More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_0875 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_0875  chromosomal replication initiator DnaA domain-containing protein  100 
 
 		 136 aa  277  3e-74  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.386631  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0873  chromosomal replication initiator, DnaA-like  49.38 
 
 		 141 aa  87.8  4e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0961379  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1775  chromosomal replication initiator, DnaA-like  62.07 
 
 		 131 aa  77.4  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.141537  normal  0.0422167 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2688  hypothetical protein  40.38 
 
 		 150 aa  77  0.00000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.259184  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2226  DNA replication initiation ATPase  50.63 
 
 		 330 aa  76.3  0.0000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.000024836  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0073  chromosomal replication initiator DnaA domain-containing protein  43.93 
 
 		 130 aa  75.9  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.716218  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0894  DnaA related protein  51.49 
 
 		 128 aa  74.7  0.0000000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0568885  normal  0.192838 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0572  hypothetical protein  41.11 
 
 		 151 aa  72  0.000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0571  hypothetical protein  43.21 
 
 		 151 aa  71.2  0.000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  41.33 
 
 		 477 aa  63.5  0.0000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2357  chromosomal replication initiator protein DnaA  35.35 
 
 		 476 aa  63.5  0.000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.048166  normal  0.586326 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  41 
 
 		 454 aa  62  0.000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00039195  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  39.77 
 
 		 503 aa  62  0.000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3606  chromosomal replication initiator protein DnaA  35.35 
 
 		 476 aa  60.8  0.000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1287  hypothetical protein  43.55 
 
 		 121 aa  59.7  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0001  chromosomal replication initiation protein  31.63 
 
 		 443 aa  59.7  0.00000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00172749  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1279  chromosomal replication initiation protein  49.28 
 
 		 524 aa  59.3  0.00000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000504678  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0002  chromosomal replication initiation protein  38.78 
 
 		 442 aa  57.8  0.00000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0135977  hitchhiker  0.0000101386 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0001  chromosomal replication initiator protein, DnaA  40.91 
 
 		 449 aa  57.4  0.00000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0001  chromosomal replication initiation protein  35.16 
 
 		 457 aa  57  0.00000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000458864  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0001  chromosomal replication initiation protein  35.16 
 
 		 457 aa  57  0.00000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000597417  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0001  chromosomal replication initiation protein  39.39 
 
 		 533 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2848  chromosomal replication initiation protein  39.39 
 
 		 533 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0001  chromosomal replication initiation protein  39.39 
 
 		 518 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0001  chromosomal replication initiation protein  45.83 
 
 		 466 aa  56.2  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0001  chromosomal replication initiation protein  39.39 
 
 		 525 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.54964 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0301  chromosomal replication initiation protein  39.39 
 
 		 533 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3182  chromosomal replication initiation protein  39.39 
 
 		 525 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.143434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0001  chromosomal replication initiation protein  35.96 
 
 		 453 aa  56.6  0.0000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000795473  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0089  chromosomal replication initiation protein  39.39 
 
 		 533 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10001  chromosomal replication initiation protein  40.79 
 
 		 507 aa  56.6  0.0000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0103  chromosomal replication initiation protein  39.39 
 
 		 533 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3239  chromosomal replication initiation protein  39.39 
 
 		 536 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.457996  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0827  chromosomal replication initiation protein  41.89 
 
 		 492 aa  56.6  0.0000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2553  chromosomal replication initiation protein  39.39 
 
 		 561 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0001  chromosomal replication initiation protein  39.39 
 
 		 525 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.470928  normal  0.147682 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0001  chromosomal replication initiation protein  39.39 
 
 		 525 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.375862  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  33.33 
 
 		 448 aa  56.2  0.0000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0001  chromosomal replication initiation protein  39.39 
 
 		 525 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2237  chromosomal replication initiation protein  39.39 
 
 		 533 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0001  chromosomal replication initiation protein  39.39 
 
 		 524 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.57647  hitchhiker  0.0000195718 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0001  chromosomal replication initiation protein  35.96 
 
 		 453 aa  56.6  0.0000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.101414  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06201  chromosomal replication initiation protein  45.83 
 
 		 464 aa  56.2  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0001  chromosomal replication initiation protein  40.96 
 
 		 496 aa  55.5  0.0000002  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00276825  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  39.29 
 
 		 469 aa  55.8  0.0000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000259143  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2371  chromosomal replication initiation protein  37.04 
 
 		 443 aa  56.2  0.0000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0166544  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0001  chromosomal replication initiation protein  40.96 
 
 		 496 aa  55.5  0.0000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.0000869739  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0001  chromosomal replication initiation protein  38.38 
 
 		 579 aa  55.8  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0001  chromosomal replication initiation protein  44 
 
 		 479 aa  56.2  0.0000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0301114  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  39.36 
 
 		 447 aa  56.2  0.0000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  37 
 
 		 444 aa  56.2  0.0000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3442  chromosomal replication initiation protein  38.38 
 
 		 522 aa  55.1  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.807856  normal  0.719643 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0001  chromosomal replication initiation protein  42.86 
 
 		 452 aa  55.1  0.0000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0001  chromosomal replication initiation protein  42.86 
 
 		 452 aa  55.1  0.0000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0001  chromosomal replication initiation protein  38.38 
 
 		 584 aa  55.5  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.293288  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0001  chromosomal replication initiation protein  38.38 
 
 		 529 aa  54.7  0.0000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0002  chromosomal replication initiation protein  42.86 
 
 		 498 aa  55.1  0.0000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0001  chromosomal replication initiation protein  40.54 
 
 		 494 aa  54.7  0.0000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.124904  normal  0.26229 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0001  chromosomal replication initiation protein  38.38 
 
 		 529 aa  54.7  0.0000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2553  chromosomal replication initiation protein  34.83 
 
 		 451 aa  54.3  0.0000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000248403  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0003  chromosomal replication initiation protein  44.93 
 
 		 520 aa  54.7  0.0000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  unclonable  0.0000273847  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0001  chromosomal replication initiation protein  48.53 
 
 		 494 aa  54.7  0.0000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.852723  normal  0.138362 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0001  chromosomal replication initiation protein  48.53 
 
 		 499 aa  54.7  0.0000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00640124  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0002  chromosomal replication initiation protein  48.53 
 
 		 501 aa  54.3  0.0000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.536334 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0001  chromosomal replication initiation protein  48.53 
 
 		 501 aa  54.3  0.0000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00002  Chromosomal replication initiator protein dnaA  44 
 
 		 533 aa  54.3  0.0000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000917685  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0003  chromosomal replication initiation protein  40.51 
 
 		 510 aa  54.3  0.0000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  unclonable  0.0000000244231  normal  0.247706 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0001  chromosomal replication initiation protein  38.38 
 
 		 518 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000470324 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0002  chromosomal replication initiation protein  48.53 
 
 		 501 aa  54.3  0.0000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0001  chromosomal replication initiation protein  48.53 
 
 		 472 aa  53.9  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.583954  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0001  chromosomal replication initiation protein  48.53 
 
 		 475 aa  53.9  0.0000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0001  chromosomal replication initiation protein  48.53 
 
 		 475 aa  53.9  0.0000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0001  chromosomal replication initiation protein  42.25 
 
 		 500 aa  53.9  0.0000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0001  chromosomal replication initiation protein  39.19 
 
 		 495 aa  53.9  0.0000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0454037 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0001  chromosomal replication initiation protein  48.53 
 
 		 475 aa  53.9  0.0000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.216398 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0001  chromosomal replication initiation protein  48.53 
 
 		 472 aa  53.5  0.0000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.206184  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0001  chromosomal replication initiation protein  39.19 
 
 		 495 aa  53.9  0.0000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0009  chromosomal replication initiation protein  39.19 
 
 		 495 aa  53.9  0.0000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.166715  normal  0.0809665 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03585  chromosomal replication initiation protein  39.77 
 
 		 467 aa  53.5  0.0000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0183504  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  39.77 
 
 		 467 aa  53.5  0.0000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000136922  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03529  hypothetical protein  39.77 
 
 		 467 aa  53.5  0.0000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00951486  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5130  chromosomal replication initiation protein  39.77 
 
 		 467 aa  53.5  0.0000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000558594  normal  0.0494414 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3915  chromosomal replication initiation protein  39.77 
 
 		 467 aa  53.5  0.0000009  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.000000126813  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0001  chromosomal replication initiation protein  39.77 
 
 		 467 aa  53.5  0.0000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000185056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0001  chromosomal replication initiation protein  43.48 
 
 		 524 aa  53.5  0.0000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0237228  normal  0.131634 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0001  chromosomal replication initiation protein  48.53 
 
 		 473 aa  53.5  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.884369 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4212  chromosomal replication initiation protein  39.77 
 
 		 467 aa  53.5  0.0000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000201887  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4223  chromosomal replication initiation protein  39.77 
 
 		 467 aa  53.5  0.0000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000066194  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4067  chromosomal replication initiation protein  39.77 
 
 		 467 aa  53.5  0.0000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000102031  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0010  chromosomal replication initiation protein  39.19 
 
 		 506 aa  52.8  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.645293  hitchhiker  0.0000364152 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0001  chromosomal replication initiation protein  39.77 
 
 		 450 aa  53.5  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000634969  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12738  chromosomal replication initiation protein  31.63 
 
 		 475 aa  53.1  0.000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.843582  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4172  chromosomal replication initiation protein  38.64 
 
 		 466 aa  53.1  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.049293  normal  0.324603 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4230  chromosomal replication initiation protein  38.64 
 
 		 466 aa  53.1  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00725647  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0001  chromosomal replication initiation protein  36.36 
 
 		 483 aa  53.1  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00442  chromosomal replication initiation protein  42.47 
 
 		 468 aa  53.1  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0001  chromosomal replication initiation protein  48.53 
 
 		 472 aa  53.5  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0032  chromosomal replication initiation protein  38.64 
 
 		 463 aa  53.5  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000217775  normal  0.251102 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4462  chromosomal replication initiation protein  37.37 
 
 		 544 aa  53.1  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.369414  normal  0.111678 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4153  chromosomal replication initiation protein  39.77 
 
 		 462 aa  53.5  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  7.6269e-17  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>