60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2202 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2202  DinB family protein  100 
 
 		 173 aa  363  1e-100  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0131382 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5169  DinB family protein  47.53 
 
 		 178 aa  169  1e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6089  DinB  43.95 
 
 		 191 aa  143  1e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.761589  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1988  DinB family protein  43.95 
 
 		 191 aa  143  1e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4731  DinB family protein  41.4 
 
 		 190 aa  136  1e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.815791 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5875  DinB family protein  38.85 
 
 		 163 aa  131  6e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.175734 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0154  DinB  34.16 
 
 		 168 aa  104  5e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0362  DinB family protein  31.85 
 
 		 162 aa  90.1  1e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6208  DinB family protein  35.54 
 
 		 186 aa  90.1  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5321  DinB family protein  31.21 
 
 		 187 aa  90.1  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2412  DinB family protein  30.19 
 
 		 167 aa  87.8  6e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.143618 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2157  DinB family protein  28.57 
 
 		 167 aa  85.1  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.363263 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0663  DinB family protein  38.93 
 
 		 170 aa  84  9e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1980  DinB  28.93 
 
 		 170 aa  74.7  0.0000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.650052  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1222  DinB family protein  32.92 
 
 		 169 aa  67.8  0.00000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000465074 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3644  DinB family protein  29.14 
 
 		 170 aa  67.8  0.00000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32370  putative DNA damage-inducible gene  29.94 
 
 		 171 aa  67.8  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00347852  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1078  DinB family protein  25.6 
 
 		 180 aa  63.9  0.0000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.119596  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2065  DinB family protein  27.22 
 
 		 190 aa  62  0.000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3562  hypothetical protein  29.37 
 
 		 187 aa  60.8  0.000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.520528  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5237  protein DinB  27.22 
 
 		 166 aa  60.1  0.00000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0354282  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2288  DinB family protein  25.48 
 
 		 170 aa  60.5  0.00000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2556  DinB family protein  24.84 
 
 		 165 aa  60.5  0.00000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0809  DinB family protein  24.84 
 
 		 171 aa  58.5  0.00000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.138804 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1895  DinB family protein  24.4 
 
 		 178 aa  58.2  0.00000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00325432  normal  0.939187 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1904  DinB family protein  26.28 
 
 		 167 aa  57.4  0.0000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.574421  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2771  DinB family protein  26.22 
 
 		 169 aa  55.5  0.0000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.101507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0773  DinB family protein  26.42 
 
 		 170 aa  55.1  0.0000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.265558 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0794  DinB family protein  25.95 
 
 		 166 aa  54.7  0.0000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1562  DinB family protein  26.19 
 
 		 176 aa  54.7  0.0000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2186  DinB family protein  23.95 
 
 		 176 aa  53.5  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0947828  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1769  DinB family protein  26.28 
 
 		 169 aa  53.5  0.000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0243169 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1077  DinB family protein  29.63 
 
 		 169 aa  53.9  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.703238  hitchhiker  0.000010908 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2479  DNA polymerase, DinB family  26.04 
 
 		 174 aa  53.1  0.000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2379  DinB family DNA polymerase  27.88 
 
 		 170 aa  52  0.000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2397  DNA polymerase, DinB family  27.88 
 
 		 174 aa  52  0.000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2215  DinB family DNA polymerase  27.88 
 
 		 174 aa  52  0.000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.468376  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1703  DinB family protein  24.24 
 
 		 177 aa  52  0.000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0905876  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2595  DinB family protein  27.27 
 
 		 170 aa  51.2  0.000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0979  hypothetical protein  21.38 
 
 		 167 aa  50.8  0.00001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.000162275  normal  0.0303129 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2138  dinB protein  27.88 
 
 		 174 aa  50.4  0.00001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.044561  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2981  DNA polymerase, DinB family  27.44 
 
 		 174 aa  49.7  0.00002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.835294 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0488  DinB family protein  24.44 
 
 		 162 aa  50.1  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.105215  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3519  DinB family protein  27.1 
 
 		 187 aa  49.3  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.888267  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2409  DinB family DNA polymerase  24.85 
 
 		 170 aa  50.1  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0070242  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2344  DNA polymerase, DinB family  26.83 
 
 		 174 aa  49.7  0.00002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.724244  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3224  DinB family protein  26.45 
 
 		 187 aa  49.7  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2154  DinB protein  27.27 
 
 		 174 aa  49.3  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00671256  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0693  hypothetical protein  24.68 
 
 		 170 aa  50.1  0.00002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0684  hypothetical protein  28.4 
 
 		 170 aa  49.3  0.00003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1709  DinB family protein  22.22 
 
 		 169 aa  48.1  0.00006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3614  hypothetical protein  26.97 
 
 		 186 aa  47.8  0.00007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.500275  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1782  DinB  23.21 
 
 		 181 aa  46.2  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0450632  hitchhiker  0.00384928 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3537  DinB family protein  24.4 
 
 		 193 aa  45.8  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2200  hypothetical protein  24.4 
 
 		 193 aa  45.8  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1368  DinB family protein  22.09 
 
 		 177 aa  45.1  0.0004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014054 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3424  DinB family protein  23.46 
 
 		 192 aa  44.3  0.0009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0178  DinB family protein  24.53 
 
 		 175 aa  42.7  0.002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0713  DinB family protein  24.68 
 
 		 165 aa  42.4  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0305942  normal  0.666809 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0199  DinB family protein  36.36 
 
 		 165 aa  42  0.005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000248832  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>