55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_1265 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007498  Pcar_1265  putative LPS biosynthesis enzyme  100 
 
 		 277 aa  563  1e-160  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0468  lipopolysaccharide kinase  31.94 
 
 		 268 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0582  lipopolysaccharide kinase  33.61 
 
 		 265 aa  112  6e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0422457 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0372  lipopolysaccharide kinase  33.61 
 
 		 268 aa  112  6e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.982942  normal  0.29184 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5000  lipopolysaccharide core biosynthesis protein WaaP  32.7 
 
 		 268 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0344  lipopolysaccharide kinase  33.61 
 
 		 268 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.048106  normal  0.813701 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4859  lipopolysaccharide kinase  34.16 
 
 		 268 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.59895 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0369  lipopolysaccharide kinase  33.2 
 
 		 268 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0523  lipopolysaccharide kinase  35.15 
 
 		 268 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66220  lipopolysaccharide kinase WaaP  32.26 
 
 		 268 aa  104  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5744  lipopolysaccharide kinase WaaP  31.85 
 
 		 268 aa  102  8e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.867323  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44830  Lipopolysaccharide kinase  34.02 
 
 		 271 aa  99.4  6e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.83472  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1275  lipopolysaccharide core biosynthesis protein  30.89 
 
 		 278 aa  95.5  8e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4131  lipopolysaccharide core biosynthesis protein RfaP  30.6 
 
 		 265 aa  95.1  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00183874  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3839  lipopolysaccharide core biosynthesis protein RfaP  30.6 
 
 		 265 aa  95.1  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000421355  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0081  lipopolysaccharide kinase  30.6 
 
 		 265 aa  95.1  1e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.382008  hitchhiker  0.000743328 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4055  lipopolysaccharide core biosynthesis protein RfaP  30.6 
 
 		 265 aa  95.1  1e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03439  hypothetical protein  30.6 
 
 		 265 aa  95.1  1e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0075  lipopolysaccharide kinase  31.31 
 
 		 265 aa  94.7  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2794  lipopolysaccharide kinase  34.93 
 
 		 286 aa  94.7  1e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.329017  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03487  kinase that phosphorylates core heptose of lipopolysaccharide  30.6 
 
 		 268 aa  94.7  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3965  lipopolysaccharide core biosynthesis protein RfaP  32.34 
 
 		 265 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0509856  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5000  lipopolysaccharide core biosynthesis protein RfaP  30.17 
 
 		 265 aa  93.2  4e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.120387  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0318  lipopolysaccharide kinase  35.16 
 
 		 287 aa  90.9  2e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0755  lipopolysaccharide kinase  30.97 
 
 		 278 aa  90.5  3e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0921452 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4108  lipopolysaccharide core biosynthesis protein  29.79 
 
 		 265 aa  90.5  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.184564  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3938  lipopolysaccharide core biosynthesis protein RfaP  29.79 
 
 		 265 aa  90.5  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4046  lipopolysaccharide core biosynthesis protein RfaP  29.79 
 
 		 265 aa  90.5  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.710683  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4001  lipopolysaccharide core biosynthesis protein  29.79 
 
 		 265 aa  90.5  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00922523  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3920  lipopolysaccharide core biosynthesis protein RfaP  29.79 
 
 		 265 aa  89.4  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.773448  hitchhiker  0.00444896 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0901  lipopolysaccharide kinase  29.2 
 
 		 268 aa  82.4  0.000000000000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66200  hypothetical protein  33.67 
 
 		 252 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5742  hypothetical protein  33.17 
 
 		 252 aa  66.6  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0584  lipopolysaccharide kinase  32.2 
 
 		 247 aa  66.2  0.0000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.12664 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4998  lipopolysaccharide biosynthesis protein, putative  31.08 
 
 		 253 aa  65.9  0.0000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0525  lipopolysaccharide kinase  31.53 
 
 		 259 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4857  lipopolysaccharide kinase  30.5 
 
 		 250 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.616277 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0371  lipopolysaccharide kinase  30.86 
 
 		 250 aa  52.8  0.000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.605574  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0346  lipopolysaccharide kinase  30.86 
 
 		 250 aa  52.8  0.000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0374  lipopolysaccharide kinase  29 
 
 		 250 aa  52  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.616716 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66210  hypothetical protein  28.65 
 
 		 244 aa  50.4  0.00003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4999  lipopolysaccharide core biosynthesis protein, putative  28.89 
 
 		 244 aa  50.1  0.00005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0373  lipopolysaccharide kinase  29.78 
 
 		 244 aa  49.3  0.00006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.379585 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0470  lipopolysaccharide kinase  30.48 
 
 		 250 aa  49.3  0.00006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.375351  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1364  lipopolysaccharide kinase  26.63 
 
 		 253 aa  47.8  0.0002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5743  hypothetical protein  27.91 
 
 		 244 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.744614  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0345  lipopolysaccharide kinase  29.78 
 
 		 244 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.199411  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0370  lipopolysaccharide kinase  29.21 
 
 		 244 aa  46.6  0.0004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2259  3-deoxy-D-manno-octulosonic-acid kinase  27.52 
 
 		 244 aa  45.8  0.0007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0524  lipopolysaccharide kinase  27.78 
 
 		 244 aa  43.9  0.003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4937  toluene tolerance protein  29.93 
 
 		 224 aa  43.1  0.004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.95159  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4986  toluene tolerance protein Ttg8  29.93 
 
 		 201 aa  42.7  0.006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0469  lipopolysaccharide core biosynthesis protein, putative  25.69 
 
 		 244 aa  42.7  0.006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.365356  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4809  hypothetical protein  29.8 
 
 		 224 aa  42.7  0.007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0583  lipopolysaccharide kinase  27.84 
 
 		 244 aa  42  0.01  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0886843 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>