46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0154 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0154  DinB  100 
 
 		 168 aa  348  2e-95  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5321  DinB family protein  42.94 
 
 		 187 aa  149  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2412  DinB family protein  41.82 
 
 		 167 aa  144  5e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.143618 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2157  DinB family protein  41.92 
 
 		 167 aa  144  7.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.363263 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0362  DinB family protein  38.51 
 
 		 162 aa  135  3.0000000000000003e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6208  DinB family protein  45.06 
 
 		 186 aa  133  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32370  putative DNA damage-inducible gene  37.04 
 
 		 171 aa  125  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00347852  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6089  DinB  38.99 
 
 		 191 aa  124  7e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.761589  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1988  DinB family protein  38.99 
 
 		 191 aa  124  7e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4731  DinB family protein  37.8 
 
 		 190 aa  114  6.9999999999999995e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.815791 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5875  DinB family protein  37.25 
 
 		 163 aa  113  1.0000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.175734 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0663  DinB family protein  41.84 
 
 		 170 aa  113  1.0000000000000001e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2202  DinB family protein  34.16 
 
 		 173 aa  104  5e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0131382 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5169  DinB family protein  36.53 
 
 		 178 aa  100  6e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2556  DinB family protein  27.03 
 
 		 165 aa  57.4  0.00000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1769  DinB family protein  31.03 
 
 		 169 aa  55.5  0.0000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0243169 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6943  DinB family protein  30.18 
 
 		 202 aa  52.8  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.21118  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3614  hypothetical protein  28.1 
 
 		 186 aa  50.4  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.500275  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0809  DinB family protein  26.71 
 
 		 171 aa  49.3  0.00003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.138804 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3562  hypothetical protein  25 
 
 		 187 aa  48.9  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.520528  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3519  DinB family protein  30.32 
 
 		 187 aa  48.5  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.888267  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2065  DinB family protein  28.28 
 
 		 190 aa  47.8  0.00007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1980  DinB  25.81 
 
 		 170 aa  47  0.0001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.650052  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3424  DinB family protein  26.67 
 
 		 192 aa  47.4  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2397  DNA polymerase, DinB family  24.38 
 
 		 174 aa  46.2  0.0002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0488  DinB family protein  27.12 
 
 		 162 aa  46.6  0.0002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.105215  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2186  DinB family protein  22.16 
 
 		 176 aa  46.6  0.0002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0947828  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2215  DinB family DNA polymerase  24.38 
 
 		 174 aa  46.2  0.0002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.468376  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2154  DinB protein  24.38 
 
 		 174 aa  46.6  0.0002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00671256  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2379  DinB family DNA polymerase  24.38 
 
 		 170 aa  46.2  0.0002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1895  DinB family protein  26.71 
 
 		 178 aa  45.4  0.0004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00325432  normal  0.939187 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2138  dinB protein  24.38 
 
 		 174 aa  45.4  0.0004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.044561  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1709  DinB family protein  25.34 
 
 		 169 aa  44.7  0.0007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6952  DinB family protein  27.33 
 
 		 164 aa  44.3  0.0008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.78845  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2409  DinB family DNA polymerase  23.42 
 
 		 170 aa  43.5  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0070242  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2771  DinB family protein  27.1 
 
 		 169 aa  43.5  0.001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.101507  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1078  DinB family protein  24.84 
 
 		 180 aa  43.5  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.119596  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2580  DinB  28.66 
 
 		 193 aa  43.1  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.747575  normal  0.417137 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2981  DNA polymerase, DinB family  23.42 
 
 		 174 aa  43.1  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.835294 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2479  DNA polymerase, DinB family  23.42 
 
 		 174 aa  43.1  0.002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3224  DinB family protein  29.79 
 
 		 187 aa  43.1  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2406  DinB family protein  23.33 
 
 		 147 aa  42  0.004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.299497  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2344  DNA polymerase, DinB family  23.42 
 
 		 174 aa  41.6  0.005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.724244  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3537  DinB family protein  25.45 
 
 		 193 aa  41.2  0.007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5237  protein DinB  27.78 
 
 		 166 aa  40.8  0.009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0354282  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2200  hypothetical protein  25.45 
 
 		 193 aa  40.8  0.009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>