48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2479 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2479  lipopolysaccharide kinase  100 
 
 		 234 aa  475  1e-133  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.274981  normal  0.508504 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17770  Lipopolysaccharide kinase  56.48 
 
 		 232 aa  231  6e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0972  lipopolysaccharide kinase  51.07 
 
 		 232 aa  212  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0797238 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0943  lipopolysaccharide kinase  50.43 
 
 		 232 aa  209  2e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0904  lipopolysaccharide kinase  50.43 
 
 		 233 aa  209  3e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4483  lipopolysaccharide kinase  50 
 
 		 232 aa  208  6e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.233298  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4067  lipopolysaccharide kinase  46.89 
 
 		 240 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.424153  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4371  inaA protein  48.44 
 
 		 240 aa  194  1e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4495  lipopolysaccharide kinase  45.61 
 
 		 237 aa  186  2e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00163707 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4949  lipopolysaccharide kinase InaA  47.3 
 
 		 234 aa  182  3e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56920  InaA protein  46.64 
 
 		 234 aa  181  8.000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3689  Mn2+-dependent serine/threonine protein kinase  49.75 
 
 		 234 aa  176  2e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1422  lipopolysaccharide kinase  40.95 
 
 		 216 aa  176  3e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.814711  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02122  hypothetical protein  40.95 
 
 		 216 aa  176  3e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2534  hypothetical protein  40.95 
 
 		 216 aa  176  3e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2377  hypothetical protein  40.95 
 
 		 216 aa  176  3e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02163  hypothetical protein  40.95 
 
 		 216 aa  176  3e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3371  hypothetical protein  40.95 
 
 		 216 aa  175  6e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1414  hypothetical protein  40.95 
 
 		 216 aa  175  6e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.886745  normal  0.188189 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2388  hypothetical protein  40.95 
 
 		 216 aa  174  9.999999999999999e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2486  lipopolysaccharide kinase  48.47 
 
 		 229 aa  171  6.999999999999999e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000362881  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1364  lipopolysaccharide kinase  34.48 
 
 		 253 aa  106  4e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66200  hypothetical protein  34.3 
 
 		 252 aa  104  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5742  hypothetical protein  33.82 
 
 		 252 aa  101  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0584  lipopolysaccharide kinase  36.21 
 
 		 247 aa  89  6e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.12664 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4857  lipopolysaccharide kinase  35.11 
 
 		 250 aa  88.6  7e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.616277 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0525  lipopolysaccharide kinase  32.59 
 
 		 259 aa  85.5  6e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4998  lipopolysaccharide biosynthesis protein, putative  32.3 
 
 		 253 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0374  lipopolysaccharide kinase  33.49 
 
 		 250 aa  82  0.000000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.616716 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0346  lipopolysaccharide kinase  34.68 
 
 		 250 aa  78.6  0.00000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0371  lipopolysaccharide kinase  34.68 
 
 		 250 aa  78.6  0.00000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.605574  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0470  lipopolysaccharide kinase  32.74 
 
 		 250 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.375351  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0015  3-deoxy-D-manno-octulosonic-acid kinase  29.66 
 
 		 239 aa  48.1  0.0001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.595566  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4001  lipopolysaccharide core biosynthesis protein  29.21 
 
 		 265 aa  47  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00922523  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4108  lipopolysaccharide core biosynthesis protein  29.21 
 
 		 265 aa  47  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.184564  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44830  Lipopolysaccharide kinase  29.69 
 
 		 271 aa  46.6  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.83472  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0755  lipopolysaccharide kinase  28.79 
 
 		 278 aa  45.8  0.0006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0921452 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4046  lipopolysaccharide core biosynthesis protein RfaP  28.09 
 
 		 265 aa  44.7  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.710683  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3920  lipopolysaccharide core biosynthesis protein RfaP  27.05 
 
 		 265 aa  45.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.773448  hitchhiker  0.00444896 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3938  lipopolysaccharide core biosynthesis protein RfaP  28.09 
 
 		 265 aa  44.7  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0372  lipopolysaccharide kinase  24.69 
 
 		 268 aa  43.9  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.982942  normal  0.29184 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0523  lipopolysaccharide kinase  26.05 
 
 		 268 aa  44.3  0.002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0468  lipopolysaccharide kinase  24.07 
 
 		 268 aa  44.3  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66220  lipopolysaccharide kinase WaaP  25.15 
 
 		 268 aa  44.3  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0344  lipopolysaccharide kinase  26.12 
 
 		 268 aa  44.3  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.048106  normal  0.813701 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0369  lipopolysaccharide kinase  24.63 
 
 		 268 aa  43.5  0.003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5744  lipopolysaccharide kinase WaaP  24.54 
 
 		 268 aa  43.1  0.004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.867323  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5000  lipopolysaccharide core biosynthesis protein WaaP  26.05 
 
 		 268 aa  42  0.009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>