58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0374 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0374  lipopolysaccharide kinase  100 
 
 		 250 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.616716 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0371  lipopolysaccharide kinase  94.8 
 
 		 250 aa  482  1e-135  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.605574  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0346  lipopolysaccharide kinase  94.8 
 
 		 250 aa  482  1e-135  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4857  lipopolysaccharide kinase  91.6 
 
 		 250 aa  471  1e-132  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.616277 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0470  lipopolysaccharide kinase  70.8 
 
 		 250 aa  358  5e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.375351  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4998  lipopolysaccharide biosynthesis protein, putative  68.42 
 
 		 253 aa  344  8.999999999999999e-94  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0525  lipopolysaccharide kinase  68.02 
 
 		 259 aa  341  5e-93  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0584  lipopolysaccharide kinase  66 
 
 		 247 aa  332  3e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.12664 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5742  hypothetical protein  60.49 
 
 		 252 aa  297  1e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66200  hypothetical protein  60.08 
 
 		 252 aa  296  2e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4949  lipopolysaccharide kinase InaA  36.48 
 
 		 234 aa  109  5e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56920  InaA protein  36.05 
 
 		 234 aa  108  7.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4371  inaA protein  35.81 
 
 		 240 aa  103  3e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3689  Mn2+-dependent serine/threonine protein kinase  35.51 
 
 		 234 aa  102  8e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4067  lipopolysaccharide kinase  34.93 
 
 		 240 aa  100  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.424153  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2486  lipopolysaccharide kinase  32.54 
 
 		 229 aa  99  6e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000362881  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0972  lipopolysaccharide kinase  35.81 
 
 		 232 aa  98.6  8e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0797238 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4483  lipopolysaccharide kinase  35.32 
 
 		 232 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.233298  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0904  lipopolysaccharide kinase  35.37 
 
 		 233 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1364  lipopolysaccharide kinase  31.82 
 
 		 253 aa  96.3  4e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0943  lipopolysaccharide kinase  34.93 
 
 		 232 aa  95.9  5e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17770  Lipopolysaccharide kinase  33.33 
 
 		 232 aa  92.8  4e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4495  lipopolysaccharide kinase  33.04 
 
 		 237 aa  92.8  5e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00163707 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2534  hypothetical protein  31.98 
 
 		 216 aa  92  7e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2377  hypothetical protein  31.98 
 
 		 216 aa  92  7e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02122  hypothetical protein  31.98 
 
 		 216 aa  92  7e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02163  hypothetical protein  31.98 
 
 		 216 aa  92  7e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1422  lipopolysaccharide kinase  31.98 
 
 		 216 aa  92  7e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.814711  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3371  hypothetical protein  31.49 
 
 		 216 aa  92  8e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2388  hypothetical protein  31.55 
 
 		 216 aa  90.9  2e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1414  hypothetical protein  31.98 
 
 		 216 aa  90.9  2e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.886745  normal  0.188189 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2479  lipopolysaccharide kinase  33.49 
 
 		 234 aa  82  0.000000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.274981  normal  0.508504 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0318  lipopolysaccharide kinase  30.43 
 
 		 287 aa  53.9  0.000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0582  lipopolysaccharide kinase  26.24 
 
 		 265 aa  53.5  0.000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0422457 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5743  hypothetical protein  30.67 
 
 		 244 aa  52.8  0.000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.744614  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66210  hypothetical protein  30 
 
 		 244 aa  52.4  0.000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0469  lipopolysaccharide core biosynthesis protein, putative  31.25 
 
 		 244 aa  52  0.000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.365356  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2794  lipopolysaccharide kinase  29.63 
 
 		 286 aa  52  0.000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.329017  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0583  lipopolysaccharide kinase  30.54 
 
 		 244 aa  52  0.000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0886843 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1265  putative LPS biosynthesis enzyme  29 
 
 		 277 aa  52  0.00001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0372  lipopolysaccharide kinase  24.71 
 
 		 268 aa  49.7  0.00004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.982942  normal  0.29184 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5744  lipopolysaccharide kinase WaaP  25.66 
 
 		 268 aa  49.7  0.00004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.867323  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4999  lipopolysaccharide core biosynthesis protein, putative  31.15 
 
 		 244 aa  49.3  0.00006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44820  lipopolysaccharide kinase  32.52 
 
 		 246 aa  48.5  0.0001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.47028  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0344  lipopolysaccharide kinase  24.33 
 
 		 268 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.048106  normal  0.813701 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0524  lipopolysaccharide kinase  32.52 
 
 		 244 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66220  lipopolysaccharide kinase WaaP  24.33 
 
 		 268 aa  47  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4858  lipopolysaccharide kinase  29.86 
 
 		 244 aa  46.2  0.0005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.596099 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0345  lipopolysaccharide kinase  31.79 
 
 		 244 aa  46.2  0.0005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.199411  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1275  lipopolysaccharide core biosynthesis protein  26.13 
 
 		 278 aa  45.8  0.0007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0373  lipopolysaccharide kinase  31.08 
 
 		 244 aa  45.4  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.379585 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4108  lipopolysaccharide core biosynthesis protein  25.27 
 
 		 265 aa  43.9  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.184564  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4001  lipopolysaccharide core biosynthesis protein  25.27 
 
 		 265 aa  43.9  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00922523  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4859  lipopolysaccharide kinase  23.44 
 
 		 268 aa  44.7  0.002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.59895 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0370  lipopolysaccharide kinase  31.58 
 
 		 244 aa  44.7  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3938  lipopolysaccharide core biosynthesis protein RfaP  25.27 
 
 		 265 aa  43.9  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4046  lipopolysaccharide core biosynthesis protein RfaP  25.27 
 
 		 265 aa  43.9  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.710683  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3920  lipopolysaccharide core biosynthesis protein RfaP  24.73 
 
 		 265 aa  42  0.01  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.773448  hitchhiker  0.00444896 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>