44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0372 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0372  lipopolysaccharide kinase  100 
 
 		 268 aa  547  1e-155  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.982942  normal  0.29184 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0344  lipopolysaccharide kinase  97.76 
 
 		 268 aa  537  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.048106  normal  0.813701 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0369  lipopolysaccharide kinase  97.39 
 
 		 268 aa  536  1e-151  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4859  lipopolysaccharide kinase  93.66 
 
 		 268 aa  524  1e-148  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.59895 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0468  lipopolysaccharide kinase  84.33 
 
 		 268 aa  479  1e-134  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0523  lipopolysaccharide kinase  81.72 
 
 		 268 aa  458  9.999999999999999e-129  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0582  lipopolysaccharide kinase  82.26 
 
 		 265 aa  458  9.999999999999999e-129  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0422457 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5000  lipopolysaccharide core biosynthesis protein WaaP  80.97 
 
 		 268 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66220  lipopolysaccharide kinase WaaP  78.73 
 
 		 268 aa  449  1e-125  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5744  lipopolysaccharide kinase WaaP  78.73 
 
 		 268 aa  444  1e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.867323  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44830  Lipopolysaccharide kinase  73.38 
 
 		 271 aa  405  1.0000000000000001e-112  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.83472  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5000  lipopolysaccharide core biosynthesis protein RfaP  57.53 
 
 		 265 aa  312  3.9999999999999997e-84  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.120387  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0081  lipopolysaccharide kinase  57.53 
 
 		 265 aa  311  4.999999999999999e-84  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.382008  hitchhiker  0.000743328 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4131  lipopolysaccharide core biosynthesis protein RfaP  57.53 
 
 		 265 aa  311  4.999999999999999e-84  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00183874  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03439  hypothetical protein  57.53 
 
 		 265 aa  311  6.999999999999999e-84  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3839  lipopolysaccharide core biosynthesis protein RfaP  57.14 
 
 		 265 aa  311  6.999999999999999e-84  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000421355  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03487  kinase that phosphorylates core heptose of lipopolysaccharide  57.53 
 
 		 268 aa  311  6.999999999999999e-84  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0075  lipopolysaccharide kinase  56.7 
 
 		 265 aa  310  2e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4055  lipopolysaccharide core biosynthesis protein RfaP  57.14 
 
 		 265 aa  310  2e-83  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3965  lipopolysaccharide core biosynthesis protein RfaP  57.14 
 
 		 265 aa  308  5e-83  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0509856  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3938  lipopolysaccharide core biosynthesis protein RfaP  55.08 
 
 		 265 aa  301  1e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4046  lipopolysaccharide core biosynthesis protein RfaP  55.08 
 
 		 265 aa  300  1e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.710683  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4001  lipopolysaccharide core biosynthesis protein  55.08 
 
 		 265 aa  300  1e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00922523  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4108  lipopolysaccharide core biosynthesis protein  55.08 
 
 		 265 aa  300  1e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.184564  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3920  lipopolysaccharide core biosynthesis protein RfaP  54.69 
 
 		 265 aa  298  7e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.773448  hitchhiker  0.00444896 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0755  lipopolysaccharide kinase  46.69 
 
 		 278 aa  232  4.0000000000000004e-60  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0921452 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0318  lipopolysaccharide kinase  43.65 
 
 		 287 aa  203  2e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2794  lipopolysaccharide kinase  43.14 
 
 		 286 aa  198  1.0000000000000001e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.329017  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1275  lipopolysaccharide core biosynthesis protein  40.48 
 
 		 278 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1265  putative LPS biosynthesis enzyme  33.61 
 
 		 277 aa  112  5e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0901  lipopolysaccharide kinase  32.81 
 
 		 268 aa  80.5  0.00000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0469  lipopolysaccharide core biosynthesis protein, putative  28.77 
 
 		 244 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.365356  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5743  hypothetical protein  29.19 
 
 		 244 aa  53.1  0.000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.744614  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66210  hypothetical protein  30.43 
 
 		 244 aa  52.8  0.000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0374  lipopolysaccharide kinase  24.71 
 
 		 250 aa  49.7  0.00005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.616716 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4857  lipopolysaccharide kinase  25.38 
 
 		 250 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.616277 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0524  lipopolysaccharide kinase  29.55 
 
 		 244 aa  48.1  0.0001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1364  lipopolysaccharide kinase  27.66 
 
 		 253 aa  47.4  0.0002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4999  lipopolysaccharide core biosynthesis protein, putative  29.09 
 
 		 244 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0371  lipopolysaccharide kinase  25.09 
 
 		 250 aa  45.8  0.0007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.605574  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0346  lipopolysaccharide kinase  25.09 
 
 		 250 aa  45.8  0.0007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0525  lipopolysaccharide kinase  22.98 
 
 		 259 aa  45.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2479  lipopolysaccharide kinase  24.69 
 
 		 234 aa  43.9  0.003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.274981  normal  0.508504 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44820  lipopolysaccharide kinase  26.19 
 
 		 246 aa  43.9  0.003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.47028  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>