 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3952  lipoprotein, putative  75.94 
 
 		 372 aa  580  1e-164  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0490104  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1664  hypothetical protein  71.81 
 
 		 373 aa  530  1e-149  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35330  lipoprotein  62.4 
 
 		 370 aa  455  1e-127  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51260  hypothetical protein  62.89 
 
 		 396 aa  433  1e-120  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000265963 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4386  hypothetical protein  62.63 
 
 		 396 aa  434  1e-120  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2621  hypothetical protein  28.99 
 
 		 395 aa  113  6e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.493949  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3433  NlpBDapX family lipoprotein  27.62 
 
 		 364 aa  112  8.000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0988  NlpBDapX family lipoprotein  29.28 
 
 		 398 aa  108  2e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.359862  normal  0.208847 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1146  hypothetical protein  29.28 
 
 		 398 aa  107  2e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0438045  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1084  NlpBDapX family lipoprotein  28.62 
 
 		 398 aa  106  5e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.170875  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0842  uncharacterized lipoprotein  25.72 
 
 		 412 aa  102  1e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00443208  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0986  uncharacterized lipoprotein  25.72 
 
 		 412 aa  102  1e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00100518  normal  0.616376 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0847  NlpBDapX lipoprotein  26.29 
 
 		 374 aa  98.6  1e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00165438 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1539  NlpBDapX lipoprotein  25.96 
 
 		 374 aa  96.7  6e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591947  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3006  putative lipoprotein  26.93 
 
 		 381 aa  95.5  1e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.169613  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2564  putative transmembrane protein  25 
 
 		 389 aa  94.7  2e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.178184  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3171  NlpBDapX lipoprotein  25.97 
 
 		 383 aa  93.6  5e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0338919  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5090  NlpB/DapX family lipoprotein  26.17 
 
 		 385 aa  92.4  1e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.010697 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0990  NlpBDapX family lipoprotein  23.91 
 
 		 382 aa  90.5  4e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.000475285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1201  NlpB/DapX family lipoprotein  23.85 
 
 		 365 aa  90.1  6e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1195  NlpB/DapX family lipoprotein  25.66 
 
 		 386 aa  88.6  2e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.621133 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1336  NlpB/DapX family lipoprotein  25.62 
 
 		 364 aa  88.6  2e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.970964  normal  0.901337 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2815  hypothetical protein  28.23 
 
 		 316 aa  87.4  3e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.130098  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0848  NlpB/DapX family lipoprotein  24.62 
 
 		 381 aa  87  4e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.733963  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1690  hypothetical protein  25.98 
 
 		 364 aa  87  5e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0923  NlpBDapX family lipoprotein  25.66 
 
 		 362 aa  85.1  0.000000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2641  NlpB/DapX family lipoprotein  27.45 
 
 		 398 aa  85.1  0.000000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1009  NlpB/DapX family lipoprotein  25.23 
 
 		 380 aa  85.1  0.000000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2096  NlpBDapX lipoprotein  24.79 
 
 		 359 aa  82.8  0.000000000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0054161  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1099  uncharacterized lipoprotein  24.93 
 
 		 367 aa  82.8  0.00000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.822383  normal  0.47194 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0409  putative lipoprotein  25.38 
 
 		 388 aa  80.5  0.00000000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.961142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2131  NlpB/DapX family lipoprotein  24.01 
 
 		 380 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.598239  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2004  NlpB/DapX family lipoprotein  24.01 
 
 		 380 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.547215  decreased coverage  0.00000000202263 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0828  NlpB/DapX family lipoprotein  24.81 
 
 		 379 aa  77.4  0.0000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1180  uncharacterized lipoprotein  23.56 
 
 		 381 aa  76.3  0.0000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.420715  hitchhiker  0.0000123532 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2475  NlpBDapX lipoprotein  26.95 
 
 		 346 aa  75.9  0.000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5400  uncharacterized lipoprotein  24.01 
 
 		 381 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00915986  normal  0.289961 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5983  uncharacterized lipoprotein  23.21 
 
 		 381 aa  73.6  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.234515  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2094  uncharacterized lipoprotein  23.21 
 
 		 381 aa  73.6  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.535353  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2112  uncharacterized lipoprotein  23.21 
 
 		 381 aa  73.6  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.267901  hitchhiker  0.00841368 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2578  putative lipoprotein  25.23 
 
 		 401 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0891208  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1069  hypothetical protein  22.14 
 
 		 413 aa  72.8  0.000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.700306 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1105  transmembrane protein  24.44 
 
 		 411 aa  70.9  0.00000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2547  putative lipoprotein  23.71 
 
 		 379 aa  69.7  0.00000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00204284  normal  0.0198608 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1726  putative lipoprotein  23.8 
 
 		 408 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2523  NlpB/DapX lipoprotein  24.66 
 
 		 338 aa  69.3  0.0000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1770  uncharacterized lipoprotein-like protein  24.22 
 
 		 401 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.402849  normal  0.123085 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1426  putative lipoprotein  23.33 
 
 		 382 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.600004  normal  0.242531 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1905  hypothetical protein  24.25 
 
 		 401 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1524  putative lipoprotein  24.25 
 
 		 408 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.254018  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1080  putative lipoprotein  24.25 
 
 		 410 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0190  putative lipoprotein  24.25 
 
 		 408 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.225592  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0976  putative lipoprotein  24.25 
 
 		 408 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1749  putative lipoprotein  24.25 
 
 		 408 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1907  putative lipoprotein  24.42 
 
 		 418 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1586  putative lipoprotein  23.43 
 
 		 379 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.498001 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2564  putative lipoprotein  23.88 
 
 		 380 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.601002  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2697  putative lipoprotein  23.61 
 
 		 418 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2618  putative lipoprotein  23.88 
 
 		 380 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1677  putative lipoprotein  23.88 
 
 		 380 aa  63.5  0.000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.466833  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3138  putative lipoprotein  23.88 
 
 		 380 aa  63.5  0.000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1452  putative lipoprotein  23.88 
 
 		 380 aa  63.5  0.000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.477634  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2179  putative lipoprotein  23.88 
 
 		 380 aa  63.5  0.000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0381414  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2676  putative exported lipoprotein  24.17 
 
 		 409 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.439615  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1004  uncharacterized lipoprotein-like  22.94 
 
 		 402 aa  57  0.0000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.460446  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1486  uncharacterized lipoprotein-like protein  22.94 
 
 		 402 aa  57  0.0000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.749081  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1462  uncharacterized lipoprotein-like protein  22.94 
 
 		 402 aa  57  0.0000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0679  lipoprotein  25.39 
 
 		 375 aa  52.4  0.00001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.826541  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4626  uncharacterized lipoprotein-like  27.43 
 
 		 403 aa  48.9  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0448187  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1523  putative exported lipoprotein  29.2 
 
 		 410 aa  48.5  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.62403  normal  0.196689 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2197  hypothetical protein  28.12 
 
 		 199 aa  48.1  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.169608  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1305  hypothetical membrane spanning protein  26.87 
 
 		 197 aa  47.8  0.0003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.176822  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1409  uncharacterized lipoprotein-like protein  27.83 
 
 		 402 aa  47.4  0.0004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1369  uncharacterized lipoprotein-like protein  26.55 
 
 		 402 aa  47.4  0.0005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1364  putative lipoprotein  26.87 
 
 		 197 aa  46.2  0.0008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0274081  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1444  putative exported lipoprotein  27.19 
 
 		 411 aa  45.4  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0210161  normal  0.0324872 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>