101 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_0988 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1146  hypothetical protein  94.72 
 
 		 398 aa  743    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0438045  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0988  NlpBDapX family lipoprotein  100 
 
 		 398 aa  810    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.359862  normal  0.208847 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1084  NlpBDapX family lipoprotein  99.25 
 
 		 398 aa  807    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.170875  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1105  transmembrane protein  60 
 
 		 411 aa  470  1.0000000000000001e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1069  hypothetical protein  58.67 
 
 		 413 aa  467  9.999999999999999e-131  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.700306 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3171  NlpBDapX lipoprotein  46.58 
 
 		 383 aa  348  1e-94  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0338919  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1539  NlpBDapX lipoprotein  48.6 
 
 		 374 aa  347  2e-94  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591947  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5090  NlpB/DapX family lipoprotein  47.79 
 
 		 385 aa  347  3e-94  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.010697 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2564  putative transmembrane protein  48.72 
 
 		 389 aa  337  2.9999999999999997e-91  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.178184  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3006  putative lipoprotein  50.66 
 
 		 381 aa  335  5.999999999999999e-91  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.169613  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1336  NlpB/DapX family lipoprotein  49.6 
 
 		 364 aa  334  2e-90  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.970964  normal  0.901337 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1099  uncharacterized lipoprotein  49.62 
 
 		 367 aa  332  7.000000000000001e-90  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.822383  normal  0.47194 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3433  NlpBDapX family lipoprotein  48.17 
 
 		 364 aa  330  2e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1009  NlpB/DapX family lipoprotein  47.94 
 
 		 380 aa  327  2.0000000000000001e-88  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0923  NlpBDapX family lipoprotein  48.05 
 
 		 362 aa  327  2.0000000000000001e-88  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0990  NlpBDapX family lipoprotein  45.7 
 
 		 382 aa  326  6e-88  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.000475285  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2096  NlpBDapX lipoprotein  48.37 
 
 		 359 aa  323  4e-87  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0054161  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0848  NlpB/DapX family lipoprotein  46.34 
 
 		 381 aa  321  1.9999999999999998e-86  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.733963  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1195  NlpB/DapX family lipoprotein  46.28 
 
 		 386 aa  315  9e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.621133 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0847  NlpBDapX lipoprotein  49.3 
 
 		 374 aa  313  3.9999999999999997e-84  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00165438 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1201  NlpB/DapX family lipoprotein  45.97 
 
 		 365 aa  308  1.0000000000000001e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1426  putative lipoprotein  44.06 
 
 		 382 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.600004  normal  0.242531 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2547  putative lipoprotein  44 
 
 		 379 aa  289  7e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00204284  normal  0.0198608 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2641  NlpB/DapX family lipoprotein  45.74 
 
 		 398 aa  288  9e-77  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2131  NlpB/DapX family lipoprotein  42.25 
 
 		 380 aa  288  2e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.598239  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2004  NlpB/DapX family lipoprotein  42.25 
 
 		 380 aa  288  2e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.547215  decreased coverage  0.00000000202263 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5400  uncharacterized lipoprotein  42.39 
 
 		 381 aa  286  4e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00915986  normal  0.289961 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5983  uncharacterized lipoprotein  41.6 
 
 		 381 aa  286  5e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.234515  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2094  uncharacterized lipoprotein  41.6 
 
 		 381 aa  286  5e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.535353  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2112  uncharacterized lipoprotein  41.6 
 
 		 381 aa  286  5e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.267901  hitchhiker  0.00841368 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2564  putative lipoprotein  43.2 
 
 		 380 aa  285  8e-76  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.601002  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2618  putative lipoprotein  43.2 
 
 		 380 aa  285  8e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1677  putative lipoprotein  42.93 
 
 		 380 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.466833  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1586  putative lipoprotein  44.27 
 
 		 379 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.498001 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2179  putative lipoprotein  42.93 
 
 		 380 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0381414  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3138  putative lipoprotein  42.93 
 
 		 380 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1452  putative lipoprotein  42.93 
 
 		 380 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.477634  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2697  putative lipoprotein  43.2 
 
 		 418 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1907  putative lipoprotein  42.78 
 
 		 418 aa  281  1e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1180  uncharacterized lipoprotein  41.1 
 
 		 381 aa  281  2e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.420715  hitchhiker  0.0000123532 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1770  uncharacterized lipoprotein-like protein  41.04 
 
 		 401 aa  276  4e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.402849  normal  0.123085 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1004  uncharacterized lipoprotein-like  40.75 
 
 		 402 aa  271  1e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.460446  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1486  uncharacterized lipoprotein-like protein  40.75 
 
 		 402 aa  271  1e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.749081  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1462  uncharacterized lipoprotein-like protein  40.75 
 
 		 402 aa  271  1e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1409  uncharacterized lipoprotein-like protein  40.5 
 
 		 402 aa  266  5.999999999999999e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4626  uncharacterized lipoprotein-like  40.25 
 
 		 403 aa  264  2e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0448187  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1369  uncharacterized lipoprotein-like protein  40.5 
 
 		 402 aa  264  2e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1444  putative exported lipoprotein  39.58 
 
 		 411 aa  263  3e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0210161  normal  0.0324872 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2676  putative exported lipoprotein  39.48 
 
 		 409 aa  262  6.999999999999999e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.439615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1523  putative exported lipoprotein  39.28 
 
 		 410 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.62403  normal  0.196689 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1905  hypothetical protein  38.27 
 
 		 401 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1726  putative lipoprotein  38.27 
 
 		 408 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1749  putative lipoprotein  38.27 
 
 		 408 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1080  putative lipoprotein  37.53 
 
 		 410 aa  253  6e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1524  putative lipoprotein  37.53 
 
 		 408 aa  252  7e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.254018  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0190  putative lipoprotein  37.53 
 
 		 408 aa  252  7e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.225592  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0976  putative lipoprotein  37.53 
 
 		 408 aa  252  7e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2578  putative lipoprotein  37.47 
 
 		 401 aa  251  2e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0891208  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0828  NlpB/DapX family lipoprotein  35.09 
 
 		 379 aa  204  2e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0842  uncharacterized lipoprotein  35.46 
 
 		 412 aa  192  6e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00443208  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0986  uncharacterized lipoprotein  35.46 
 
 		 412 aa  192  6e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00100518  normal  0.616376 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0409  putative lipoprotein  34.41 
 
 		 388 aa  181  2e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.961142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2475  NlpBDapX lipoprotein  32.12 
 
 		 346 aa  149  9e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4386  hypothetical protein  32.13 
 
 		 396 aa  134  3e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51260  hypothetical protein  31.8 
 
 		 396 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000265963 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1664  hypothetical protein  27.2 
 
 		 373 aa  124  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2523  NlpB/DapX lipoprotein  27.82 
 
 		 338 aa  121  1.9999999999999998e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1549  putative lipoprotein  27.48 
 
 		 372 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.428781  normal  0.0328405 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3952  lipoprotein, putative  27.23 
 
 		 372 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0490104  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1238  putative lipoprotein  27.82 
 
 		 373 aa  109  9.000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.906689 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4180  lipoprotein  29.28 
 
 		 373 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1268  hypothetical protein  27.57 
 
 		 373 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.566697 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1372  putative lipoprotein  27.91 
 
 		 371 aa  107  5e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.176077  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3974  lipoprotein  28.62 
 
 		 372 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35330  lipoprotein  29.41 
 
 		 370 aa  97.1  5e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0679  lipoprotein  23.83 
 
 		 375 aa  80.1  0.00000000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.826541  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2621  hypothetical protein  24.38 
 
 		 395 aa  73.6  0.000000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.493949  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2197  hypothetical protein  32.03 
 
 		 199 aa  70.5  0.00000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.169608  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1703  NlpB/DapX family lipoprotein  21.56 
 
 		 365 aa  69.7  0.00000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000363681  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1657  NlpB/DapX family lipoprotein  19.95 
 
 		 365 aa  67  0.0000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00297866  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2339  NlpB/DapX family lipoprotein  19.95 
 
 		 365 aa  67  0.0000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.014226  hitchhiker  0.00000293311 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2411  NlpB/DapX family lipoprotein  19.67 
 
 		 365 aa  66.2  0.000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00389139  hitchhiker  0.00606094 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2666  NlpB/DapX family lipoprotein  20.74 
 
 		 365 aa  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000276307  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02135  lipoprotein-34 NlpB  23.87 
 
 		 367 aa  60.8  0.00000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00349153  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2551  NlpB/DapX family lipoprotein  19.89 
 
 		 365 aa  58.9  0.0000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000648805  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2178  NlpB/DapX family lipoprotein  20.05 
 
 		 371 aa  59.3  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000219579  normal  0.501785 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2477  NlpBDapX lipoprotein  21.13 
 
 		 368 aa  58.9  0.0000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.893949  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2589  NlpB/DapX family lipoprotein  19.89 
 
 		 365 aa  58.2  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000786749  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1793  NlpBDapX family lipoprotein  19.89 
 
 		 365 aa  58.2  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000036858  hitchhiker  0.0000000180087 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1880  lipoprotein-34 NlpB  19.32 
 
 		 365 aa  57  0.0000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1907  lipoprotein-34 NlpB  22.63 
 
 		 354 aa  56.6  0.0000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00617793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2429  NlpB/DapX family lipoprotein  18.82 
 
 		 373 aa  55.1  0.000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000329618  hitchhiker  0.0000381817 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1849  NlpB/DapX family lipoprotein  19.02 
 
 		 373 aa  53.1  0.000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00809428  normal  0.047859 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1551  hypothetical protein  24.62 
 
 		 397 aa  52.4  0.00001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000633528  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1690  hypothetical protein  24.85 
 
 		 364 aa  52.4  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0672  putative lipoprotein  26.42 
 
 		 235 aa  49.7  0.0001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0143401  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1305  hypothetical membrane spanning protein  26.61 
 
 		 197 aa  49.3  0.0001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.176822  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1364  putative lipoprotein  26.61 
 
 		 197 aa  48.5  0.0002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0274081  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1981  NlpB/DapX family lipoprotein  20.6 
 
 		 365 aa  46.6  0.0008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000195989  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1736  NlpBDapX lipoprotein  22.19 
 
 		 372 aa  46.2  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000422629  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>