More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_0106 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_0106  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  100 
 
 		 781 aa  1602    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2135  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  47.27 
 
 		 787 aa  680    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1272  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  45.99 
 
 		 775 aa  653    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.972019  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0461  DNA gyrase subunit A  37.41 
 
 		 833 aa  480  1e-134  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0006  DNA gyrase subunit A  37.52 
 
 		 825 aa  479  1e-134  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.119691  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1611  DNA topoisomerase IV subunit A  39.47 
 
 		 754 aa  482  1e-134  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1067  DNA gyrase, A subunit  38.4 
 
 		 809 aa  473  1e-132  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0295  DNA gyrase, A subunit  39.41 
 
 		 815 aa  475  1e-132  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000104169  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0008  DNA gyrase subunit A  36.81 
 
 		 807 aa  474  1e-132  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.425562  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0441  DNA gyrase, A subunit  37.19 
 
 		 810 aa  473  1e-132  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.624683  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0008  DNA gyrase, A subunit  38.93 
 
 		 812 aa  473  1e-132  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000800696  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0007  DNA gyrase subunit A  37.55 
 
 		 839 aa  473  1e-132  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0006  DNA gyrase subunit A  36.87 
 
 		 818 aa  473  1e-132  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1394  DNA gyrase, A subunit  36.97 
 
 		 796 aa  475  1e-132  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0007  DNA gyrase subunit A  37.55 
 
 		 839 aa  471  1.0000000000000001e-131  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2548  DNA gyrase, A subunit  36.92 
 
 		 893 aa  468  9.999999999999999e-131  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0005  DNA gyrase, A subunit  37.76 
 
 		 832 aa  468  9.999999999999999e-131  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0436  DNA gyrase A subunit  37.19 
 
 		 806 aa  467  9.999999999999999e-131  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00000308081  normal  0.060965 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0006  DNA gyrase, A subunit  37.4 
 
 		 802 aa  463  1e-129  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.540811  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0006  DNA gyrase subunit A  37.45 
 
 		 834 aa  465  1e-129  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0218004  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0729  DNA gyrase, A subunit  37.6 
 
 		 823 aa  461  9.999999999999999e-129  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.121575  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0821  DNA gyrase, A subunit  36.89 
 
 		 788 aa  461  9.999999999999999e-129  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0472642  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0328  DNA gyrase, A subunit  38.77 
 
 		 823 aa  461  9.999999999999999e-129  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2361  DNA gyrase subunit A  36.64 
 
 		 827 aa  461  9.999999999999999e-129  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00518277  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2546  DNA topoisomerase IV subunit A  38.3 
 
 		 747 aa  459  9.999999999999999e-129  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.101431  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0006  DNA gyrase subunit A  36.52 
 
 		 823 aa  456  1e-127  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.711032  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0006  DNA gyrase subunit A  36.52 
 
 		 823 aa  456  1e-127  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.814718  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0006  DNA gyrase subunit A  36.52 
 
 		 823 aa  456  1e-127  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0006  DNA gyrase, A subunit  36.96 
 
 		 889 aa  459  1e-127  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.864295  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0006  DNA gyrase subunit A  36.33 
 
 		 823 aa  456  1e-127  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00060  DNA gyrase subunit A  36 
 
 		 870 aa  457  1e-127  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00061935  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2027  DNA topoisomerase IV subunit A  38.87 
 
 		 748 aa  457  1e-127  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5314  DNA gyrase subunit A  36.2 
 
 		 823 aa  457  1e-127  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0584522  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0006  DNA gyrase, A subunit  35.19 
 
 		 828 aa  458  1e-127  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0007  DNA gyrase, A subunit  36.57 
 
 		 901 aa  457  1e-127  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.607285  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0006  DNA gyrase subunit A  36.52 
 
 		 823 aa  456  1e-127  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0006  DNA gyrase subunit A  36.52 
 
 		 821 aa  456  1e-127  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0979169  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0006  DNA gyrase subunit A  36.52 
 
 		 823 aa  456  1e-127  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00261664  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0006  DNA gyrase subunit A  36.65 
 
 		 823 aa  459  1e-127  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4772  DNA gyrase subunit A  35.45 
 
 		 865 aa  457  1e-127  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.427862  decreased coverage  0.00451801 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0006  DNA gyrase, A subunit  37.09 
 
 		 840 aa  457  1e-127  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000948225 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0006  DNA gyrase, A subunit  36.96 
 
 		 889 aa  459  1e-127  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.314343  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0006  DNA gyrase subunit A  36.46 
 
 		 823 aa  456  1e-127  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0500902  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0004  DNA gyrase, A subunit  35.61 
 
 		 857 aa  453  1.0000000000000001e-126  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0420  DNA gyrase subunit A  36.56 
 
 		 830 aa  455  1.0000000000000001e-126  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.422569  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0006  DNA gyrase, A subunit  37.17 
 
 		 820 aa  455  1.0000000000000001e-126  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1170  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  38.14 
 
 		 793 aa  454  1.0000000000000001e-126  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000163791  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0006  DNA gyrase subunit A  36.23 
 
 		 848 aa  454  1.0000000000000001e-126  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.889145  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0006  DNA gyrase subunit A  36.2 
 
 		 823 aa  455  1.0000000000000001e-126  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.182786  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2804  DNA gyrase subunit A  36.53 
 
 		 949 aa  452  1e-125  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.371561  hitchhiker  0.000745999 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1660  DNA gyrase, A subunit  34.85 
 
 		 804 aa  451  1e-125  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00811487  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0005  DNA gyrase subunit A  35.82 
 
 		 857 aa  451  1e-125  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000593628  normal  0.429362 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0005  DNA gyrase, A subunit  35.96 
 
 		 836 aa  450  1e-125  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.301958 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0007  DNA gyrase, A subunit  35.94 
 
 		 818 aa  451  1e-125  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000039295  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1733  DNA gyrase, A subunit  34.59 
 
 		 804 aa  449  1e-125  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.28256  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4627  DNA gyrase, A subunit  35.99 
 
 		 827 aa  452  1e-125  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.116338  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4493  DNA gyrase, A subunit  37.34 
 
 		 891 aa  447  1.0000000000000001e-124  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0318161 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2331  DNA gyrase, A subunit  38.02 
 
 		 824 aa  447  1.0000000000000001e-124  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.772308  hitchhiker  0.00342265 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0005  DNA gyrase, A subunit  36.77 
 
 		 835 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.170541  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00070  DNA gyrase, A subunit  36.87 
 
 		 816 aa  449  1.0000000000000001e-124  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0008  DNA gyrase, A subunit  36.92 
 
 		 814 aa  448  1.0000000000000001e-124  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000266151  unclonable  0.0000000153333 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1512  DNA gyrase, A subunit  37.63 
 
 		 809 aa  446  1.0000000000000001e-124  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.257014  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2730  DNA gyrase, A subunit  36.16 
 
 		 819 aa  447  1.0000000000000001e-124  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0006  DNA gyrase, A subunit  35.16 
 
 		 829 aa  447  1.0000000000000001e-124  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000708877  hitchhiker  8.0391e-18 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1256  DNA gyrase subunit A  36.46 
 
 		 817 aa  447  1.0000000000000001e-124  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0005  DNA gyrase, A subunit  35.83 
 
 		 836 aa  447  1.0000000000000001e-124  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2474  DNA gyrase, A subunit  36.86 
 
 		 805 aa  445  1e-123  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  unclonable  0.0000172995  decreased coverage  0.00702489 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0828  hypothetical protein  36.2 
 
 		 816 aa  444  1e-123  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.725746 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0008  DNA gyrase, A subunit  34.48 
 
 		 819 aa  443  1e-123  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.163769  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4501  DNA gyrase, A subunit  37.13 
 
 		 907 aa  444  1e-123  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1191  DNA gyrase, A subunit  35.62 
 
 		 871 aa  444  1e-123  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0254  DNA gyrase subunit A  36.86 
 
 		 856 aa  442  1e-123  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1848  DNA topoisomerase IV subunit A  39.72 
 
 		 743 aa  443  1e-123  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.44724  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1744  DNA topoisomerase IV subunit A  37.54 
 
 		 759 aa  442  1e-123  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.629764  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1982  DNA topoisomerase IV subunit A  37.9 
 
 		 750 aa  444  1e-123  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0348571  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1049  DNA gyrase, A subunit  38.19 
 
 		 838 aa  446  1e-123  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.385966  normal  0.255523 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0007  DNA gyrase, A subunit  36.86 
 
 		 811 aa  446  1e-123  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1186  DNA gyrase, A subunit  34.89 
 
 		 806 aa  442  1e-123  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0006  DNA gyrase subunit A  35.53 
 
 		 852 aa  443  1e-123  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0006  DNA gyrase subunit A  36.11 
 
 		 866 aa  446  1e-123  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1375  DNA gyrase subunit A  37.48 
 
 		 809 aa  442  9.999999999999999e-123  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.261522  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1630  DNA gyrase, A subunit  37.11 
 
 		 809 aa  439  9.999999999999999e-123  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0010  DNA gyrase, A subunit  36.25 
 
 		 807 aa  440  9.999999999999999e-123  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0200618  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1074  DNA gyrase subunit A  36.89 
 
 		 863 aa  442  9.999999999999999e-123  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0553  DNA topoisomerase IV subunit A  38.26 
 
 		 775 aa  442  9.999999999999999e-123  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1567  DNA topoisomerase IV subunit A  39.34 
 
 		 758 aa  441  9.999999999999999e-123  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.998235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2836  DNA topoisomerase IV subunit A  35.95 
 
 		 765 aa  441  9.999999999999999e-123  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0133106 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_11691  DNA gyrase subunit A  36.36 
 
 		 865 aa  442  9.999999999999999e-123  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1208  DNA topoisomerase IV subunit A  37.77 
 
 		 744 aa  436  1e-121  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0547844  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_11681  DNA gyrase subunit A  36.33 
 
 		 865 aa  436  1e-121  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1263  DNA gyrase, A subunit  35.47 
 
 		 808 aa  436  1e-121  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0960  DNA gyrase subunit A  35.4 
 
 		 819 aa  437  1e-121  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00632258  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0006  DNA gyrase, A subunit  35.7 
 
 		 883 aa  438  1e-121  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0007  DNA gyrase, A subunit  35.59 
 
 		 932 aa  437  1e-121  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0706522  hitchhiker  0.000130108 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2790  DNA gyrase subunit A  34.79 
 
 		 889 aa  439  1e-121  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0140578  hitchhiker  0.00260367 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2163  DNA gyrase, A subunit  35.12 
 
 		 869 aa  437  1e-121  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.612528 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00060  DNA gyrase subunit A  35.62 
 
 		 838 aa  438  1e-121  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.120033  normal  0.0325774 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11531  DNA gyrase subunit A  36.58 
 
 		 863 aa  439  1e-121  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf662  DNA gyrase subunit A  34.15 
 
 		 898 aa  437  1e-121  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0005  DNA gyrase, A subunit  36.41 
 
 		 843 aa  437  1e-121  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000262861  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>