41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeSA_A3920 on replicon NC_011094
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011094  SeSA_A3920  lipopolysaccharide core biosynthesis protein RfaP  100 
 
 		 265 aa  547  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.773448  hitchhiker  0.00444896 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4046  lipopolysaccharide core biosynthesis protein RfaP  99.25 
 
 		 265 aa  542  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.710683  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3938  lipopolysaccharide core biosynthesis protein RfaP  98.87 
 
 		 265 aa  541  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4001  lipopolysaccharide core biosynthesis protein  98.87 
 
 		 265 aa  539  9.999999999999999e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00922523  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4108  lipopolysaccharide core biosynthesis protein  98.87 
 
 		 265 aa  539  9.999999999999999e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.184564  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03487  kinase that phosphorylates core heptose of lipopolysaccharide  81.13 
 
 		 268 aa  461  1e-129  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0081  lipopolysaccharide kinase  81.13 
 
 		 265 aa  460  1e-129  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.382008  hitchhiker  0.000743328 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4131  lipopolysaccharide core biosynthesis protein RfaP  81.13 
 
 		 265 aa  460  1e-129  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00183874  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03439  hypothetical protein  81.13 
 
 		 265 aa  461  1e-129  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3839  lipopolysaccharide core biosynthesis protein RfaP  80.75 
 
 		 265 aa  460  9.999999999999999e-129  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000421355  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0075  lipopolysaccharide kinase  82.64 
 
 		 265 aa  458  9.999999999999999e-129  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4055  lipopolysaccharide core biosynthesis protein RfaP  80.75 
 
 		 265 aa  460  9.999999999999999e-129  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3965  lipopolysaccharide core biosynthesis protein RfaP  81.13 
 
 		 265 aa  459  9.999999999999999e-129  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0509856  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5000  lipopolysaccharide core biosynthesis protein RfaP  80.75 
 
 		 265 aa  457  9.999999999999999e-129  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.120387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0582  lipopolysaccharide kinase  54.44 
 
 		 265 aa  306  3e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0422457 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4859  lipopolysaccharide kinase  54.44 
 
 		 268 aa  299  3e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.59895 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44830  Lipopolysaccharide kinase  54.23 
 
 		 271 aa  299  4e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.83472  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5000  lipopolysaccharide core biosynthesis protein WaaP  54.05 
 
 		 268 aa  298  5e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0372  lipopolysaccharide kinase  54.69 
 
 		 268 aa  298  7e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.982942  normal  0.29184 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0369  lipopolysaccharide kinase  54.05 
 
 		 268 aa  296  2e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0344  lipopolysaccharide kinase  54.05 
 
 		 268 aa  296  2e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.048106  normal  0.813701 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0523  lipopolysaccharide kinase  54.44 
 
 		 268 aa  294  1e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66220  lipopolysaccharide kinase WaaP  53.28 
 
 		 268 aa  293  2e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0468  lipopolysaccharide kinase  53.67 
 
 		 268 aa  292  4e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5744  lipopolysaccharide kinase WaaP  52.9 
 
 		 268 aa  289  4e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.867323  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2794  lipopolysaccharide kinase  43.58 
 
 		 286 aa  204  9e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.329017  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0318  lipopolysaccharide kinase  42.47 
 
 		 287 aa  204  1e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0755  lipopolysaccharide kinase  40 
 
 		 278 aa  204  1e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0921452 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1275  lipopolysaccharide core biosynthesis protein  39.84 
 
 		 278 aa  165  8e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1265  putative LPS biosynthesis enzyme  29.79 
 
 		 277 aa  89.4  6e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0901  lipopolysaccharide kinase  30.77 
 
 		 268 aa  84.7  0.000000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2534  hypothetical protein  28.57 
 
 		 216 aa  47.4  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2377  hypothetical protein  28.57 
 
 		 216 aa  47.4  0.0003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02122  hypothetical protein  28.57 
 
 		 216 aa  47.4  0.0003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1422  lipopolysaccharide kinase  28.57 
 
 		 216 aa  47.4  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.814711  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02163  hypothetical protein  28.57 
 
 		 216 aa  47.4  0.0003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1414  hypothetical protein  29.41 
 
 		 216 aa  46.6  0.0005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.886745  normal  0.188189 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3371  hypothetical protein  28.57 
 
 		 216 aa  46.2  0.0006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2388  hypothetical protein  28.57 
 
 		 216 aa  45.8  0.0007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2479  lipopolysaccharide kinase  27.05 
 
 		 234 aa  45.1  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.274981  normal  0.508504 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0525  lipopolysaccharide kinase  25.4 
 
 		 259 aa  43.1  0.005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>